פותחים בפרשת העקדה, מפני שהנכונות של אברהם אבינו להקריב את בנו יחידו היא הקרבן הנעלה ביותר, והיא היסוד לכל מצוות הקרבנות. ועוד, שאמירתה מעוררת את הלבבות לאהבת ה' ועבודתו במסירות נפש. ועוד, שבאמירתה אנו מזכירים את זכות אבותינו, וזה מה שאנו מבקשים אחר פרשת העקדה, שבזכות עקדת יצחק ירחם ה' עלינו ויגאלנו.
לאחר מכן נוהגים לומר דברי התעוררות לקראת התפילה ועבודת ה', ומזכירים בהם 'שמע ישראל', ועל פי הירושלמי חותמים בברכה: "ברוך אתה ה' מקדש את שמך ברבים", וכך הוא נוסח אשכנז. ולנוסח ספרד, הואיל ובתלמוד הבבלי לא נזכרה ברכה זו, אומרים: "ברוך המקדש שמו ברבים" בלא הזכרת השם.[3]
אחר כך מגיעים לפרשיות הקרבנות עצמן. למנהג אשכנז, אומרים תחילה את פרשת הכיור ותרומת הדשן, שבהן היו מתחילים הכהנים את עבודת המקדש בכל בוקר. ועוד שעל ידי רחיצת הידיים והרגליים בכיור היו הכהנים מיטהרים לקראת עבודתם, ויש באמירת פרשת הכיור היטהרות לקראת התפילה.
אחר כך הכל אומרים פרשת התמיד, ומבקשים שתהיה אמירתה נחשבת כהקרבת התמיד. לאחר מכן אומרים פסוקי הקטורת, ודברי חכמים על פיטום הקטורת.
מוסיפים לומר פסוקים לסגולה, ואומרים "אביי הוה מסדר סדר המערכה", שהוא סיכום קצר של סדר העבודה במקדש. ואומרים פיוט 'אנא בכח' שרומז על העלאת הקרבנות, ומסיימים בתפילה שיהא שיח שפתותינו נחשב כאילו הקרבנו את קרבן התמיד.
את סדר הקרבנות צריך לומר אחר שעלה עמוד השחר, שאז הוא זמן הקרבת הקרבנות (שו"ע א, ו; מז, יג). יש אומרים שטוב לאומרו בעמידה, כדוגמת הכהנים שהיו עומדים בעת הקרבת הקרבנות (עפ"י מ"א ועי' מ"ב מח, א). ולרוב הפוסקים אין צריך לעמוד, וכך הוא מנהג יוצאי ספרד (כה"ח א, לג).
לאחר מכן אומרים פרק "איזהו מקומן של זבחים" (זבחים פ"ה). שתי מגמות לאמירתו: האחת, שהוא מבאר את מקום זביחתם והזאת דמם של כל הקרבנות, ואמירתו כנגד הקרבת אותם הקרבנות. השנייה, כדי שכל יהודי ילמד בכל יום מקרא, משנה ותלמוד (עי' קידושין ל, א), באמירת פרשת התמיד ייצאו ידי מקרא, כשיקראו פרק זה ייצאו ידי משנה, ואח"כ יאמרו את הברייתא של רבי ישמעאל על שלוש עשרה מידות שהתורה נדרשת בהן, וייצאו ידי תלמוד.
ואף שכתוב בשולחן ערוך (או"ח א, ה), שטוב לומר את כל פרשיות הקרבנות, היינו את פרשת עולה, מנחה, שלמים, חטאת ואשם (מפרשיות ויקרא וצו). למעשה לא נהגו לאומרם, ואף לא הדפיסום בסידורים. ויש אומרים שבאמירת פרק "איזהו מקומן של זבחים", שבו מוזכרים כל הקרבנות, יוצאים במידה מסוימת ידי לימוד עניינם (שועה"ר א, ט, אשל אברהם). ראוי בכל שנה כשמגיעים בקריאת התורה לפרשיות 'ויקרא' ו'צו' – ללומדן היטב, שהלימוד בהן נחשב כהקרבת הקרבנות (מנחות קי, א).
[3]. התוס' בפסחים קד, ב, וברכות מו, א, הזכירו ברכה זו, וביארו שאינה פותחת בברוך מפני שהיא ברכת הודאה. אולם הרמב"ם כתבה בלא שם. והטור או"ח מו הזכירה כברכה עפ"י הירושלמי. (אמנם בירושלמי שלפנינו נוסחה אבד. ועיין בט"ז מו, ט, שהסכים לאומרה עפ"י המנהג). נוסח ספרד עפ"י הרמב"ם ועפ"י האר"י בשער הכוונות, שלא לחותמה בשם. נוסח כל התפילה מ"לעולם יהא אדם" מובא בתנא דבי אליהו רבה פרק כא. לנוסח אשכנז, הואיל והיא ברכה, ראוי להקפיד לאומרה בכל יום.