מצווה לספור מליל קציר העומר, תשעה וארבעים יום שהם שבעה שבועות. ליל קציר העומר הוא ליל ט"ז בניסן החל במוצאי יום טוב ראשון של פסח, ובו היו קוצרים שעורים, מביאים אותן לעזרה, דשים וזורים אותן ברוח, בוררים אותן מפסולת, קולים את הגרגירים באש וטוחנים אותם היטב. מתוך הקמח לוקחים שיעור עשירית האיפה, מנפים אותו בשלוש עשרה נפות, בוללים אותו בלוג שמן ונותנים עליו קומץ לבונה. למחרת בבוקר היה הכהן מניפו, לוקח ממנו קומץ ומקטיר אותו על גבי המזבח. לאחר שהקומץ הוקטר, הותר לכל העם לאכול מהתבואה החדשה.
מיוחד הוא חג השבועות שאין לו תאריך חודשי כדוגמת שאר החגים. לדוגמה, זמנו של חג הפסח בט"ו בניסן, ושל חג הסוכות בט"ו בתשרי. אולם זמנו של חג השבועות נקבע על פי ספירת העומר, שהוא חל אחר סיום ספירת שבעה שבועות, ועל כן נקרא שמו חג השבועות. זהו שנאמר (דברים טז, ט-י): "שִׁבְעָה שָׁבֻעֹת תִּסְפָּר לָךְ, מֵהָחֵל חֶרְמֵשׁ בַּקָּמָה תָּחֵל לִסְפֹּר שִׁבְעָה שָׁבֻעוֹת. וְעָשִׂיתָ חַג שָׁבֻעוֹת לַה' אֱלוֹהֶיךָ". וכן נאמר (ויקרא כג, טו-טז): "וּסְפַרְתֶּם לָכֶם מִמָּחֳרַת הַשַּׁבָּת מִיּוֹם הֲבִיאֲכֶם אֶת עֹמֶר הַתְּנוּפָה שֶׁבַע שַׁבָּתוֹת תְּמִימֹת תִּהְיֶינָה. עַד מִמָּחֳרַת הַשַּׁבָּת הַשְּׁבִיעִת תִּסְפְּרוּ חֲמִשִּׁים יוֹם וְהִקְרַבְתֶּם מִנְחָה חֲדָשָׁה לַה'".
מצווה זו אינה מוטלת רק על בית הדין אלא מצווה על כל אחד מישראל לספור ארבעים ותשעה ימים. ואף שבכל המצוות שבדיבור יש לנו כלל – 'שומע כעונה', ולכן אפשר לצאת ידי מצוות זכירת עמלק בשמיעת החזן, וכן יכול אדם לצאת ידי חובת הברכה על ספירת העומר בשמיעת החזן; אבל לעניין הספירה עצמה, כיוון שנאמר: "וּסְפַרְתֶּם לָכֶם", יש אומרים שצריך כל אדם לספור בעצמו בפיו (לבוש, חוק יעקב). ואמנם יש סוברים שדין הספירה כדין שאר המצוות שבדיבור, ויכול אדם לצאת ידי חובתו בשמיעת חבירו (פר"ח, ברכ"י). אולם לכתחילה, כדי לצאת לפי כל הדעות, צריך כל אחד לספור בעצמו (עי' מ"ב תפט, ה, ובאו"ה 'ומצוה').
יסוד המצווה בראשית התהוותנו לעם. לאחר שהיו ישראל משועבדים למצרים ומשוקעים במ"ט שערי טומאה, לא היו ראויים לקבל את התורה, והיו צריכים להיטהר מטומאת מצרים, ועל כן המתין להם הקב"ה שבעה שבועות כדי שיטהרו ויוכלו לקבל את התורה (עפ"י זוהר אמור צז). יש בספירה גם ביטוי לציפייה למתן תורה. וכן נתבאר במדרש, שכאשר בישר משה לישראל, שאחר צאתם ממצרים יעבדו את ה' על הר סיני ויקבלו את התורה. שאלוהו: אימתי תהיה עבודה זו? אמר להם: לסוף חמישים יום. ומרוב חיבה היו מונים כל יום ואומרים: הרי עבר יום ראשון, הרי עבר יום שני, וכך בכל הימים, שמתוך חיבתם וציפייתם לתורה היה נראה בעיניהם כזמן ארוך (שבולי הלקט רלו).
נמצא אם כן, שבספירת העומר באה לידי ביטוי הציפייה והכמיהה שלנו לקראת היום הגדול, יום מתן תורה. ותוך כך אנו עוברים תהליך של היטהרות, בכל מ"ט המדרגות שהאדם כלול מהן. וככל שהאדם יותר טהור ונקי מטומאה, כך הוא יכול לקלוט יותר מאורה של התורה. כך בכל שנה, על ידי הספירה אנו מתכוננים לקבלת התורה (עי' בהמשך סוף הלכה ג).
