לקראת מותו, כתב משה רבנו את התורה בספר, והורה לכהנים בני לוי לשים אותו בצד ארון הברית בקודש הקודשים, לשם עדות וכדי למנוע זיוף. שנאמר (דברים לא, כד-כו): “וַיְהִי כְּכַלּוֹת מֹשֶׁה לִכְתֹּב אֶת דִּבְרֵי הַתּוֹרָה הַזֹּאת עַל סֵפֶר, עַד תֻּמָּם. וַיְצַו מֹשֶׁה אֶת הַלְוִיִּם נֹשְׂאֵי אֲרוֹן בְּרִית ה’ לֵאמֹר: לָקֹחַ אֵת סֵפֶר הַתּוֹרָה הַזֶּה, וְשַׂמְתֶּם אֹתוֹ מִצַּד אֲרוֹן בְּרִית ה’ אֱלֹוהֵיכֶם, וְהָיָה שָׁם בְּךָ לְעֵד”. אמרו חכמים (דב”ר וילך ט, ט), שמלבד ספר התורה שהושם בצד ארון הברית, כתב משה עוד שנים עשר ספרי תורה ומסרם לשנים עשר שבטי ישראל, ומהם העתיקו בני השבטים את התורה לעצמם.
אחד הפלאים שבתולדות ישראל הוא המסורת המדויקת של נוסח ספר התורה. למרות פיזור הגלויות והשינויים במנהגים ובאורחות החיים בין קהילות ישראל, מסורת כתיבת ספר התורה נשארה אחידה. ואף שספרי התורה הועתקו ספר מספר במשך אלפי שנים, במקומות שונים בעולם ותוך כדי נדודים מגלות לגלות, כל הספרים שווים בסדר המילים והאותיות. כל זאת משום החשיבות העצומה שמייחסת ההלכה לדיוק בכתיבת התורה, שכל ספר תורה שחסרה בו אות אחת, או נוספה בו אות אחת – כולו פסול. גם כאשר שינוי האות אינו משנה את נוסח הקריאה ומשמעות המילה, כגון שבתורה המילה כתובה בכתיב חסר והסופר כתבה בכתיב מלא – ספר התורה פסול (מנחות כט, ב; להלן י, ב).
למרות הדיוק המופלא שבהעתקת התורה, שאין דומה לו בשום עם ולשון, בעקבות הגלויות נפלו שינויים מעטים בין המסורות. לדוגמה: בחומש בראשית (ט, כט) למסורת יוצאי ספרד ואשכנז הנוסח הוא: “וַיְהִי כָּל יְמֵי נֹחַ”, ואילו למסורת יוצאי תימן הנוסח: “וַיִּהְיוּ כָּל יְמֵי נֹחַ”. וכן בחומש דברים (כג, ב), למסורת עולי ספרד ורוב יוצאי אשכנז, כתוב: “פְצוּע דַּכָּה” ב’ה’. ולמסורת עולי תימן, וכן בכמה ספרי תורה ישנים מאשכנז, כתוב: “דַּכָּא” ב’א’. וכן בחומש ויקרא, לפי המסורת הרווחת ברוב ישראל בפרק ז’ פסוק כ”ח מתחילה פרשה פתוחה (להלן י, טז), ולמסורת עולי תימן ועוד מסורות, הפרשה מתחילה לפני כן בפסוק כ”ב (עי’ ש”ך רעה, ו).
הרמב”ם כתב שהספר שעליו הוא סומך, הוא הספר הידוע במצרים, שהיה לפני כן בירושלים וממנו הגיהו את הספרים, ועליו היו הכל סומכים, לפי שבעל המסורה המפורסם ‘בן אשר’ דקדק בו שנים והגיהו פעמים רבות (הלכות ס”ת ח, ד). כלומר, לדעת הרמב”ם ישנה גרסה אחת שהיא הנכונה ועל פיה צריכים לכתוב את כל הספרים. לפי מסורת הקהילה החלבּית, הספר המפורסם שעליו דיבר הרמב”ם הוא ‘כתר-ארם-צובא’. למרבה הצער אין בידינו כיום אלא חלקים מ’כתר-ארם-צובא’, אולם ישנם ספרים רבים שהועתקו ממנו, ועל פי השוואת כלל ספרי התנ”ך, נמצא כי ספרי עולי תימן הם הקרובים ביותר לנוסח המקורי שלו.
למעשה, כתבו גדולי הראשונים, שאין להעדיף את מסורת בן אשר על פני המסורות האחרות, וכל מסורת מוסמכת שכתבו על פיה ספרים רבים במשך דורות, יש לה מקום, והכותב על פיה – ספרו כשר (רשב”א, מאירי, מהר”י מינץ). וכן לגבי הקריאה בתורה, מוסכם למעשה, שכל ספר שנכתב על פי אחת מן המסורות המוסמכות, מותר לבני כל העדות לקרוא בו בברכה.[7]
בעניין מסורת הכתיבה סומכים על הספרים המצויים בידינו, שעיקר קיום התורה כפי האופן שבו היא נמצאת בידינו. ולכן אף אם ישנו מדרש שמשמע ממנו שהגרסה שונה מהגרסה שלפנינו, הלכה כפי רוב הספרים שבימינו (שו”ת מהר”ם חלאווה קמד).