כתב החיד"א בשם האר"י, שתפילת נוסח הספרדים עולה בכל שנים עשר השערים, ולכן לדעתו מותר לבני אשכנז לעבור לנוסח ספרדי (עי' יבי"א ו, י; יחו"ד ג, ו). אלא שלעומתו החסידים טוענים שנוסחם (ספרד) משובח יותר, שכן גדולי החסידות בחנו ובדקו נוסחים רבים על פי ההלכה ועל פי כוונות הקבלה, ובחרו את הטוב שבהם. ומתפללי נוסח אשכנז סוברים שמנהגם מדויק יותר, שקבלתם איש מפי איש עד שמעון הפקולי. ועוד שיסודו של מנהג ספרד באמוראי וגאוני בבל, ואילו יסוד מנהג אשכנז באמוראי וגאוני ארץ ישראל, שהיו בקיאים יותר באגדה וחכמת הסוד ונוסחי התפילה. אגב, זו הסיבה שבכמה דברים יש דמיון בין נוסח אשכנז לנוסח תימן המקורי (בלאדי), ששניהם הושפעו מגאוני ארץ ישראל. כמובן שגם בעלי נוסח תימן טוענים שנוסחם המדויק ביותר, שכן יהודי תימן במשך כל שנות גלותם לא נדדו ממקומם, וכנגד רדיפות הערבים הגבירו את עקשנותם ושימרו את מנהגיהם בקפדנות יתירה. ואכן ספרי התורה התימנים נמצאו קרובים ביותר בדיוקם לנוסח כתר ארם צובא המדויק.
כללו של דבר, לכל מנהג יתרון משלו, ואין בכוחנו להכריע איזה מנהג משובח יותר. וכן כתב בשו"ת 'חתם-סופר' (א, טו), שכל הנוסחים שווים, וזה שהאר"י חיבר את כוונותיו על נוסח ספרד הוא מפני שהיה רגיל להתפלל בו, אבל באמת אילו היה נמצא באשכנז איש כהאר"י, היה מחבר את סדר כל הכוונות לנוסח אשכנז.
ואף אם היינו יודעים שמנהג מסוים יותר מדויק, עדיין היה ראוי שבני כל מנהג ימשיכו במנהגם, מפני שגם במנהג הפחות מדויק יש נקודות טובות שאינם במנהג האחר. ורק אחר שתוקם הסנהדרין, יהיה מקום לתקן נוסח אחיד, הכולל את הנקודות הטובות שבכל המנהגים. ועדיין יהיה מקום לדגשים שונים בתוספת תפילות ובמנגינות שונות, כנגד י"ב השערים, כל קהילה לפי עניינה.
