נכון לקבוע את פתח בית הכנסת מול ארון הקודש, כך שהנוהגים להשתחוות מעט בכניסתם לבית הכנסת, ישתחוו כלפי ירושלים וארון הקודש (שו”ע קנ, ה). ואם ירצו, יעשו עוד פתחים בצידי בית הכנסת, אבל ישתדלו שהפתח הראשי יהיה מול ארון הקודש.
נוהגים לבנות מבואה לפני פתח בית הכנסת, כדי שהנכנסים לבית הכנסת יכנסו תחילה למבואה, ושם יוכלו לתלות מעילים ולהניח חפצים, ולאחר מכן יכנסו לבית הכנסת. יש שלמדו זאת מהירושלמי (ברכות, ה, א), שהנכנס לבית הכנסת “צריך להיכנס לפנים משתי דלתות”, שנאמר (משלי ח, לד): “אַשְׁרֵי אָדָם שֹׁמֵעַ לִי לִשְׁקֹד עַל דַּלְתֹתַי יוֹם יוֹם”. וכדוגמת בית המקדש, שנכנסו להיכל דרך האולם (ב”ח או”ח צ, יג; מ”א לה). כך יוצא שאדם נכנס לבית הכנסת דרך שני פתחים – בכניסתו דרך הפתח הראשון אל המבואה הוא פורש מעסקי העולם שבחוץ, ובכניסתו דרך הפתח השני לבית הכנסת הוא מייחד עצמו לדבוק בה’ בתפילה (מהר”ל נתיב העבודה ה).
טוב להתקין סמוך למבואה כיור לנטילת ידיים, כדי שיוכלו ליטול בו ידיים לקראת התפילה, וכדי שהכהנים ייטלו בו את ידיהם לקראת ברכת כהנים. וטוב שסמוך למבואה יקבעו שירותים לנצרכים להתפנות לקראת התפילה או במהלכה.
מנהג ישראל לעשות חלונות לבית הכנסת (שו”ע צ, ד), וכפי שאמרו חכמים (ברכות לד, ב): “אל יתפלל אדם אלא בבית שיש שם חלונות”. וכפי שמסופר על דניאל, שלמרות צו המלך שלא להתפלל, התפלל לה’ שלוש תפילות בכל יום בעלייה אל מול החלונות שהיו פתוחים לכיוון ירושלים, שנאמר (דניאל ו, יא): “וְכַוִּין (חלונות) פְּתִיחָן לֵהּ בְּעִלִּיתֵהּ נֶגֶד יְרוּשְׁלֶם”, ועל כן נתפס והושלך לגוב האריות. החלונות מועילים לתפילה, מפני שעל ידם יכול המתפלל בעת שהוא מפסיק לרגע מתפילתו לשאת את עיניו לשמיים ולעורר את כוונתו (רש”י), ועל ידי החלונות שפתוחים לכיוון ירושלים הוא גם יכול להתעורר לכוון את ליבו לירושלים (רמב”ם). בנוסף, על ידי החלונות נכנסים אור ואוויר לבית הכנסת, ודעתו של המתפלל מתיישבת (רבנו יונה). אמנם כשהחלונות פונים לרחוב, יש להגביהם כדי שלא יגרמו למתפללים להסתכל על הנעשה ברחוב ולהסיח את דעתם מהתפילה (שו”ת חת”ס או”ח כז).
טוב לעשות לבית הכנסת שנים עשר חלונות כנגד שנים עשר שבטי ישראל (זוהר ח”ב רנא, א). וחלקם יהיה לכיוון ירושלים (מ”ב צ, ט). ואף אם יוסיפו יותר חלונות, לא הפסידו את ההידור של שנים עשר החלונות (א”א בוטשטאש צ, ה). אם השמש מסנוורת דרך החלונות, יש להתקין להם וילונות נוחים ונאים.
נכון לשקוד על נויו של בית הכנסת, ויחד עם זאת להקפיד שיהיה נוח למתפללים. לשם כך יש לקנות ספסלים נוחים ונאים. כמו כן, צריך להתקין מערכת מיזוג אוויר לחימום בחורף ולקירור בקיץ, ולשים לב שלא תרעיש ותפריע לתפילות ולדרשות. מותר לנטוע עצים בחצר בית הכנסת (פנה”ל אמונה ומצוותיה טו, יא).
