לאחר תפילת שחרית מוציאים שני ספרי תורה, בראשון קוראים ששה עולים בפרשת 'אחרי מות' בסדר עבודת הכהן הגדול ביום הכיפורים (ויקרא טז). מספר העולים מבטא את מעמדו של יום הכיפורים. בחגים שבהם מותר לעשות מלאכת אוכל נפש – מעלים חמישה עולים. ביום הכיפורים שבו כל המלאכות אסורות – מעלים ששה עולים. ובשבת שבה העונש לעושה מלאכה חמור יותר – מעלים שבעה עולים. ואם יום הכיפורים חל בשבת, מעלים לתורה שבעה עולים (מגילה כא, א; כב, ב; שו"ע תרכא, א).[11]
בספר השני קוראים למפטיר מפרשת 'פינחס' בקרבנות מוסף של היום (במדבר כט, ז-יא). ומפטירים בישעיהו – "כִּי כֹה אָמַר רָם וְנִשָּׂא" (נז, יד – נח, יד), מפני ששם הנביא מעורר לתשובה, וגם הפסוקים העוסקים בשביתת שבת ויום הכיפורים מוזכרים שם.
בתפילת מנחה תקנו לקרוא שלושה עולים באיסורי עריות (ויקרא יח, א, ל), כדי לעורר את העם לשוב מן החטאים החמורים הללו שהיצר בהם חזק מאוד והם פוגעים בקדושת ישראל. להפטרה קוראים את ספר יונה, שבו לומדים על השגחתו של ה' שאין נסתר מנגד עיניו, ועל כוחה הגדול של התשובה, שגם כשאינה שלימה היא מועילה, כי אין ה' חפץ להעניש את החוטאים (מגילה לא, א; שו"ע תרכא, א).
נוהגים ביום הכיפורים להתנדב לתרום צדקה לעניים ולומדי תורה לעילוי נשמת ההורים ובני משפחה שנפטרו, מפני שגם למתים יש כפרה ביום הכיפורים כשנודבים צדקה בעבורם (מרדכי, שו"ע רמ"א תרכב, ד). ועל כן נקרא היום 'כיפורים' לשון רבים, שמכפר לחיים ולמתים. ולכאורה כיוון שכבר מתו דינם נגמר, ואיך הצדקה יכולה להועיל להם? אלא שהואיל וילדיהם ובני משפחתם מתעוררים לנדוב צדקה ולעשות מעשים טובים לעילוי נשמתם, מתברר שהשפעתם הטובה בעולם עוד נמשכת, וממילא יש לדון אותם שוב על הזכויות שנוספו להם.[12]
[11]. העושה מלאכה במזיד ביום הכיפורים נענש בכרת, ואילו בשבת נענש במיתת סקילה על ידי בית הדין. העונש מבטא את הצד שבו השבת גבוהה מיום הכיפורים, ויש צד שיום הכיפורים גבוה יותר, שגם בשבת מתענים, כמבואר לעיל ו, 2.
[12]. ועוד, שאומרים בבית דין של מעלה, אילו היו חיים, היו נותנים גם הם צדקה. אשכנזים נוהגים להזכיר נשמות ביום הכיפורים ובשלושת הרגלים, ואף שמעיקרה נתקנה בציבור, אפשר לאומרה גם ביחיד (גשר החיים פ"א לב, א). נוהגים שלפני כן מכריז השמש 'יזכור' ומי שאביו ואמו בחיים יוצא מבית הכנסת, וכמה טעמים נאמרו בכך, והעיקר, שאין זה נאה שחלק יתפללו ויזכירו נשמות וחלק ישתקו, ויש חוששים לעין הרע. רבים נוהגים שלא להזכיר נשמות בשנה הראשונה לפטירת ההורה הראשון, שמא מרוב צערם יפרו את מצוות שמחת החג (ועי' בפנה"ל מועדים ב, ח; פס"ת תרכא, ז).
