שמירת המנהגים כוללת בנוסף לנוסח התפילה, גם את צורת ההגייה, תימנים בהגייה תימנית, ספרדים בהגייה ספרדית, ואשכנזים בהגייה אשכנזית, כל קהילה לפי הגייתה המיוחדת. וכן לכתחילה ראוי שכל עדה תמשיך להתפלל במנגינותיה המסורתיות (עי' רמ"א או"ח תריט, א). כמובן שאפשר להוסיף ולחדש מנגינות, אולם הכוונה שבעיקר התפילה ישמר הניגון המסורתי שנתקדש במשך דורות. לשם כך צריך אדם להתפלל לכתחילה בבית כנסת שבנוסח אבותיו (עי' בהערה 1).
וצריך לדעת שישנם בישראל עשרות מנהגים. נוסח ספרדים מתחלק לכמה מנהגים. בענייני הלכה, השינויים העיקריים הם בין הנוהגים על פי 'שולחן-ערוך' לנוהגים על פי 'בן-איש-חי'. עוד ישנו נוסח של יוצאי צפון אפריקה, ואמנם בענייני הנוסח וההלכה השינויים בין יוצאי צפון אפריקה לעירק וסוריה קטנים יחסית, אבל במנגינות השינויים גדולים יותר. ואפילו בין עולי צפון אפריקה יש הבדלים משמעותיים במנגינות. כדי לשמור על המנהגים באופן מושלם, צריך שיהיו בתי כנסת מיוחדים לעולי טריפולי, לעולי טוניס, לעולי אלג'יר, לעולי מרוקו, וכן לעולי עירק, לעולי סוריה, לעולי פרס ולעולי טורקיה.
וכן בין עולי אשכנז ישנם מנהגים שונים. ההבדל הגדול הוא בין החסידים לשאר האשכנזים. אבל ישנם עוד הבדלים משמעותיים בצורת ההגייה ובמנגינות. מנגינותיהם של מתפללי נוסח אשכנז ממערב אירופה שונות לגמרי ממנגינותיהם של מתפללי נוסח אשכנז מליטא. ולגבי ההגייה, יש לפחות ארבעה סוגי הגיות: עולי ליטא, עולי פולין, עולי גליציה ועולי הונגריה. וכן יש הבדלים בין החסידויות השונות בכמה מנהגים ובמנגינות. וכן בין התימנים ישנם שני נוסחים עיקריים, בלאדים ושאמים. ולכתחילה טוב שכל אדם ימשיך במנהג אבותיו.
אלא שאם ההקפדה על שמירת המנהגים תגרום לפירוק הקהילה, עדיף לוותר על שמירת המנהגים. מפני שבדרך כלל, כאשר הקהילה מגובשת ומקיימת שיעורי תורה לגברים, לנשים ולילדים, ויש בה פעילות של גמילות חסדים, היא מצליחה לקשר את כל חבריה לתורה ומצוות. וכאשר היא נחלשת, גם חבריה נחלשים, ובמיוחד הדבר משפיע לרעה על הילדים.
ואם כן, אף שלכתחילה טוב שכל אחד יתפלל לפי מנהג אבותיו המדויק, מכל מקום, אם לשם כך יצטרכו להקים בתי כנסת קטנים, שלא יהיה בכוחם לארגן תפילות מכובדות, שיעורי תורה וחיי קהילה, אזי עדיף שבני עדות הקרובים זה לזה במנהגיהם יתאחדו כדי להקים קהילה חזקה. למשל, שכל יוצאי צפון אפריקה יתפללו יחד. ואם גם זה לא יספיק, אז שכל מתפללי נוסח ספרדי יתפללו יחד.[5]
לפיכך צריך בכל מקום ומקום לשקול את הערך של שמירת המנהגים מול הערך של הקמת קהילה חזקה ומגובשת. וכאשר יש מספיק משפחות מעולי אותה עדה, עד שיש בכוחם לקיים בית כנסת גדול כמסורת מנהגיהם, מה טוב. אבל כאשר אין להם מספיק משפחות, מוטב שיתלכדו עם עדה הקרובה למנהגיהם, ובלבד שיקימו קהילה חזקה. ואם התלכדות העדות הקרובות לא תספיק לבניית קהילה חזקה, מוטב שבני כל העדות, ספרדים, אשכנזים ותימנים, יתלכדו לקהילה אחת. סוגיה זו צריכה להישקל בכובד ראש, ובמקום שיש 'מרא- דאתרא', הוא צריך להכריע בשאלות אלו.
