ד – מעמד המצווה לאחר החורבן

שאלה עקרונית בהלכות ספירת העומר, האם לאחר חורבן בית המקדש מצוות ספירת העומר מן התורה או מדברי חכמים.
לדעת רא”ש ור”ן ועוד ראשונים, רק בזמן שהיו מקריבים את עומר התנופה בבית המקדש ביום ט”ז בניסן, היתה מצווה מן התורה לספור את ספירת העומר, שנאמר (ויקרא כג, טו): “וּסְפַרְתֶּם לָכֶם מִמָּחֳרַת הַשַּׁבָּת מִיּוֹם הֲבִיאֲכֶם אֶת עֹמֶר הַתְּנוּפָה שֶׁבַע שַׁבָּתוֹת תְּמִימֹת תִּהְיֶינָה”. אבל כיום שאין מביאים את עומר התנופה, המצווה מדברי חכמים, שתיקנוה כזכר לספירת העומר שהיתה בזמן שבית המקדש היה קיים. וזה הטעם שנוהגים להתפלל אחר ספירת העומר על בניית בית המקדש, שכאשר יבנה נקיים את מצוות ספירת העומר מהתורה ולא רק מצד תקנת חכמים.
ולדעת רמב”ם וראבי”ה, הזכרת יום הבאת העומר נועדה ללמדנו את התאריך של תחילת הספירה, אבל אין היא תנאי הכרחי, וגם היום כשבית המקדש חרב ואין אנו יכולים להביא את קרבן העומר, מצווה מהתורה לספור את ספירת העומר.
המשמעות המעשית של הלכה זו נוגעת למצבים של ספק. לדוגמה, מי שספר בבין השמשות, היינו בין שקיעת החמה לצאת הכוכבים שהוא ספק יום ספק לילה, מתעורר ספק האם קיים את מצוות הספירה. אם נחשיב את בין השמשות ליום – לא קיים את המצווה, שעדיין לא הגיע זמן הספירה של היום הבא, אבל אם נחשיב אותו כלילה – קיים את המצווה. לדעת רוב הפוסקים, וכן נפסק ב’שולחן ערוך’ (תפט, ב), הסופר בבין השמשות יצא ידי חובה, מפני שספירת העומר בזמן הזה מדברי חכמים, ובכל ספק הולכים לקולא. אולם לדעת הרבה אחרונים, נכון להחמיר ולחזור לספור אחרי צאת הכוכבים בלא ברכה, כדי לצאת ידי חובת המצווה גם לדעת הסוברים שספירת העומר בזמן הזה מן התורה (א”ר, מ”ב תפט, טו, באו”ה תפט, א, ‘לספור העומר’).