בתקופת האמוראים, בעקבות גזירות הרומאים, הישוב היהודי בארץ הלך ונדלדל ולעומתו הקהילה הגדולה שבבבל הלכה והתעצמה מכל הבחינות. למרות זאת, הסמכות לקדש חודשים ולעבר שנים היתה שמורה לחכמי ארץ ישראל, שנאמר (ישעיהו ב, ג): "כִּי מִצִּיּוֹן תֵּצֵא תוֹרָה". ומארץ ישראל היו יוצאים שליחים בכל חודש להודיע לכל בני הגולה אימתי נתקדש החודש. ורק לעיתים נדירות, כמו בתקופת מרד ביתר, כאשר המצב בארץ היה נורא, עד שלא יכלו לקדש חודשים, דיינים שנסמכו בארץ ישראל היו יוצאים לחוץ לארץ למקום שלא נגזרו בו גזירות כנגד ישראל, ושם קבעו את החודשים והשנים.
במשך הזמן גזירות הרומאים הלכו וגברו, ובהשפעת הנוצרים הגזירות כוונו כנגד החכמים, שלא יקדשו חודשים, עד שלפעמים היו צריכים לקדש את החודשים בסתר ולהודיע על כך במכתב מוצפן לחכמי בבל (עי' סנהדרין יב, א).
לקראת סוף תקופת האמוראים, הגיע הלל השני למסקנה כי לא ניתן יהיה עוד להמשיך בקידוש החודשים על ידי בית הדין בארץ ישראל. גם היה חשש שבעקבות הצרות והגזירות סמיכת החכמים תתבטל. וכיוון שהסמכות לקדש חודשים היתה בידיו, כי הוא ירש את נשיאות בית הדין דור אחר דור מרבי יהודה הנשיא, עמד הוא ובית דינו וחישבו את החודשים והשנים, וקידשו אותם עד סוף כל הדורות. וכך משנת ארבעת אלפים מאה ותשע עשרה שנה למניין שאנו מונים לבריאת העולם (359 למניינם), התחיל העם היהודי למנות את החודשים לפי חשבון הלוח העברי שהתקין הנשיא הלל השני. ואנו מתפללים שנזכה במהרה לגאולה שלימה, ונחזור לקדש חודשים בבית הדין שבירושלים.
חידוש גדול כתב הרמב"ם, שגם אחר ביטול הסמיכה, התקדשות החודשים תלויה בבני ארץ ישראל, שכאשר הם מחשבים את החודשים על פי החשבון הקבוע שבלוח, אזי החודשים מתקדשים, אבל אם חס ושלום לא יהיו יהודים בארץ ישראל, החודשים יתבטלו ועמם כל החגים. אולם חלילה לה' מעשות זאת, מפני שהבטיחנו בתורה שלא ימחה אותות האומה.[3]
