הורו חכמים שכל אדם יבדוק את מזוזותיו פעמיים בשבע שנים, ואת המזוזות שבשערי העיר ובמבני ציבור יבדקו פעמיים בחמישים שנה, שאין להטריח את הציבור מעבר למה שהכרחי (יומא יא, א, רש”י; שו”ע רצא, א).
ישנם שני סוגי בדיקה: א) של מגיה מומחה, שתכליתה לבדוק אות אחר אות, כדי לוודא שנכתבו כהלכתן. בדיקה יסודית זו צריכה להתבצע לפני קביעת המזוזה בפעם הראשונה (ראו להלן י, כא). ב) הבדיקה שהורו חכמים לבצע פעמיים בשבע שנים, ואותה כל אדם יכול לעשות (חת”ס יו”ד רפג; פת”ש רצא, ג). תכליתה לבדוק האם במשך הזמן שעבר, הדיו דהה או התפורר ונשר. וכך פעמיים בשבע שנים יוריד את המזוזה, יבדוק שכל האותיות נשארו שלמות ולא נסדקו, במיוחד במקום קיפול הקלף. אם לא נמצאה בעיה, יחזירנה למקומה (ולעניין הברכה ראו לעיל הלכה ג). ואם התעורר ספק, ישאל חכם. ואם התעורר לו ספק שמא מזוזותיו לא עברו מתחילה הגהה כהלכה, נכון שמגיה מוסמך יבדוק את המזוזות.
בדורות האחרונים, לאחר המצאת הניילון, ניתן לעטוף את המזוזה בניילון ולאטום אותה בכך מלחות, והניסיון מראה שבאופן זה המזוזה נשמרת עשרות שנים בלא פגם. לפיכך, כאשר עטפו את המזוזה בניילון אין צורך לבדוק את המזוזה, אלא רק אם נקבעה במקום שחשוף לחום רב, או שאירע דבר שעלול לפוסלה, כדוגמת שריפה, צריך לבודקה (בדומה לתפילין, לעיל ד, טו).[14]
