בתקופת האמוראים, בעקבות גזירות הרומאים, הישוב היהודי בארץ הלך ונדלדל ולעומתו הקהילה הגדולה שבבבל הלכה והתעצמה מכל הבחינות. ואע"פ כן, עדיין היתה שמורה הסמכות לחכמי ארץ ישראל לקדש חודשים ולעבר שנים, שנאמר (ישעיהו ב, ג): "כִּי מִצִּיּוֹן תֵּצֵא תוֹרָה". ומארץ ישראל היו יוצאים שליחים בכל חודש להודיע לכל בני הגולה אימתי נתקדש החודש. ורק לעיתים נדירות, כמו בתקופת מרד ביתר, כאשר המצב בארץ היה נורא, עד שלא יכלו לקדש חודשים, דיינים שנסמכו בארץ ישראל היו יוצאים לחוץ לארץ למקום שלא נגזרו בו גזירות כנגד ישראל, ושם קבעו את החודשים והשנים.
במשך הזמן גזירות הרומאים הלכו וגברו, ובהשפעת הנוצרים הגזירות כוונו כנגד החכמים, שלא יקדשו חודשים, עד שלפעמים היו צריכים לקדש את החודשים בסתר ולהודיע על כך במכתב מוצפן לחכמי בבל (עי' סנהדרין יב, א).
לקראת סוף תקופת האמוראים, הגיע הלל השני למסקנה כי לא ניתן יהיה עוד להמשיך בקידוש החודשים על ידי בית הדין בארץ ישראל. גם היה חשש שבעקבות הצרות והגזירות סמיכת החכמים תתבטל. וכיוון שהסמכות לקדש חודשים היתה בידי הלל השני, שירש את נשיאות בית הדין דור אחר דור מרבי יהודה הנשיא, עמד הוא ובית דינו וחישבו את החודשים והשנים, וקידשו אותם עד סוף כל הדורות. וכך משנת ארבעת אלפים מאה ותשע עשרה שנה למניין שאנו מונים לבריאת העולם (359 למניינם), התחיל העם היהודי למנות את החודשים לפי חשבון הלוח העברי שהתקין רבי הלל הנשיא. ואנו מתפללים שנזכה במהרה לגאולה שלימה, ונחזור לקדש חודשים בבית הדין שבירושלים.
וחידוש גדול כתב הרמב"ם, שגם אחר ביטול הסמיכה, התקדשות החודשים תלויה בבני ארץ ישראל, שכאשר הם מחשבים את החודשים על פי החשבון הקבוע שבלוח, אזי החודשים מתקדשים, אבל אם חס ושלום לא יהיו יהודים בארץ ישראל, החודשים יתבטלו ועמם כל החגים. אולם חלילה לה' מעשות זאת, מפני שהבטיחנו בתורה שלא ימחה אותות האומה.[3]
[3]. עיקר הדברים על פי רמב"ם הלכות קידוש החודש ה, א-ג. ובספר המצוות קנג כתב שקידוש החודשים מסור לבית הדין הגדול. והרמב"ן שם כתב שמספיק בית דין של שלושה. ואפשר שאין ביניהם מחלוקת, כי כוונת הרמב"ם שמכוחו של בית הדין החשוב שבדור מקדשים את החודשים. ועיקר קידוש החודשים בארץ ישראל, ורק במצבים דחוקים, גדולי הדור שנסמכו בארץ ישראל, יצאו לחוץ לארץ כדי לקדש את החודשים בלא הפרעת המלכות. כמבואר בברכות סג, א: "כשירד חנינא בן אחי רבי יהושע לגולה (בתקופה שלאחר מרד ביתר) היה מעבר שנים וקובע חודשים בחוצה לארץ. שגרו אחריו שני תלמידי חכמים, רבי יוסי בן כיפר ובן בנו של זכריה בן קבוטל. כיון שראה אותם, אמר להם: למה באתם? אמרו לו: ללמוד תורה באנו. הכריז עליהם: אנשים הללו גדולי הדור הם, ואבותיהם שמשו בבית המקדש… התחיל הוא מטמא והם מטהרים, הוא אוסר והם מתירים. הכריז עליהם: אנשים הללו של שוא הם, של תהו הם. אמרו לו: כבר בנית ואי אתה יכול לסתור, כבר גדרת ואי אתה יכול לפרוץ. אמר להם: מפני מה אני מטמא ואתם מטהרים, אני אוסר ואתם מתירים? אמרו לו: מפני שאתה מעבר שנים וקובע חודשים בחוץ לארץ. אמר להם: והלא עקיבא בן יוסף היה מעבר שנים וקובע חודשים בחוץ לארץ? אמרו לו: הנח רבי עקיבא, שלא הניח כמותו בארץ ישראל. אמר להם: אף אני לא הנחתי כמותי בארץ ישראל. אמרו לו: גדיים שהנחת נעשו תיישים בעלי קרנים, והם שגרונו אצלך. וכן אמרו לנו: לכו ואמרו לו בשמנו: אם שומע – מוטב, ואם לאו – יהא בנדוי. ואמרו לאחינו שבגולה: אם שומעין – מוטב, ואם לאו – יעלו להר, אחיה יבנה מזבח, חנניה ינגן בכנור, ויכפרו כולם ויאמרו: אין להם חלק באלוהי ישראל. מיד געו כל העם בבכיה ואמרו: חס ושלום! יש לנו חלק באלוהי ישראל. וכל כך למה? משום שנאמר (ישעיהו ב, ג): כִּי מִצִּיּוֹן תֵּצֵא תוֹרָה וּדְבַר ה' מִירוּשָׁלָיִם".
לרמב"ם, זו הלכה למשה מסיני, שכאשר לא יהיו חכמים סמוכים, החודשים יתקדשו על פי החשבון, ולכן לא הזכיר בדבריו את רבי הלל הנשיא. והרמב"ן כתב שאין מקור להלכה למשה מסיני בזה, ובאמת גם החודשים שלנו כיום התקדשו על פי סמוכים, היינו על פי חשבון רבי הלל. וממילא הרמב"ן חולק על הצורך שיהיו יהודים בארץ ישראל כדי שיחול החשבון עליהם, שכן לדעתו החודשים אינם נקבעים על פי חשבונם של החיים כיום בארץ ישראל, אלא על פי החשבון הקדום של רבי הלל. ועי' בערוה"ש תיז, ז.