גוללים את המזוזה מסוף השורה לתחילתה, באופן שכאשר יפתחו אותה יוכלו להתחיל מיד לקרוא את המילה הראשונה (שו”ע רפח, יד). קובעים את המזוזה באופן שהשורה הראשונה כלפי מעלה, ואם טעה וקבעה הפוך – פסולה. לכתחילה קובעים את המזוזה באופן שתחילת פתיחתה תהיה כלפי חלל הפתח (שו”ע רפט, ו).
מעיקר הדין אפשר לקבוע את קלף המזוזה הגלולה עצמה למזוזת הפתח, אך למעשה נוהגים להניחה ב’בית מזוזה’, כדי שלא תיפול, וכדי להגן עליה מלחלוחית הכותל (משנה כלים, טז, ז; תוס’ ב”מ קב, א; שו”ע רפט, א). טוב להדר ביופיו ובהדרו של בית המזוזה (נהר מצרים מזוזה י). (דין בית המזוזה לאחר סיום השימוש בו – להלן יד, י).
נהגו ישראל לכתוב שם ‘שד-י’ על הצד החיצוני של קלף המזוזה, כנגד תחילת פרשת ‘והיה אם שמוע’, באופן שכאשר גוללים את המזוזה מסופה לתחילתה, השם נראה כלפי חוץ. בטעם המנהג ביארו, ששם שד-י מבטא את השמירה שה’ שומר על ישראל, כפי שרומזות אותיותיו: שומר דלתות ישראל. לפיכך, יש הידור שבית המזוזה יהיה שקוף, ועל ידי כך העוברים בפתח יראו את השם שעל המזוזה. אמנם רבים נוהגים להשתמש בבית מזוזה שאינו שקוף, וכותבים את שם שד-י על בית המזוזה.
כאשר קובעים את המזוזה בחדר שינה שמתלבשים בו או בחדר שמחליפים בו חיתולים לתינוקות, יש להקפיד שבית המזוזה לא יהיה שקוף, וגם שלא יהיה כתוב על בית המזוזה שם ‘שד-י’, כדי שלא יתבזה. לשם כך, על בתי מזוזה רבים כתוב רק ‘ש’, כדי לרמוז לשם ‘שד-י’ אבל לא לכותבו (שו”ע רפו, ה; מ”ב מ, ז).[3]
כתב הרמב”ם (מזוזה ה, ד): “מנהג פשוט שכותבים על המזוזה מבחוץ כנגד הריוח שבין פרשה לפרשה שד-י, ואין בזה הפסד לפי שהוא מבחוץ. אבל אלו שכותבין מבפנים שמות המלאכים או שמות קדושים או פסוק או חותמות – הרי הן בכלל מי שאין להם חלק לעולם הבא. שאלו הטפשים לא די להם שבטלו המצוה, אלא שעשו מצוה גדולה שהיא יחוד השם של הקב”ה ואהבתו ועבודתו כאילו הוא קמיע של הניית עצמן, כמו שעלה על לבם הסכל, שזהו דבר המהנה בהבלי העולם”. אמנם אם כוונתו לקיים את המצווה כי כך ציווה ה’, אין מניעה לחשוב שמתוך כך ה’ יסייע בידו וישמור עליו. וכ”כ כסף משנה שם, ש”אין הכוונה בעשייתה לשמור הבית, אלא צריך שיכוין לקיים מצות הקב”ה, וממילא נמשך שתשמור הבית”. וכ”כ ר”י עייאש (לחם יהודה על הרמב”ם שם); ברכי יוסף (יו”ד רפח, ג). כיוצא בזה כתב הרמב”ם (מזוזה ו, יג): “אמרו חכמים הראשונים: כל מי שיש לו תפילין בראשו ובזרועו וציצית בבגדו ומזוזה בפתחו – מוחזק הוא שלא יחטא, שהרי יש לו מזכירין רבים, והן הם המלאכים שמצילין אותו מלחטוא, שנאמר (תהלים לד, ח): חֹנֶה מַלְאַךְ ה’ סָבִיב לִירֵאָיו וַיְחַלְּצֵם”.
יש שנוהגים לכתוב בצד האחורי של המזוזה למטה: ‘כוזו במוכסז כוזו’, והן האותיות שלאחר שם הוי”ה א-להים הוי”ה’ (הגה”מ מזוזה ה, ג; סמ”ג עשין כג; רא”ש מזוזה יח; רמ”א רפח, טו, ועוד). וכתבו שאין זה בכלל אזהרת הרמב”ם, הואיל ונכתב מבחוץ. כך נוהגים יוצאי אשכנז וחלק מיוצאי ספרד, ויש מיוצאי ספרד שאינם נוהגים בכך.