סגולתו המיוחדת של יום הכיפורים מתגלה על ידי מצוות היום. ראשית, יש בו שלוש מצוות שבהן הוא שווה לימים קדושים אחרים:
א) לעשותו ‘מקרא קודש’, כלומר לייעדו לדברים שבקדושה ולכבדו בבגדים מכובדים וסידור הבית, שנאמר (ויקרא כג, כז): “אַךְ בֶּעָשׂוֹר לַחֹדֶשׁ הַשְּׁבִיעִי הַזֶּה יוֹם הַכִּפֻּרִים הוּא מִקְרָא קֹדֶשׁ יִהְיֶה לָכֶם…” (יבואר להלן ז, א).
ב) לשבות בו מכל מלאכה כמו ביום השבת, שנאמר (שם כג, כח-לא): “וְכָל מְלָאכָה לֹא תַעֲשׂוּ בְּעֶצֶם הַיּוֹם הַזֶּה, כִּי יוֹם כִּפֻּרִים הוּא לְכַפֵּר עֲלֵיכֶם לִפְנֵי ה’ אֱלוֹהֵיכֶם… כִּי כָל הַנֶּפֶשׁ אֲשֶׁר תַּעֲשֶׂה כָּל מְלָאכָה בְּעֶצֶם הַיּוֹם הַזֶּה וְהַאֲבַדְתִּי אֶת הַנֶּפֶשׁ הַהִוא מִקֶּרֶב עַמָּהּ. כָּל מְלָאכָה לֹא תַעֲשׂוּ חֻקַּת עוֹלָם לְדֹרֹתֵיכֶם בְּכֹל מֹשְׁבֹתֵיכֶם”. (יבואר להלן ז, ב).
ג) להקריב קרבנות מוסף בדומה לשאר המועדים וראשי חודשים, שנאמר (במדבר כט, ח-יא): “וְהִקְרַבְתֶּם עֹלָה לַה’ רֵיחַ נִיחֹחַ פַּר בֶּן בָּקָר אֶחָד אַיִל אֶחָד כְּבָשִׂים בְּנֵי שָׁנָה שִׁבְעָה תְּמִימִם יִהְיוּ לָכֶם… שְׂעִיר עִזִּים אֶחָד חַטָּאת מִלְּבַד חַטַּאת הַכִּפֻּרִים וְעֹלַת הַתָּמִיד וּמִנְחָתָהּ וְנִסְכֵּיהֶם”.
עוד נוספו ליום הכיפורים שלוש מצוות מיוחדות: א) תענית, שנאמר (ויקרא כג, כו-לב): “וַיְדַבֵּר ה’ אֶל מֹשֶׁה לֵּאמֹר. אַךְ בֶּעָשׂוֹר לַחֹדֶשׁ הַשְּׁבִיעִי הַזֶּה יוֹם הַכִּפֻּרִים הוּא מִקְרָא קֹדֶשׁ יִהְיֶה לָכֶם וְעִנִּיתֶם אֶת נַפְשֹׁתֵיכֶם וְהִקְרַבְתֶּם אִשֶּׁה לַה’… כִּי כָל הַנֶּפֶשׁ אֲשֶׁר לֹא תְעֻנֶּה בְּעֶצֶם הַיּוֹם הַזֶּה וְנִכְרְתָה מֵעַמֶּיהָ… שַׁבַּת שַׁבָּתוֹן הוּא לָכֶם וְעִנִּיתֶם אֶת נַפְשֹׁתֵיכֶם בְּתִשְׁעָה לַחֹדֶשׁ בָּעֶרֶב מֵעֶרֶב עַד עֶרֶב תִּשְׁבְּתוּ שַׁבַּתְּכֶם” (וכן בויקרא טז, כט; במדבר כט, ז). מצווה זו חשובה כל כך עד שגם כאשר יום הכיפורים חל בשבת, מצוות התענית על כל מרכיביה דוחה את המצווה לענג את השבת.
ב) לשוב בתשובה ולהתוודות על העוונות, שנאמר (ויקרא טז, ל): “כִּי בַיּוֹם הַזֶּה יְכַפֵּר עֲלֵיכֶם לְטַהֵר אֶתְכֶם מִכֹּל חַטֹּאתֵיכֶם לִפְנֵי ה’ תִּטְהָרוּ”. פירוש לִפְנֵי ה’ תִּטְהָרוּ – תשובו בתשובה (רמב”ם תשובה ב, ז; שערי תשובה ד, יז).
ג) סדר קרבנות מיוחד ליום הכיפורים לשם כפרת עוונות ישראל, שבשיאו הכהן הגדול נכנס לקודש הקודשים מעלה שם קטורת ומזה את דם החטאות לפני ה’. אלו הם הקרבנות המיוחדים ליום: פר בן בקר לחטאת, לכפרה על הכהן הגדול ועל אחיו הכהנים ואיל לעולה. שני שעירי עיזים לחטאת, האחד לה’ והשני לעזאזל. מדם פר החטאת והשעיר לה’ הכהן הגדול מזה בקודש הקודשים, ולאחר מכן על הפרוכת ועל מזבח הזהב. והשעיר שנשלח לעזאזל נושא עליו את עוונות ישראל למקום הראוי להם במדבר.
כיום שבית המקדש חרב, עיצומו של יום הכיפורים עם התענית והתשובה מכפרים על ישראל, ותפילות היום ובמיוחד תפילת מוסף – מהוות תחליף מסוים לקרבנות (רמב”ם תשובה א, ג; להלן י, יח).
