תיקנו חכמים למאחרים שהגיעו אחר תחילת ברכות קריאת שמע, והפסידו עניית 'ברכו' עם הציבור, שאחר התפילה יחזור החזן לומר עבורם 'ברכו', והמאחרים וכל הקהל עימם יענו "ברוך ה' המבורך לעולם ועד". וכן נוהגים גם בסוף תפילת ערבית. לפי זה, בשבתות ובחגים אין צורך שהחזן יאמר בסוף התפילה 'ברכו', מפני שמסתבר שגם המאחרים הספיקו לשמוע 'ברכו' מהעולים לתורה (שו"ע קלג, א; מהרי"ץ, מ"ב פתיחת סי' סט). על פי טעם זה נוהגים מתפללי נוסח אשכנז, שלא לומר 'ברכו' אחר התפילה בימי חול שיש בהם קריאה בתורה. אבל בימים שאין בהם קריאה בתורה, נוהגים לומר תמיד 'ברכו', בלא לבדוק אם יש שם מי שנצרך להשלימו, וזאת כדי שלא להטריד את המתפללים לבדוק בכל יום אם יש שם מי שאיחר.
לפי האר"י אומרים תמיד בסוף התפילה 'ברכו', כי על פי הכוונות יש צורך לומר פעמיים 'ברכו' בכל תפילה, אחד לפני ברכות קריאת שמע, והשני בסוף התפילה. וכן בתפילת ערבית. וכן מנהג נוסח ספרד וחסידים (כה"ח קלג, א).
מקום אמירת 'ברכו' הוא אחר 'קדיש דרבנן', שהוא הקדיש האחרון, וכך גם אחרון המאחרים יספיק לשומעו. נהגו שאומר הקדיש הוא אומר 'ברכו'. לפעמים אומר את הקדיש האחרון יתום שעדיין לא הגיע לגיל מצוות, ואזי יש להקפיד שאת ה'ברכו' יאמר החזן שכבר הגיע לגיל מצוות (מ"ב נה, ד).
אחר 'עלינו לשבח' אין צורך לומר עוד קדיש 'יהא שלמא', מפני שכבר אמרוהו פעם אחת אחר 'שיר של יום', ואין מקום לומר פעמיים קדיש על פסוקים תוך זמן קצר כל כך. גם לפי כוונות האר"י אין מקום לומר שם עוד קדיש. אמנם יש מניינים שבהם האבלים נוהגים לומר בסוף התפילה פעמיים קדיש 'יהא שלמא', ועדיף שלא לעשות כן.[11]
[11]. בסוף שחרית, אין מקום לומר פעמיים קדיש 'יהא שלמא' על 'עלינו' ועל 'שיר של יום' (האר"י, כמובא בכה"ח נה, א; מח, א, בסוף ד"ה 'ודע הקדמה'). ואמנם יש מיוצאי אשכנז שנהגו לומר שם פעמיים קדיש 'יהא שלמא', כדי שיהיה לאבלים עוד קדיש (ערוה"ש נה, ד). ומסתבר שהסיבה לכך, שבעבר נהגו באשכנז שרק אבל אחד היה אומר קדיש, וכדי שיגיע התור לכל האבלים הוסיפו מקומות שבהם אפשר לומר קדיש. אולם כיום, שנוהגים כולם לאומרו יחד (ראו לעיל ד, ז, 7), אין מקום להוסיף קדישים (גבורות אליהו או"ח כח).