בית כנסת הוא בית שקהילה מישראל קבעה כמקום תפילה לה’, ובזכות כך ה’ משרה בו את שכינתו, וכעין קדושת המקדש מתגלה בו, ועל כן הוא נקרא ‘מקדש מעט’. ואף בהיות ישראל בגלות, שרתה השכינה עמהם בסתר על ידי בתי כנסיות, שבהם התגלתה האמונה בה’ ובגאולת ישראל. כמו שאמרו חכמים (מגילה כט, א): “בוא וראה כמה חביבים ישראל לפני הקדוש ברוך הוא, שבכל מקום שגלו – שכינה עמהם”. שנאמר (יחזקאל יא, טז): “כֹּה אָמַר אֲ-דֹנָי אֱלוֹהִים: כִּי הִרְחַקְתִּים בַּגּוֹיִם וְכִי הֲפִיצוֹתִים בָּאֲרָצוֹת – וָאֱהִי לָהֶם לְמִקְדָּשׁ מְעַט בָּאֲרָצוֹת אֲשֶׁר בָּאוּ שָׁם”. מִקְדָּשׁ מְעַט – “אלו בתי כנסיות ובתי מדרשות”.
כיוון שהשכינה שורה בבית כנסת, כל השוהה בו בכובד ראש, מקיים מצווה (שו”ע קנא, א, עפ”י מגילה כח, ב). לכן, אף מי שהפסיד את המניין, טוב שיתפלל בבית כנסת (ברכות ו, א; שו”ע או”ח צ, ט; פנה”ל תפילה ג, א).
כל העמים שבעולם, אחר שגלו מארצם, תוך דורות אחדים איבדו את זהותם ובטלו. ורק ישראל, למרות גלותם הארוכה בארבע קצוות תבל, נותרו בזהותם. לבית הכנסת זכות גדולה בזה, שכן בית הכנסת משמש כעין שלוחה רוחנית שנמשכת מבית המקדש וארץ ישראל, וכל יהודי שנכנס אליו, בכל מקום בעולם, זוכה להתקשר לקדושתה של ארץ ישראל ולינוק חיים ממנה. כך, למרות כל הצרות והגלויות יכולנו להמשיך לקיים את זהותנו הלאומית, שהביטוי העיקרי שלה הוא האמונה כי ה’ הוא האלוהים, וכי עתידים ישראל לחזור לארצם, לבנות את בית המקדש ולהביא ברכה לעולם (מגילה כט, א. עי’ ליקוטי הלכות ביהכ”נ ג). ואם כך בחוץ לארץ, על אחת כמה וכמה שלבתי הכנסת שבארץ ישראל נמשכת הארה וברכה רבה מבית המקדש.
מצווה לאדם לקבוע לו מקום שבו יתפלל בבית הכנסת (שו”ע או”ח צ, יט). אמרו חכמים (ברכות ו, ב; ז, ב): “כל הקובע מקום לתפילתו אלוהי אברהם בעזרו”, ו”אויביו נופלים תחתיו”. קביעות המקום מבטאת את הקשר הקבוע של המתפלל לה’, מקור החיים (פנה”ל תפילה ג, ב).
מסופר בתלמוד (ברכות ח, א), שכאשר שמע רבי יוחנן, שישנם יהודים בבבל שמגיעים לזִקנה מופלגת, התפלא מאוד ושאל, הרי נאמר (דברים יא, כא): “לְמַעַן יִרְבּוּ יְמֵיכֶם וִימֵי בְנֵיכֶם עַל הָאֲדָמָה אֲשֶׁר נִשְׁבַּע ה’ לַאֲבֹתֵיכֶם לָתֵת לָהֶם”, ולא בחוץ לארץ. כיוון שאמרו לו שאותם זקנים משכימים לבית הכנסת בבוקר, ומאחרים לצאת ממנו בערב, אמר: זה מה שהועיל להם שיאריכו ימים. שקדושת בית הכנסת היא מעין קדושת ארץ ישראל, ארץ החיים (כלי יקר דברים יא, כא; של”ה תמיד נר מצווה הגהה ב).
וכן סיפרו חכמים על אשה אחת בארץ ישראל שהזקינה מאוד עד שקצה בחייה. באה לפני רבי יוסי בן חלפתא ואמרה לו: רבי, זקנתי יותר מדי, ומעכשיו חיים של ניוול הם, שאיני טועמת לא מאכל ולא משקה, ואני מבקשת להיפטר מן העולם. אמר לה: מה מצווה את רגילה לעשות בכל יום? אמרה לו: רגילה אני, שאפילו יש לי דבר חביב, אני מניחה אותו ומשכימה לבית הכנסת בכל יום. אמר לה: מנעי עצמך מבית הכנסת שלושה ימים רצופים. הלכה ועשתה כך, וביום השלישי חלתה ומתה. על כך אמר שלמה (משלי ח, לד-לה): “אַשְׁרֵי אָדָם שֹׁמֵעַ לִי לִשְׁקֹד עַל דַּלְתֹתַי יוֹם יוֹם לִשְׁמֹר מְזוּזֹת פְּתָחָי. כִּי מֹצְאִי מָצָא חַיִּים וַיָּפֶק רָצוֹן מֵה'” (ילקו”ש עקב תתע”א).