נחלקו הראשונים בשאלה, האם ספירת העומר היא מצווה אחת ארוכה הנמשכת מחג הפסח ועד חג השבועות, או שבכל יום ישנה מצווה בפני עצמה לספור. לדעת בעל הלכות גדולות, ספירת העומר היא מצווה אחת ארוכה, וכפי שנאמר (ויקרא כג, טו): "שֶׁבַע שַׁבָּתוֹת תְּמִימֹת תִּהְיֶינָה", ולכן השוכח לספור יום אחד, הפסיד את המצווה ושוב לא יספור בימים הבאים. אולם לדעת רוב הפוסקים, הספירה בכל יום היא מצווה בפני עצמה, ולכן השוכח לספור יום אחד הפסיד את מצוות אותו היום בלבד, ולמחרת מצווה עליו להמשיך לספור בברכה (תוס', רא"ש, ריטב"א ועוד).
למעשה, גם אדם ששכח לספור יום אחד, צריך להמשיך לספור, על פי דעת רוב הפוסקים הסוברים שכל יום עומד בפני עצמו. אבל יספור בלא ברכה, מפני שאנו חוששים לדעה שכל הספירה היא מצווה אחת, ומאחר ששכח יום אחד, הפסיד את המצווה, וכדי שלא יכנס לספק ברכה לבטלה, יספור בימים הבאים בלא ברכה (שו"ע תפט, ח).
כדי שלא להפסיד את הברכה, צריכים כל אלה ששכחו לספור באחד הימים, להתכוון לצאת ידי הברכה בשמיעת החזן.[6]
בהלכה זו בא לידי ביטוי המתח שמלווה את ספירת העומר, שכל השוכח יום אחד מנתק במידה מסוימת את השרשרת שמחברת בין חג הפסח לחג השבועות, ומפסיד את הברכה. שכן יש צורך גדול לחבר את חג הפסח שמבטא את הלאומיות הישראלית המקודשת – לחג השבועות שבו קבלנו את התורה, שאין תורה בלא ישראל ואין ישראל בלא תורה.
ויש לשאול לפי שיטת בה"ג, מדוע מברכים על כל יום. אלא שמוכרחים לומר שגם לבה"ג בכל יום יש מצווה נפרדת, אלא שאם שכח יום, פגע בתמימות הספירה, ואינו יכול להמשיך לספור. ומי שיודע שביום אחד מהספירה יהיה אנוס ולא יוכל לספור, לדעת החיד"א (עבודת הקודש סי' ז, ריז), כבר מתחילה לא יברך, משום שלבה"ג נמצא שכל ברכותיו הראשונות לבטלה. אבל לדעת רוה"פ, יספור עד אותו יום בברכה, מפני שגם לדעת בה"ג (שרוב דרוב הראשונים חלקו עליו) המדלג יום אחד, אין ברכותיו שברך לפני כן לבטלה (קנאת סופרים, רב פעלים או"ח ג, לב). ואין זה דומה לספירת זבה, שבאר התוס' (כתובות עב, א) שאין מברכים עליה, כי אם תסתור ספירתה הכל מתבטל, אבל בספירת העומר, גם אם שכח לספור, הספירה הרי נמשכת, וביום החמישים יגיע חג השבועות. ולכן כל מה שספר ברצף, ספר וברך כראוי. ורק אחר שדילג יום, כיוון שמכאן ואילך הוא עצמו כבר לא יספור ברצף, לדעת בה"ג ספירתו אינה תמימה.
מי ששכח לספור יום אחד, והיה צריך להיות ש"ץ (למשל מפני יורצייט), למרות אי הנעימות, יבקש ממישהו אחר לברך ולספור. ויש אומרים שכדי למנוע בושה מותר לו לסמוך על רוה"פ הסוברים שגם מי ששכח לספור חייב בספירה, ויכול לברך ולהוציא אחרים בברכתו.