המקדש הוא המקום שבו מתגלים כל הערכים האלוקיים, וממנו הם שופעים לכל העולם. בהיכל שנקרא ‘קודש’ מונחת המנורה שמבטאת את החכמה, השולחן שמבטא את הפרנסה, מזבח הקטורת שמבטא את התפילה והכיסופים לקרבת אלוהים. למעלה מזה, ב’קודש הקודשים’ מתגלה יסוד האמונה והתורה. כלומר, שם מאיר היסוד האלוקי שבתורה ובו מאירה קדושת כנסת ישראל, שעל ידי אורות אלו מחייה ה’ את העולם כולו. ולכן ‘קודש הקודשים’ הוא מקומו של ארון הברית שבו הונחו לוחות האבן והתורה שנתנו למשה מסיני, ומעל הארון הונחה כפורת הזהב, ועליה שני הכרובים שמבטאים את קשר הברית והאהבה שבין הקב”ה לישראל. מקום ‘קודש הקודשים’ בירושלים היה על אבן השתייה, שאמרו חכמים שהיא האבן שממנה הושתת העולם בעת בריאתו (יומא נד, ב). ומחיצה היתה בין ‘קודש הקודשים’ ל’קודש’, כדי להבדיל בין המדרגות, שכל קדושתו של ה’קודש’ נובעת מ’קודש הקודשים’, ובלא המחיצה, אורו של ‘קודש הקודשים’ היה מתעלה לגנזי מרומים ולא היה יכול להשפיע אור וברכה ל’קודש’ ומתוך כך לכל העולם.
ואף שאין אדם רשאי להיכנס ל’קודש הקודשים’, על ידי גילוי אור השכינה בקודש הקודשים, יכולים ישראל וכל באי עולם לשוב אל ה’ ולתקן את חטאיהם ולהתפלל אל ה’ דרך בית המקדש, כמבואר בתפילת שלמה המלך בחנוכת המקדש (עי’ מלכים א’ פרק ח).
ואף לאחר החורבן והגלות, רושם השכינה לא זז ממקום קודש הקודשים, ועל ידי תשוקתם וכיסופיהם של ישראל להשראת השכינה בארץ, מובטח להם שתבוא גאולתם, ויתקדש שמו של ה’ על ישראל עמו, ועל ירושלים עירו, ועל ציון משכן כבודו, ועל מלכות בית דוד משיחו, ועל מכונו והיכלו, וימלוך ה’ לבדו על כל מעשיו.
מקום קודש הקודשים עליון ונשגב, עד שאין אדם רשאי להעפיל אליו, וכל הנכנס אליו חייב מיתה בידי שמיים. שנאמר (ויקרא טז, ב-ג): “וַיֹּאמֶר ה’ אֶל מֹשֶׁה: דַּבֵּר אֶל אַהֲרֹן אָחִיךָ וְאַל יָבֹא בְכָל עֵת אֶל הַקֹּדֶשׁ מִבֵּית לַפָּרֹכֶת אֶל פְּנֵי הַכַּפֹּרֶת אֲשֶׁר עַל הָאָרֹן וְלֹא יָמוּת, כִּי בֶּעָנָן אֵרָאֶה עַל הַכַּפֹּרֶת”. ורק ביום הקדוש והנורא, יום הכיפורים, היה הכהן הגדול נכנס בענן הקטורת בשם כל ישראל לקודש הקודשים כדי לקיים את סדר עבודת היום, שנאמר: “בְּזֹאת יָבֹא אַהֲרֹן אֶל הַקֹּדֶשׁ…”. ארבע פעמים צריך היה הכהן הגדול להיכנס לקודש הקודשים ביום הכיפורים, ואם יכנס פעם חמישית, למרות שהוא כהן גדול והיום הוא יום הכיפורים – יתחייב מיתה בידי שמיים (רמב”ם ביאת המקדש ב, ד).
