ב’שולחן ערוך’ נפסק שהמנהג כרש”י, וירא שמיים יניח את שני הזוגות, אולם הדגיש ש”לא יעשה כן אלא מי שמוחזק ומפורסם בחסידות”. וכתב שהמניח את שני הזוגות יברך על של רש”י. והמניחם יחד יקפיד לכוון שהוא מקיים את המצווה באותם שהם כשרים לפי האמת, שאם לא יכוון כך יעבור באיסור ‘בל תוסיף’ (שו”ע או”ח לד, א-ג. ועי”ש מ”ב ובאו”ה).
אולם המקובלים חלקו על כך בשני דברים. האחד, לדעתם יש לכוון לקיים את המצווה בשני הזוגות, כי מעלה יש בשניהם. השני, לדעתם ראוי לכל אדם מישראל להניח שני זוגות, ולא רק יראי שמיים שמוחזקים ומפורסמים בחסידות (מחז”ב או”ח לד, ב).
לעומת זאת, לדעת הגר”א, גם ירא שמיים המפורסם בחסידות אינו צריך להניח תפילין של רבנו תם, משום שהוכרעה הלכה כרש”י ורמב”ם. ואם נחשוש לכל השיטות השונות בדיני התפילין, נצטרך להניח ששים וארבעה זוגות בכל יום. אלא הדרך לקיים את מצוות התורה היא כפי ההלכה שנפסקה, וכפי מנהגם של ישראל שהוא תורה, ולכן די להניח זוג אחד בלבד. וכן המנהג הרווח.
למעשה, ראוי לכל אדם לנהוג כמנהג אבותיו. ואם יש לו רב מובהק – כפי שידריכו רבו.[15]
בתוספת מעשה רב יח, מובא ששאל ר’ חיים מוולוז’ין את הגר”א: “בשלמא מר אינו מניח תפילין דרבינו תם, כדי שלא לבטל אף רגע אחת מתפילין, ושל רש”י ז”ל עיקר. אבל אני, שבלאו הכי אני מבטל כמה שעות מתפילין, מה בכך אם אניח איזה שעות ביום, ואצא ידי חובת תפילין לכל הדעות? והשיב לו: אם תרצה לצאת כל הדעות, תצטרך להניח כ”ד זוגות”. ובשיח אליהו גרס ס”ד זוגות. עוד שאל: “הרי נמצא בזוהר על תפילין דר”ת שהן של עולם הבא. והשיבוֹ דפשט הזוהר אינו כן, ומי שמהדר אחר עולם הבא יניחן. ומיום שמעו דברי אלקים חיים מפיו הקדוש, פסק מלהניחן”. וזה החשבון שמובא שם לגבי ס”ד זוגות: א) רש”י. ב) ר”ת. ג) ראב”ד, שהוא כר”ת אבל הפוך. ד) רמ”ע מפאנו בשיטת ה’שימושא רבא’, שהוא כרש”י אבל הפוך. הרי ארבעה זוגות. “וכתבו התוס’ במנחות… היה אומר ר”ת שמניחים מושכב ולא מעומד… (ראו ב”י ושו”ע לב, מה), אם כן צריך שמונה זוגות, לצאת גם זה הספק. עוד יש ספק בקלף, אם במקום העב לצד הבשר או לצד השיער, כמו שכתב הכסף משנה מתשובה דחכמי לוניל לרבינו ספק זה… (ראו להלן י, ד, 3), אם כן הרי ט”ז זוגות. עוד יש ספק בפתוחות וסתומות – צורת הרמב”ם וצורת הרא”ש (לעיל הלכה ט), הרי ל”ב זוגות. עוד: דיו מן עשן עצים ולא מי עפצים, דפוסל רבנו תם, ורמב”ם ורא”ש מכשירין (להלן י, 5). הרי ס”ד זוגות. אלא הלכה מכריע כרש”י…”.
למעשה, רבים מההולכים על פי ההלכה, בין מיוצאי אשכנז ובין מיוצאי ספרד, נוהגים כשו”ע (לד, ב), להניח תפילין של רש”י בלבד, ורק יראי שמיים המוחזקים בחסידות מניחים גם של ר”ת, ומתנים שמקיימים המצווה רק בתפילין הנכונות על פי האמת, וכ”כ לבוש (לד, ב), מ”א ג, שועה”ר ד, ערוה”ש ד, יבי”א (ח”א או”ח ג), ועוד רבים. וכן נהגו בסוריה, עיראק ומצרים, שרק “חסידים ואנשי מעשה” היו מניחים שניהם (פדה את אברהם ח”ב עמ’ רצב). וכן בתוניס, רק הרבנים הניחו שני זוגות (עלי הדס תפילין לב). ויש שנוהגים כגר”א, וגם המפורסמים בחסידות מניחים של רש”י בלבד. כן הוא מנהג רוב ככל הרבנים מתפללי נוסח אשכנז. וכן בתימן, הרבנים לא נהגו להניח תפילין של ר”ת (עץ חיים, הל’ תפילין ‘וסדר הפרשיות’; פעולת צדיק ח”ג ריו). גם במרוקו, כמעט שלא היה מי שהניח תפילין של ר”ת ובכללם רבנים (שמש ומגן ח”ג או”ח נח, ד).
והנוהגים על פי הקבלה מניחים את שני הזוגות, מהם שמניחים אותם יחד, ורובם מניחים את של רש”י בעיקר התפילה ואת של ר”ת בסוף התפילה. ואף המניחים יחד אינם עושים תנאי, משום שעל פי האר”י שני הזוגות נצרכים, ושניהם אמת. כ”כ מצת שימורים (הל’ תפילין); שו”ת חיים שאל (א, א), יפה ללב (שיירי יפה ללב לד, א), ועוד. ובאול”צ (ח”ב ג, ח) כתב שיעשה תנאי ש”אם אמת כהקבלה – הריני מניח שתיהם לשם מצות תפילין, ואם אמת כהפשט – הריני מכוון לצאת באותם שהם אליבא דהלכתא, והשאר כרצועות בעלמא”. בכלל הנוהגים על פי הקבלה רוב החסידים (ממזרח אירופה), שנוהגים בכך מגיל בר מצווה.