בתקופת האמוראים, בעקבות גזירות הרומאים, הישוב היהודי בארץ הלך ונדלדל ולעומתו הקהילה הגדולה שבבבל הלכה והתעצמה מכל הבחינות. ואע"פ כן, עדיין היתה שמורה הסמכות לחכמי ארץ ישראל לקדש חודשים ולעבר שנים, שנאמר (ישעיהו ב, ג): "כִּי מִצִּיּוֹן תֵּצֵא תוֹרָה". ומארץ ישראל היו יוצאים שליחים בכל חודש להודיע לכל בני הגולה אימתי נתקדש החודש. ורק לעיתים נדירות, כמו בתקופת מרד ביתר, כאשר המצב בארץ היה נורא, עד שלא יכלו לקדש חודשים, דיינים שנסמכו בארץ ישראל היו יוצאים לחוץ לארץ למקום שלא נגזרו בו גזירות כנגד ישראל, ושם קבעו את החודשים והשנים.
במשך הזמן גזירות הרומאים הלכו וגברו, ובהשפעת הנוצרים הגזירות כוונו כנגד החכמים, שלא יקדשו חודשים, עד שלפעמים היו צריכים לקדש את החודשים בסתר ולהודיע על כך במכתב מוצפן לחכמי בבל (עי' סנהדרין יב, א).
לקראת סוף תקופת האמוראים, הגיע הלל השני למסקנה כי לא ניתן יהיה עוד להמשיך בקידוש החודשים על ידי בית הדין בארץ ישראל. גם היה חשש שבעקבות הצרות והגזירות סמיכת החכמים תתבטל. וכיוון שהסמכות לקדש חודשים היתה בידי הלל השני, שירש את נשיאות בית הדין דור אחר דור מרבי יהודה הנשיא, עמד הוא ובית דינו וחישבו את החודשים והשנים, וקידשו אותם עד סוף כל הדורות. וכך משנת ארבעת אלפים מאה ותשע עשרה שנה למניין שאנו מונים לבריאת העולם (359 למניינם), התחיל העם היהודי למנות את החודשים לפי חשבון הלוח העברי שהתקין רבי הלל הנשיא. ואנו מתפללים שנזכה במהרה לגאולה שלימה, ונחזור לקדש חודשים בבית הדין שבירושלים.
וחידוש גדול כתב הרמב"ם, שגם אחר ביטול הסמיכה, התקדשות החודשים תלויה בבני ארץ ישראל, שכאשר הם מחשבים את החודשים על פי החשבון הקבוע שבלוח, אזי החודשים מתקדשים, אבל אם חס ושלום לא יהיו יהודים בארץ ישראל, החודשים יתבטלו ועמם כל החגים. אולם חלילה לה' מעשות זאת, מפני שהבטיחנו בתורה שלא ימחה אותות האומה.[3]
לרמב"ם, זו הלכה למשה מסיני, שכאשר לא יהיו חכמים סמוכים, החודשים יתקדשו על פי החשבון, ולכן לא הזכיר בדבריו את רבי הלל הנשיא. והרמב"ן כתב שאין מקור להלכה למשה מסיני בזה, ובאמת גם החודשים שלנו כיום התקדשו על פי סמוכים, היינו על פי חשבון רבי הלל. וממילא הרמב"ן חולק על הצורך שיהיו יהודים בארץ ישראל כדי שיחול החשבון עליהם, שכן לדעתו החודשים אינם נקבעים על פי חשבונם של החיים כיום בארץ ישראל, אלא על פי החשבון הקדום של רבי הלל. ועי' בערוה"ש תיז, ז.