עניינו של ראש חודש צריך לבוא לידי ביטוי בתפילה, שהרי התפילות נתקנו כנגד הקרבנות, ובראש חודש נצטווינו להקריב קרבן מוסף. לפיכך, בנוסף לכך שתקנו חכמים לומר את תפילת מוסף, תקנו לומר בתפילת עמידה של שחרית, מנחה וערבית את תפילת 'יעלה ויבוא', בה אנו מבקשים מה' שיזכרנו לטובה ביום ראש החודש. ותקנו לאומרה בברכת 'רצה', מפני שבה אנו מבקשים מה' שישיב את העבודה לבית המקדש, ועל ידי החזרת העבודה לבית המקדש נוכל להקריב את מוספי ראש חודש. השוכח לומר 'יעלה ויבוא' בתפילת שחרית ומנחה, צריך לחזור להתפלל (שבת כד, א).
אם נזכר ששכח מיד לאחר סיום ברכת 'רצה', יאמר שם 'יעלה ויבוא', וימשיך לברכת 'מודים'. אם התחיל 'מודים' אך נזכר לפני שאמר 'יהיו לרצון' שבסוף 'אלוהי נצור', יחזור לתחילת ברכת 'רצה' ויאמר 'יעלה ויבוא' וימשיך עד הסוף. ואם נזכר לאחר שאמר 'יהיו לרצון', אף שעדיין לא פסע לאחוריו ב'עושה שלום', יחזור לתחילת התפילה. וכל זה בתפילות שחרית ומנחה, אבל אם שכח לומר 'יעלה ויבוא' בערבית, כיוון שאמר שם ה' של סיום ברכת 'רצה' – לא יחזור, מפני שלא היו מקדשים ראש חודש בלילה. ואמנם לכתחילה יש לומר 'יעלה ויבוא' בלילה, אבל בדיעבד אין לחזור על התפילה או אפילו על ברכה אחת כדי לאומרו (ברכות כט, ב; ל, ב; שו"ע תכב, א).[12]
נוהגים שהגבאי מכריז לפני עמידה של ערבית ומנחה "יעלה ויבוא" (שו"ע רלו, ב). אבל בין גאולה לתפילה בשחרית אסור להפסיק, ובמקום זאת נוהגים לדפוק על הבמה, וכך הציבור מבין שהכוונה להזכיר לומר 'יעלה ויבוא'. ויש נוהגים להגביה מעט את קולם כשיגיעו בתפילתם למילים 'יעלה ויבוא' (שכנה"ג).
