כאמור, למנהג אשכנז וחלק מספרד, נופלים אפיים בישיבה תוך הרכנת הראש והשענתו על הזרוע בהטיה מסוימת של הפנים לצד ימין, כדי שלא יהיו מופנות ישר כלפי הרצפה. ונכון לכסות את הפנים בבגד או בשרוול, ולא להסתפק בטמינת הראש בזרוע בלא שרוול, מפני שהזרוע והפנים הם גוף אחד, ואין הגוף יכול לכסות את עצמו (שו"ע קלא, א; מ"ב שם). עיקר הכיסוי הוא לשם צניעות, כאדם המסתיר את פניו מפחד ובושה מפני ה' יתברך. בדיעבד, מי ששרווליה קצרים, ואין בידה מטפחת, תליט את פניה בזרועה החשופה. ואם יש שם שולחן, תשעין את ראשה וזרועה עליו, והשולחן יחשב לכיסוי העיקרי לפניה (פניני הלכה תפילה כא, ד).
נהגו ליפול אפיים רק במקום שיש בו ספר תורה או ספרי קודש אחרים בדפוס, ובמקום שאין ספרים קדושים, אומרים את המזמור בישיבה בלא נפילה על הזרוע. בירושלים נהגו ליפול אפיים גם במקום שאין ספרים, מפני שקדושת העיר מועילה במקום ספרים (פניני הלכה תפילה כא, ד).
במקום שאין אפשרות לומר נפילת אפיים בישיבה, כגון שאין שם כסא, או שאינה יכולה לשבת מפני שבדיוק אחריה עומדת חברתה בתפילה, וגם אינה יכולה ללכת למקום אחר, תאמר את תפילת נפילת אפיים בעמידה (מ"ב קלא, י). ואם היא ליד קיר, מוטב שתסמוך את זרועה וראשה לקיר, כדרך נפילת אפיים, כך שבלא הקיר היתה נופלת, וכך תחשב קצת כיושבת ונופלת אפיים (כה"ח לח).