כיוון שבית הכנסת הוא ‘מקדש מעט’, הוא החשוב שבבתי העיר. כדי לתת לכך ביטוי, הורו חכמים (תוספתא מגילה ג, יד) לבנותו במקום הגבוה שבסביבה – “בגובהה של עיר”, שנאמר (משלי א, כא): “בְּרֹאשׁ הֹמִיּוֹת תִּקְרָא”. בעבר קראו ליישוב קטן ‘עיר’, ואזי ההוראה היתה להקים את בית הכנסת על המקום הגבוה שביישוב. כאשר היישובים התרחבו וגדלו עד שנצרכו לבנות בהם בתי כנסת רבים, ההוראה היתה שכל בית כנסת ייבנה במקום הגבוה ביחס לסביבה הקרובה אליו.
עוד אמרו חכמים (שבת יא, א): “כל עיר שגגותיה גבוהים מבית הכנסת – לסוף חרבה, שנאמר (עזרא ט, ט): לְרוֹמֵם אֶת בֵּית אֱלוֹהֵינוּ וּלְהַעֲמִיד אֶת חָרְבֹתָיו”. ה’ מעניק חיים ותוכן לאדם, וכאשר מגביהים את בית הכנסת מעל שאר הבתים, הקהילה קשורה אל מקור החיים ומתברכת. אך כאשר הצרכים השונים מקבלים את המקום הגבוה, הם הופכים להיות העיקר, וכיוון שאין להם ערך נצחי, סוף העיר שתחרב.
לפיכך, צריך להקפיד שבית הכנסת יהיה הגבוה שבבתי העיר. ואם בנה אדם את ביתו גבוה מבית הכנסת, חובה עליו להשפיל את ביתו כדי שיהיה נמוך מבית הכנסת, או שיגביה את בית הכנסת מביתו (רא”ש שבת א, כג; שו”ע קנ, ב-ג). ואם לא יעשה כן, נמצא שהוא מתגאה ומתחצף כלפי שמיים וחטאו גדול.
במשך הגלות, במקומות רבים אסרו על היהודים לבנות בית כנסת במקום הגבוה שבעיר, וכן אסרו להגביה את קומתו, ואזי היו אנוסים להשפיל את גובהו של בית הכנסת, ופעמים שאף הוצרכו להצניעו בקומה ראשונה תחת בית דירה (ב”י קנד, א; רמ”א קנ, ב). למעשה כתבו הפוסקים, שכאשר הגויים מגביהים את בתיהם מבית הכנסת, אין אפשרות שבית הכנסת יהיה הגבוה שבבתים, וממילא אין איסור ליהודים להגביה את ביתם יותר ממנו, אך עליהם להקפיד לכבד כפי יכולתם את פנים בית הכנסת, כך שיהיה המכובד שבבתי ישראל (מ”א קנ, ב; מ”ב ה, ועוד).
בדורות האחרונים, אוכלוסיית בני האדם רבתה מאוד, ורבים גרים בבניינים רבי קומות. אם ירצו שבית הכנסת יהיה הגבוה שבבתים, יצטרכו לבנותו בקומה העליונה על הבניין הגבוה שבאזור, ואזי יהיה קשה מאוד לעלות אליו. ואם ירצו שכל הציבור יגור בבתים נמוכים, עלות הדיור תרקיע שחקים. וברור שלא התכוונו חכמים שתקנה זו תהפוך להיות היקרה שבכל מצוות התורה, אלא כוונתם שאם ממילא כל הבתים בגובה של קומה או שתיים, יגביהו את בית הכנסת מעל כל הבתים.
לפיכך, משמעות המצווה כיום, שמצווה לבנות את בית הכנסת בצורה מכובדת ומפוארת, מבפנים ומבחוץ, יותר מבתי המגורים של בני הקהילה. ושיהיה גובה חלל בית הכנסת גבוה מחלל מבני הציבור והתרבות שבסביבה, כדי להראות ולהמחיש שבית הכנסת הוא החשוב והמכובד ביותר. כמו כן מצווה להקצות לבית הכנסת מגרש נאה, ויש להשתדל שיהיה במקום הגבוה שבאותו אזור, כדי שההולכים לבית הכנסת יעלו אליו. אמנם כאשר השכונה או היישוב בנויים במורד, עדיף להקצות לבית הכנסת מגרש במרכז השכונה או היישוב, כדי שיקל על כולם ללכת אליו, אף שלא יהיה במקום הגבוה ביותר (מור וקציעה קנ).[4]
אמנם לרש”י, רא”ש, טור ושו”ע (קנ, ב), ‘קשקושי ואברורי’ הם כיפות וגגות משופעים שנועדו לנוי, והואיל ואין משתמשים בהם, אין איסור שיהיו גבוהים מבית הכנסת. לפי דעתם לכאורה אסור לבנות בתים ומשרדים מעל גובה בית הכנסת. אלא שבמציאות כיום, עלות הנמכת הבתים תהיה עצומה, הן בצורך לקנות קרקעות, והן בהכפלת מחירי הדירות, וברור שלא התכוונו חכמים לקבוע תקנה יקרה כל כך. לפיכך, קיום המצווה בהקצאת שטח מכובד לבית הכנסת. כמו כן מצווה לבנות את בית הכנסת ביותר כבוד והדר משאר בתי השכונה. כמובא בזוהר (רע”מ בשלח נט, ב), ובספר חסידים (תקלה). וכ”כ רמב”ם (איסורי מזבח ז, יא): “אם בנה בית תפילה – יהיה נאה מבית ישיבתו”; וכ”כ בנו רבי אברהם (המספיק לעובדי השם פרק כה), הרב אוירבך (אורח נאמן קנ, ב), ועלי תמר (שקלים ה, ד). במצווה לכבד את בית הכנסת יותר משאר מבני הציבור והתרבות שבסביבה, הכוונה ביחס למבנים שנועדו לשימוש של מספר אנשים דומה, אבל כאשר בנו אולם עבור קהל של אלפי אנשים, או כאשר הקימו קניון עבור בתי מסחר רבים, מטבעם שיהיו גדולים מבית הכנסת, הואיל והם משמשים יותר אנשים.