בסדר תפילת שחרית של גברים, נוהגים אחר סיום תפילת עמידה ליפול אפיים ולהתחנן לפניו יתברך. וזאת כדי לקיים את התפילה בכל שלוש צורותיה – ברכות קריאת שמע בישיבה, שמונה עשרה בעמידה, ותחנונים בנפילת אפיים. וכך התפלל משה רבנו על ישראל כשביקש מה' שיסלח על חטא העגל.
לתפילה זו כוח גדול במיוחד, והיא המועילה ביותר בעת צרה. וכן מצינו שבשעה שאמר ה' למשה ואהרן, במחלוקת קורח ועדתו, "הִבָּדְלוּ מִתּוֹךְ הָעֵדָה הַזֹּאת וַאֲכַלֶּה אֹתָם כְּרָגַע", הבינו מיד שעליהם להתעצם מאוד בתפילה, והתפללו בנפילת אפיים, שנאמר: "וַיִּפְּלוּ עַל פְּנֵיהֶם וַיֹּאמְרוּ: אֵ-ל אֱלוֹהֵי הָרוּחֹת לְכָל בָּשָׂר, הָאִישׁ אֶחָד יֶחֱטָא וְעַל כָּל הָעֵדָה תִּקְצֹף" (במדבר טז, כא-כב). ומכוח התפילה שנאמרה בנפילת אפיים – הגזירה נתבטלה.
כוחה רב מפני שהיא מבטאת את ההתבטלות הגמורה של האדם כלפי בוראו, עד מסירות נפש גמורה. כאילו האדם אומר לרבונו של עולם: כל חושי ואיברי בטלים לפניך, עשה בי כרצונך שכולי שלך. ולכן בתפילת נפילת אפיים ניתן לתקן פגמים שאי אפשר לתקן בתפילה רגילה (ע' זוהר במדבר קכ, ב).
ויש בנפילת אפיים גם ביטוי לבושה של האדם כלפי שמים, שאחר התפילה, שבה עסקנו בגדולתו יתברך ושטחנו את כל בקשותינו, הננו מתביישים להראות את פנינו, שהיאך העזנו לעמוד לפניו בתפילה, ועל כן הננו נופלים על פנינו. ויש בנפילת אפיים גם ביטוי לצער הנובע מתשובה על החטאים, שמרוב צער איננו יכולים להרים את פנינו (ע' ברבנו בחיי במדבר טז, כב).
אע"פ שגדולה מאוד מעלתה של תפילת נפילת אפיים, לא תקנוה חכמים כתפילת חובה, ולא תקנו לה נוסח קבוע, וכל הרוצה היה מוסיף ומתחנן בנפילת אפיים אחר התפילה. אולי דווקא מפני מעלתה העליונה, שהיא מבטאת התבטלות גמורה כלפי הבורא יתברך, ראוי לה שתצא מהלב מתוך רצון חופשי.