גם לאחר שהסתיים יום הכיפורים עדיין אסור לעשות מלאכה ולאכול ולשתות, כי רק על ידי ההבדלה נפרדים מהיום הקדוש. על ידי אמירת הבדלה בברכת 'חונן הדעת' שבתפילת עמידה מותר לעשות מלאכה, אבל עדיין אסור לאכול ולשתות. ועל ידי אמירת הבדלה על כוס יין – מותר גם לעשות מלאכה וגם לאכול ולשתות. מי שלא התפלל ואמר: "ברוך המבדיל בין קודש לחול", רשאי לעשות מלאכה, אבל עדיין אסור לאכול ולשתות משקה קודם שישמע הבדלה על כוס יין, אבל מים, הואיל ואין להם חשיבות – מותר לשתות (שו"ע תרכד, א; פנה"ל שבת ח, ח. ושם ד, ד, למדנו, שבדיעבד, כאשר קשה להבדיל על יין אפשר להבדיל על קפה).
בסדר ההבדלה של יום הכיפורים מברכים על הגפן, על האור ועל ההבדלה. ואין אומרים את הפסוקים שנוהגים לומר לפני ההבדלה שבמוצאי שבת. גם אין מברכים על הבשמים, הואיל וטעם ברכת הבשמים במוצאי שבת, כדי להשיב את הנפש לאחר הסתלקותה של הנשמה היתירה. אבל לאחר התענית אין צער, אלא שמחה על כפרת העוונות. ואף כשחל יום הכיפורים בשבת, לדעת רבים אין מברכים על הבשמים. והרוצה לברך על הבשמים, לאחר סיום ההבדלה ושתיית היין, ייטול בשמים ויברך עליהם.[17]
שלא כמו במוצאי שבת שמברכים על נר שמדליקים באותה שעה, במוצאי יום הכיפורים מברכים רק על נר שהיה דולק כל יום הכיפורים. מפני שבמוצאי שבת מגמת הברכה להודות לה' על האש שהתגלתה לאדם הראשון במוצאי שבת, שנטל אדם הראשון שתי אבנים והקישן זו בזו ויצאה אש, והודה ובירך לה' על כך, וכזכר לזה אף אנו חוזרים ומודים לה' על האש במוצאי שבתות. אולם במוצאי יום הכיפורים הברכה היא משום שבמשך כל היום לא היינו יכולים להשתמש באש, ועתה הותר לנו להשתמש בה. ולכן הברכה צריכה להיות דווקא על 'נר ששבת', כלומר על אש שהיתה דולקת ביום הכיפורים ומחמת השביתה אסור היה להשתמש בה. לשם כך נוהגים להדליק בערב יום הכיפורים נר נשמה, כדי שיוכלו לברך עליו בצאת היום (שו"ע תרכד, ד; מ"ב ז).
לכתחילה יש לברך על 'נר ששבת', כלומר על אותו הנר שדלק ביום הכיפורים. ובדיעבד אם שכחו להדליק נר מערב הצום, או שהנר שהדליקו כבה, אפשר לברך על נר שהודלק מ'נר ששבת'. לשם כך מבקשים רשות משכנים שיש להם 'נר ששבת', להדליק מהנר שלהם נר נוסף, ומביאים אותו לבית ומברכים עליו (רמב"ן, רמ"א תרכד, ה).
מי שאין לו 'נר ששבת', ואינו מוצא אפשרות להדליק נר מ'נר ששבת', לא יברך על האש במוצאי יום הכיפורים (שו"ע תרכד, ד, באו"ה 'ויש אומרים'). ואם יום הכיפורים חל בשבת, בדיעבד אפשר לברך על נר שמדליקים במוצאי שבת (מ"ב תרכד, ז, שעה"צ ט).[18]
לאחר ההבדלה אוכלים ושותים בשמחה כי עדיין הוא קצת יום טוב. ויש בכך גם ביטוי לאמונה שה' מקבל באהבה את השבים אליו. ואמרו חכמים, שבמוצאי יום הכיפורים יוצאת בת קול ואומרת: "לֵךְ אֱכֹל בְּשִׂמְחָה לַחְמֶךָ וּשְׁתֵה בְלֶב טוֹב יֵינֶךָ כִּי כְבָר רָצָה הָאֱלוֹהִים אֶת מַעֲשֶׂיךָ" (קהלת ט, ז, קה"ר שם, רמ"א תרכד, ה).
חסידים ואנשי מעשה מזדרזים להתחיל במלאכת הקמת הסוכה בצאת יום הכיפורים, כדי לצאת ממצווה למצווה (מהרי"ל, רמ"א תרכד, ה; פנה"ל סוכות ב, יב).