שמירת המנהגים כוללת בנוסף לנוסח התפילה, גם את צורת ההגייה, תימנים בהגייה תימנית, ספרדים בהגייה ספרדית, ואשכנזים בהגייה אשכנזית, כל קהילה לפי הגייתה המיוחדת. וכן לכתחילה ראוי שכל עדה תמשיך להתפלל במנגינותיה המסורתיות (עי' רמ"א או"ח תריט, א). כמובן שאפשר להוסיף ולחדש מנגינות, אולם הכוונה שבעיקר התפילה ישמר הניגון המסורתי שנתקדש במשך דורות. לשם כך צריך אדם להתפלל לכתחילה בבית כנסת שבנוסח אבותיו (ראו בהערה 1).
כיום ישנם בישראל עשרות מנהגים. מנהגי עולי ספרד בהלכה ובתפילה מתחלקים לכמה גוונים. בענייני הלכה השינויים העיקריים הם בין הנוהגים על פי 'שולחן-ערוך' לנוהגים על פי 'בן איש חי'. בענייני נוסח השינויים קטנים, אולם במנגינות התפילה השינויים גדולים יותר. ואף בין עולי ארצות סמוכות יש הבדלים משמעותיים במנגינות התפילה. כדי לשמור על המנהגים באופן מושלם, צריך שיהיו בתי כנסת מיוחדים לעולי טריפולי, לעולי תוניסיה, לעולי אלג'יריה, לעולי מרוקו, וכן לעולי עיראק, לעולי סוריה, לעולי פרס ולעולי טורקיה. ואף בין העולים מארץ אחת, פעמים שיש הבדלי מנהגים ומנגינות.
וכן בין עולי אשכנז ישנם מנהגים שונים. ההבדל הגדול הוא בין החסידים לשאר יוצאי אשכנז. אבל ישנם עוד הבדלים משמעותיים בצורת ההגייה ובמנגינות. מנגינותיהם של מתפללי נוסח אשכנז ממערב אירופה שונות לגמרי ממנגינותיהם של מתפללי נוסח אשכנז מליטא. לגבי ההגייה, יש לפחות ארבעה סוגי הגיות: עולי ליטא, עולי פולין, עולי גליציה ועולי הונגריה. וכן יש הבדלים בין החסידויות השונות בכמה מנהגים ובמנגינות. וכן בין התימנים ישנם שני נוסחים עיקריים, בלאדים ושאמים. לכתחילה טוב שכל אדם ימשיך במנהג אבותיו.
אלא שאם ההקפדה על שמירת המנהגים תגרום לפירוק הקהילה, עדיף לוותר על שמירת המנהגים. מפני שבדרך כלל, כאשר הקהילה מגובשת ומקיימת שיעורי תורה לגברים, לנשים ולילדים, ויש בה פעילות של גמילות חסדים, היא מצליחה לקשר את כל חבריה לתורה ולמצוות. וכאשר היא נחלשת, גם חבריה נחלשים, ובמיוחד הדבר משפיע לרעה על הילדים.
ואם כן, אף שלכתחילה טוב שכל אחד יתפלל לפי מנהג אבותיו המדויק, מכל מקום, אם לשם כך יצטרכו להקים בתי כנסת קטנים, שלא יהיה בכוחם לארגן תפילות מכובדות, שיעורי תורה וחיי קהילה, אזי עדיף שבני עדות הקרובים זה לזה במנהגיהם יתאחדו כדי להקים קהילה חזקה. כגון, שכל יוצאי צפון אפריקה יתפללו יחד. ואם גם זה לא יספיק, אז שכל מתפללי נוסח ספרדי יתפללו יחד.[5]
לפיכך, צריך בכל מקום ומקום לשקול את הערך של שמירת המנהגים מול הערך של הקמת קהילה חזקה ומגובשת. וכאשר יש מספיק משפחות מעולי אותה עדה, עד שיש בכוחם לקיים בית כנסת גדול כמסורת מנהגיהם, מה טוב. אבל כאשר אין להם מספיק משפחות, מוטב שיתלכדו עם עדה הקרובה למנהגיהם, ובלבד שיקימו קהילה חזקה. ואם התלכדות העדות הקרובות לא תספיק לבניית קהילה חזקה, מוטב שבני כל העדות, ספרדים, אשכנזים ותימנים, יתלכדו לקהילה אחת. סוגיה זו צריכה להישקל בכובד ראש, ובמקום שיש 'מרא-דאתרא', נכון שהוא יוביל את ההכרעה בשאלות אלו (ראו פנה"ל חפצי קודש יג, ג, 3).
[5]. בנוסף, אף שמלכתחילה היה ראוי שכל אחד ישמור בדייקנות את כל מנהגיו ונגינותיו, בדיעבד יש גם צד חיובי במיזוג הגלויות. וכיוון שאדם אינו בוחר לעצמו את מקום מגוריו לפי עדתו, ממילא נוצר מצב שהנוסחים הקרובים הולכים ומתלכדים. וכך כבר נוהגים רוב יוצאי אשכנז, שבעלי מסורות שונות מתפללים ביחד.