עניינו של ראש חודש מוכרח לבוא לידי ביטוי בתפילה, שהרי התפילות נתקנו כנגד הקרבנות, ובראש חודש נצטווינו להקריב קרבן מוסף, ועל כן צריכים להוסיף בתפילה את עניינו של ראש חודש. לשם כך תקנו חכמים לומר תפילת 'יעלה ויבוא', בה אנו מבקשים מה' שיזכרנו לטובה ביום ראש החודש. ותקנו לאומרה בברכת 'רצה', מפני שבה אנו מבקשים מה' שישיב את העבודה לבית המקדש, וזה המקום להזכיר את ראש חודש, כי מתוך חזרת העבודה לבית המקדש נוכל להקריב את מוספי ראש חודש. השוכח לומר 'יעלה ויבוא' בתפילת שחרית ומנחה, צריך לחזור להתפלל (שבת כד, א).
אם נזכר מיד לאחר סיום ברכת 'רצה', יאמר שם 'יעלה ויבוא', וימשיך לברכת 'מודים'. אם התחיל 'מודים' אך נזכר לפני שעמד לעקור את רגליו לקראת סיום תפילתו, יחזור לתחילת ברכת 'רצה', ומשם ימשיך עד הסוף. וכל זה בתפילות שחרית ומנחה, אבל אם שכח לומר 'יעלה ויבוא' בערבית, כיוון שאמר שם ה' של סיום ברכת 'רצה' – לא יחזור, מפני שלא היו מקדשים ראש חודש בלילה. ואמנם לכתחילה יש לומר 'יעלה ויבוא' בלילה, אבל בדיעבד אין לחזור על התפילה או אפילו על ברכה אחת כדי לאומרו (ברכות כט, ב; ל, ב; שו"ע תכב, א).[13]
[13]. בשחרית ומנחה אם הסתפק אם הזכיר 'יעלה ויבוא', מן הסתם לא הזכיר, ויחזור. אבל אם בעת תפילתו היה בדעתו לומר 'יעלה ויבוא', ורק לאחר זמן התעורר לו ספק אם הזכיר, כיוון שמן הסתם הזכיר, אינו חוזר (מ"ב תכב, י). השוכח לומר 'יעלה ויבוא' במנחה של ר"ח ובערב הוא חול, יתפלל ערבית שתים, ויתנה שאם אינו חייב בשנייה לתשלומים הרי היא בנדבה (שו"ע קח, יא, פנה"ל תפילה יח, י).
נוהגים שהגבאי מכריז לפני עמידה של ערבית 'ראש חודש' או 'יעלה ויבוא' (שו"ע רלו, ב). אבל בין גאולה לתפילה בשחרית אסור להפסיק, ונוהגים לדפוק על הבמה פעמיים, והציבור מבין שהכוונה להזכיר לומר 'יעלה ויבוא'. בנוסף לזה, יש נוהגים להגביה מעט את קולם כשיגיעו בתפילתם למילים 'יעלה ויבוא' (שכנה"ג). עוד אפשר שהחזן יסיים 'גאל ישראל' במנגינה של ר"ח כדי להזכיר אמירת 'יעלה ויבוא'.
