בעקבות הגלויות ופיזור הקהילות נוצרו הבדלים בין נוסחאות התפילה של העדות השונות. אמנם בעיקרי התפילה, היינו במה שתיקנו אנשי כנסת הגדולה, כברכות קריאת שמע ותפילת עמידה, השינויים קלים מאוד. ואף בעיקר סדר הקורבנות ופסוקי דזמרה, שנקבעו בתקופת התלמוד והגאונים, השינויים קטנים. אבל בתוספות שנוספו בתקופת הראשונים, הן בסדר הקורבנות והן במה שאומרים בסיום התפילה, ההבדלים בין העדות בולטים יותר. כי מה שנהגו להוסיף בספרד לא בהכרח התקבל באשכנז, וכן להיפך. במיוחד הדבר בולט בפיוטים שנתחברו בתקופת הגאונים והראשונים, והוכנסו לסדר התפילה בימים הנוראים ובחגים. וכך אנו מוצאים פיוטים שונים לגמרי בסדר תפילות הימים הנוראים בין מנהגי ספרדים ואשכנזים.
ראוי שכל יהודי ימשיך במנהג אבותיו. ואפילו אם היה ידוע שנוסח מסוים מדויק יותר, ההוראה היא שכל אדם ימשיך במנהג אבותיו, כי המשכת המסורת חשובה יותר מהדקדוק הפרטני במילה זו או אחרת (ירושלמי עירובין פ"ג ה"ט).
באר האר"י הקדוש, לגבי שינויי הנוסחים שבין ספרדים ואשכנזים, שקבלה בידינו, שיש ברקיע שנים עשר חלונות כנגד שנים עשר שבטי ישראל, ותפילת כל שבט ושבט עולה דרך שער אחד המיוחד לו, והוא סוד שנים עשר שערים הנזכרים בסוף ספר יחזקאל (שער הכוונות דף נ, ד, מ"א סח, א, מ"ב סח, ד).
גם במנהגי הגיית העברית יש שינויים בין העדות, הן לגבי מבטא האותיות, כמו ב'צ' ו'ק', והן לגבי הניקוד, כמו בקמץ וחולם. ועל בני כל עדה להמשיך במנהגם. ומכל מקום אם שינו יצאו ידי חובתם, שכל המסורות הקיימות בישראל בקריאת האותיות והניקוד כשרות לתפילה (אג"מ או"ח ג, ה, ואפילו בנוסח חליצה שלכל הדעות צריך לבטא את כל אותיותיו, יוצאים בכל מבטאי העדות).
