אמרו חכמים (מגילה כח, א), שאין להשתמש בגג בית הכנסת לצורכי חול, כגון לשטוח עליו פירות לייבוש. ואף שהדבר נעשה מחוץ לבית הכנסת, כיוון שהוא נראה לכל כגנאי לבית הכנסת – אסור (באו”ה קנא, יב, ‘יש’).
לעיתים בנו מעל בית הכנסת עלייה (קומה נוספת), והורו הראשונים שלא להשתמש בה לתשמישים של גנאי, כגון לקבוע שם מקום שינה, וקל וחומר שלא להתקין שם שירותים (מהר”ם מרוטנבורג, שו”ע קנא, יב). כמו כן למדנו (בהלכה ד) שאסור לבנות בית גבוה מבית הכנסת, קל וחומר שאין לבנות דירה מעל בית הכנסת (ריטב”א שבת יא, א). אמנם תשמישי חול שאין בהם גנאי, מותר לעשות בעלייה שמעל בית הכנסת, אך מעל ארון הקודש לא ישתמשו כלל (מ”ב קנא, מ).
כל זה אמור לגבי בניין שנבנה כבית כנסת, אבל אם הבניין נבנה כבית דירות, ורק לאחר מכן נרכשה אחת הדירות לצורך בית כנסת – הדירות שמעליה לא התקדשו, ואין שום הגבלה על הדיירים שמעל בית הכנסת (רמ”א עפ”י מהר”י וייל). אולם אחרונים רבים חששו לסכנה הסגולית שבזה, וכתבו שהרוצה לשמור את נפשו, יתרחק מלגור מעל בית הכנסת (כנה”ג; ט”ז קנא, ד; מ”א יח; מ”ב מב. ובמשפטי עוזיאל ח”ג או”ח יט, אסר). לשיטת הסוברים שאין לגור מעל בית כנסת, ישנו איסור לקבוע בית כנסת בדירה שיש מעליה דירות, כי בכך מזיקים לבעלי הדירות שמעל בית הכנסת.
מנגד, הרמב”ם (שו”ת פאר הדור עד), היקל לגור אף בדירה שנבנתה מעל בית כנסת, ורק מעל מקום ארון הקודש כתב שאין לישון ואין להניח כלי מלאכה. וכתב החיד”א למעשה, שאין לחשוש לסכנה סגולית כאשר מתגוררים מעל בית הכנסת, מפני שכל הפוסקים שהחמירו בזה, לא ראו את תשובת הרמב”ם, ואילו היו רואים אותה היו חוזרים בהם (ברכ”י קנא, י; חיים שאל ח”א נו). וכן נכון לנהוג למעשה, מפני שבכל החששות הסגוליים, יש לחשוש פחות בימינו (ראו פנה”ל אמונה ומצוותיה כו, יא-יב; יט, יד).[9]
לעיתים נצרכים להקים מניין קטן בדירה שבבניין משותף עבור קשיש או נכה וכיוצא בזה, ועל מקימי המניין לעמוד בכללי השימוש המקובלים בבנייני מגורים. מסתבר שכל זמן שהמניין הוא קטן ושקט, והבאים להתפלל משתדלים שלא להרעיש, הוא עומד בכללי השימוש על פי החוק.
יש להוסיף, שדברי המחמירים נאמרו על הדירה שמעל בית הכנסת, אבל הדירות שבקומות גבוהות יותר, אף שמכוונות ממש כנגד בית הכנסת, אין בהן כל חשש, ואף מעל מקום ארון הקודש מותר להשתמש לשינה וכיוצא בזה (עיקרי הד”ט יו”ד כו, לח; יבי”א ח”ו או”ח כו; עשה לך רב ה, קצרות לה). יתר על כן, בעבר, כאשר לכל בית היה יותר ייחוד, ולא בנו קומות רבות, הדירה שמעל בית הכנסת היתה ניכרת וידועה כדירה שמעל בית כנסת, אולם בבתי דירות שלנו, אין היכר שמדובר בדירה שמעל בית כנסת, וממילא יתכן שאף לדברי המחמירים, החשש הסגולי פוחת גם בקומה שמעל בית הכנסת.
