בעקבות הגלויות ופיזור הקהילות, נוצרו הבדלים בין נוסחאות התפילה של העדות השונות. אמנם בעיקרי התפילה, היינו במה שתקנו אנשי כנסת הגדולה, כברכות קריאת שמע ותפילת עמידה, השינויים קלים מאוד. ואף בעיקר סדר הקרבנות ופסוקי דזמרה, שנקבעו בתקופת התלמוד והגאונים, השינויים קטנים. אבל בתוספות שנוספו בתקופת הראשונים, הן בסדר הקרבנות והן במה שאומרים בסיום התפילה, ההבדלים בין העדות נעשים בולטים יותר. כי מה שנהגו להוסיף בספרד לא בהכרח התקבל באשכנז, וכן להיפך. במיוחד הדבר בולט בפיוטים שנתחברו בתקופת הגאונים והראשונים, והוכנסו לסדר התפילה בימים הנוראים ובחגים. וכך אנו מוצאים פיוטים שונים לגמרי בסדר תפילות הימים הנוראים בין מנהגי ספרדים ואשכנזים.
גם במנהגי הגיית העברית יש שינויים בין העדות, הן לגבי מבטא האותיות, כמו ב’צ’ ו’ק’, והן לגבי הניקוד, כמו בקמץ וחולם. ומוטב שכל אדם ימשיך במנהגו, שכל המסורות הקיימות בישראל בקריאת האותיות והניקוד כשרות לתפילה (אג”מ או”ח ג, ה, ואפילו בנוסח החליצה, שלכל הדעות חובה לבטא אותו בכל אותיותיו, יוצאים בכל מבטאי העדות).
ובאר האר”י הקדוש, לגבי שינויי הנוסחים, שקבלה בידינו, שיש ברקיע שנים עשר חלונות כנגד שנים עשר שבטי ישראל, ותפילת כל שבט ושבט עולה דרך שער אחד המיוחד לו, והוא סוד שנים עשר שערים הנזכרים בסוף ספר יחזקאל (שער הכוונות דף נ, ד). וכן נפסק להלכה, שכל יהודי צריך להמשיך להתפלל כמנהג אבותיו (מ”א סח, א, מ”ב סח, ד. בהמשך נלמד באיזה מקרים מותר לשנות).
