לכבוד ראש חודש מעלים לתורה ארבעה עולים, ומתחילים לקרוא בקרבן התמיד ומסיימים בקרבנות ראש חודש (במדבר כח, א-טו). ויש בזה רמז, שמתוך הקדושה הקבועה והתמידית שבאה לידי ביטוי בקרבן התמיד שהיו מקריבים בכל יום בבוקר ובערב, אפשר להמשיך את הקדושה המיוחדת של ראש חודש, שיש בה התחדשות, כפרה ותשובה.
לאחר הקריאה בתורה ואמירת 'אשרי' 'ובא לציון' (ולחלק מיוצאי ספרד גם בית יעקב ושיר של יום) מתפללים תפילת עמידה של מוסף. שלוש הברכות הראשונות ושלוש האחרונות כמו בכל התפילות, והברכה האמצעית היא מעניין ראש חודש, וחותמים בה: "מקדש ישראל וראשי חודשים".
תקנו להתפלל מוסף כנגד קרבנות המוסף שהיו מקריבים בראש חודש, וכן זמן התפילה כנגד זמן קרבנות המוסף, לפיכך צריך להתפלל מוסף עד סוף שבע שעות זמניות של היום. המתאחר ולא התפלל עד סוף שבע שעות נקרא פושע, ואע"פ כן יתפלל אח"כ, כי בדיעבד אפשר להקריב מוסף כל היום (שו"ע רפו, א).
נוהגים לחלוץ תפילין לפני תפילת מוסף. וכמו שביום טוב אין מניחים תפילין, מפני שיום טוב עצמו הוא 'אות' בין ה' לישראל, ואין צורך להוסיף עליו עוד 'אות' של תפילין, כך גם תפילת מוסף של ראש חודש נחשבת כ'אות', ואין צורך בעוד 'אות' של תפילין (שו"ע תכג, ד, מ"ב י). נוהגים לחלוץ את התפילין אחר הקדיש שלפני מוסף. ונכון להמתין עד לסיום כריכת התפילין ברצועותיהן והנחתן בנרתיק, שאם לא כן יהיו מונחות בחוסר כבוד במשך תפילת מוסף.[19]
נוהגים לומר בשחרית מזמור 'בָּרֲכִי נַפְשִׁי' (תהלים קד), מפני שכתוב בו: "עָשָׂה יָרֵחַ לְמוֹעֲדִים". ויש סוברים שמזמור זה היו אומרים הלוויים בבית המקדש בראש חודש (ערוה"ש תכג, ה).[20]
[19]. כתב בב"י כה, יג, שהטעם מפני שאומרים בקדושה של מוסף 'כתר', ואין נכון שיהיה באותה שעה גם כתר של תפילין. אולם גם לנוסח אשכנז שאינם אומרים 'כתר' נוהגים לחלוץ, ולכן כתבתי את טעם ה'לבוש', שתפילת מוסף נחשבת כ'אות', בדומה ליום טוב שאין מניחים בו תפילין (שו"ע או"ח לא, א). המנהג הרווח לחלוץ אחר קדיש (לפי סידור הרב בעל התניא חולצים לפני הקדיש).
יש שנוהגים להניח תפילין בברית המילה של בנם, כדי שיהיו בשני אותות, וקשה שלמדנו מדין שבת ויו"ט שאין להראות שני אותות ביחד, כי האחד מראה כאילו השני אינו מספיק ונמצא מזלזל בו (שו"ע לא, א). תרץ בא"ר סי' כט בשם הרוקח, שאות מילה אינו זכר ליציאת מצרים, ולכן טוב לצרף אליו עוד אות, אבל התפילין ושבת ויו"ט הם זכר ליציאת מצרים, ולכן אין לקיימם ביחד.
[20]. על סדר הקריאה בתורה עי' טור בית יוסף ושו"ע תכג, ב, ומ"ב שם; ספר ר"ח ז, ט. אם התפלל מוסף לפני שחרית יצא, אבל לכתחילה צריך להקדים שחרית, כשם שצריך להקדים את קרבן התמיד לשאר הקרבנות (רמ"א רפו, א).
בקהילות רבות מעדות ספרדים ואשכנזים אומרים בסוף התפילה אחר מוסף רק 'ברכי נפשי', כי הוא שיר היום. וכ"כ שבולי הלקט, אבודרהם, טור ושו"ע תכג, ג, עולת ראיה. וכן נהגו ספרדים בירושלים וצפת, צפון אפריקה, טורקיה, ארם צובא ועוד. מנהג חסידים אשכנז, לומר שיר של יום ואחריו 'ברכי נפשי'. למנהג ספרדים שנוסד בימי האחרונים עפ"י שכנה"ג ובא"ח (כי תשא יז) והגרע"י, אומרים שיר של יום אחר ובא לציון, ואחר מוסף 'ברכי נפשי'.
מנהג אשכנז להחזיר ס"ת מיד אחר קריאתו (מ"ב תכג, ה). והשו"ע תכג, ג, כתב להחזירו אחר 'וּבָא לְצִיּוֹן'. וכך מנהג ספרדים וחסידים. (אמנם בכה"ח קלה, ב, תכג, יא, כתב כמנהג אשכנז, וכך נוהג הגרע"י עפ"י הקבלה להחזיר ס"ת בר"ח ובשני וחמישי מיד אחר קריאתו, ילקוט יוסף תכג, ו, ובהערה).
