בית כנסת הוא מקום שבו מתגלה סגולת אחדות ישראל, שכן הוא נועד לתפילה במניין. היינו לתפילה של עשרה יהודים שמתכנסים לשם כך, ועל כן השכינה שורה ביניהם. וכיוון שהם מניין, הם רשאים לומר דברים שבקדושה: קדיש וברכו, קדושה וחזרת שליח הציבור, ברכת כהנים וקריאה בתורה.
כיוון שבית כנסת מבטא את אחדות ישראל, הוא צריך להיות פתוח לכל אדם מישראל. כיוצא בזה תיקנו הקדמונים, שאין בסמכותו של אדם, גם אם היה שותף במימון בניית בית הכנסת, לאסור בנדר על אדם אחר להיכנס אליו (שו”ע או”ח קנג, טו).
כיוצא בזה, כתבו הפוסקים שחזן שמתכוון שלא להוציא ידי חובה את אחד המתפללים, גם שאר המתפללים לא יוצאים ידי חובתם (רמ”א או”ח תקפא, א).
עוד תיקנו הקדמונים, שאם השאיל אדם את ביתו לציבור כדי שישמש כבית כנסת, והיתה לו מריבה עם אחד המתפללים, אינו יכול לאסור עליו להיכנס לבית הכנסת. אלא או שיאסור על כל הקהל כאחד להיכנס לביתו, או שיתיר לכולם (שו”ע קנג, טז; מ”ב פח, ועי’ באו”ה ‘לאסרה’). אמנם אם הוא מארח אותם בביתו, ולא נקבע שאותו חדר שבו הם מתפללים נחשב באותו זמן כבית כנסת, בכוחו לאסור על אחד המתפללים שנמצא עמו בריב להיכנס לביתו (מהריט”ץ קצז; פמ”ג א”א לט). ונראה שאם אין לאותה קהילה מניין נוסף, נכון לקהל להתפלל בבית אחר, כדי שאותו אדם יוכל להתפלל במניין (עי’ בזרע אמת ח”א או”ח כה, ואורח נאמן קנג, עז, שאם אותו אדם מפריע לקהל בקטטות, רשאי בעל הבית לאסור עליו להיכנס לביתו).
גם התפילה שמתפללים בבית הכנסת מבטאת את אחדות ישראל, שכן עיקר תפילת הציבור היא על כלל ישראל, ומתוך כך מבקש כל יחיד את בקשותיו המיוחדות. כדי להבליט עיקרון זה, עורר האר”י הקדוש את תלמידיו, לקבל על עצמם לפני התפילה לקיים את מצוות וְאָהַבְתָּ לְרֵעֲךָ כָּמוֹךָ (שער הכוונות לאר”י). וכן כתבו הפוסקים (ח”א א, ו): “יקבל על עצמו בפרטות לאהוב כל אחד ואחד מבני אדם כגופו, כמו שנאמר (ויקרא יט, יח): וְאָהַבְתָּ לְרֵעֲךָ כָּמוֹךָ. ועל ידי זה יכלול תפילתו בכלל תפילות כל ישראל ויהיו לאחדים” (וכן במ”א מו, הקדמה; שועה”ר יא; חיד”א).
כביטוי לאהבה ולאחדות, נוהגים ישראל שכאשר יש לאחד המתפללים שמחה, כדוגמת בר מצווה, לידה וחתונה – מעלים אותו לתורה והגבאי מוסיף לו ברכה, וכל המתפללים עונים ‘אמן’ על הברכה ומשתתפים בשמחתו. כמו כן, נוהגים שהגבאי מברך את העולים לתורה, וכשהעולים חוזרים למקומם שכניהם לוחצים להם יד ואומרים להם ‘יישר כוח’ או ‘חזק וברוך’. וכן נוהגים לברך ולהודות לחזנים אחר שהתפללו. וכן, לא עלינו, בעת שאדם אבל על אחד מבני משפחתו, מנחמים אותו, ומכבדים אותו לומר קדיש לעילוי נשמת קרובו, וכל הקהל עונה ‘אמן’ אחר הקדיש.
כביטוי לאהבת ישראל, אף שמצווה להתפלל במקום קבוע בבית הכנסת (פנה”ל תפילה ג, ב), כאשר אורח מתיישב במקומו הקבוע של המתפלל, עדיף לבעל המקום לשבת במקום אחר ולהימנע מלצער אותו.