מפני קדושתו של ספר התורה, אין לנגוע בידיים חשופות בקלף של הספר. וכשיש צורך לסדר את הקלף בעת גלילת הספר, עוטפים את היד במטפחת או בטלית וכך מסדרים אותו. אמנם לצורך גדול, כגון לצורך תיקון הספר, מותר לנגוע בקלף בידיים חשופות, וטוב ליטול ידיים לפני כן (מגילה לב, ב; שו”ע או”ח קמז, א; מ”ב א-ב).
בעמודי הספר מותר לנגוע, וכך מגביהים את ספר התורה. וכן מותר לנגוע במעיל או בתיק שבו הספר נמצא, וכך נושאים אותו. גם לנשים בזמן נידתן מותר לשאת את ספר התורה ולנשקו ולקרוא בו (שו”ע יו”ד רפב, ט). מותר לנגוע בידיים חשופות בקלף של ספרי נביאים ומגילות שכתובים בדיו, וטוב ליטול ידיים לפני כן (רמ”א קמז, א).[6]
קדושת התורה מרובה מקדושת ‘נביאים’ ו’כתובים’, לכן אסור להניח נ”ך על גבי תורה. אבל מותר להניח חומש אחד על גבי חברו. כאשר התורה, הנביאים והכתובים כרוכים יחד (תנ”ך), מותר לקרוא בכתובים, אף שבאותו זמן דפי הנביאים והכתובים מונחים על גבי דפי התורה (שו”ע ורמ”א רפב, יט).
אף שמעלת הנבואה שבה נכתבו הנביאים גבוהה ממעלת רוח הקודש שבה נכתבו הכתובים, הנביאים והכתובים נחשבים באותה מדרגת קדושה, ולכן מותר להניחם אלו על אלו (ר”ן מגילה ח, ב; חת”ס לשו”ע קנג, ב; אורות הקודש א, עמ’ רע; פנה”ל אמונה ומצוותיה יז, א).
אין להניח ספרי תורה שבעל פה, כגון משנה, על גבי נ”ך (ר”י מיגאש צב). בספרים של תורה שבעל פה אין חובה לדקדק, אלא כולם שווים, ואף ספרי אחרונים מותר להניח על ספרי תלמוד.[7]
[7]. יש מהדרים שלא להניח כתובים על נביאים (עפ”י רבנו בחיי ויקרא ח, ח), ושלא להניח ספרי אחרונים על ראשונים, ולא ראשונים על משנה ותלמוד.
בימי חכמים היו שנהגו להטמין את התרומה שהפרישו לכהנים בסמוך לספרי הקודש כדי לשומרן בטהרה, ולעיתים היו באים עכברים לאכול את התרומה ומתוך כך אכלו גם את ספרי הקודש. כדי למנוע זאת תיקנו שיהיו ספרי הקודש במעמד של ‘שנִיים לטומאה’, וממילא תרומה שנוגעת בהם נפסלה, וכן מי שנגע בהם בידיו – ידיו נטמאו, וכדי לטהרן היה עליו ליטול ידיים (משנה ידים ב, ב-ה; שבת יד, א). כיום, לאחר שבטלה טהרת אפר פרה אדומה, כולם טמאים, ואין נוהגים בתקנה זו (באו”ה קסד, ב, ‘לחזור’).