Una de las preguntas básicas en lo referente al conteo del Omer es, si tras la destrucción del Templo el cumplimiento del precepto tiene su origen en la Torá o en nuestros sabios. En el libro de Levítico leemos (23:15): «Y contaréis siete semanas completas desde el día posterior al primer día de la festividad, o sea, desde el día que trajisteis el Omer de la ofrenda alzada».
Según el “Rosh” el “Ran” y otros numerosos sabios medievalistas (Rishonim), solo en los días en que se presentaba la ofrenda alzada del “Omer”, el conteo del “Omer” era preceptivo según la Torá. Empero hoy día, como no traemos ofrenda al Templo, el precepto se cumple por una ordenanza rabínica (“Dibré Jajamím”), establecida en recuerdo del conteo que se llevaba a cabo en los días en que el Templo estaba en pie. Esta es la razón por la cual, se acostumbra a recitar, tras el conteo, una plegaria por la pronta reconstrucción del Templo, pues cuando éste se erija nuevamente, podremos cumplir con el cómputo del Omer por orden de la Torá y no por mera ordenanza rabínica.
En opinión de Maimónides y Rabí Eliezer ben Joel Haleví, recordar el día que se traía la ofrenda del “Omer” tiene por objetivo enseñarnos la fecha del inicio del conteo pero no es condición previa para el mismo y por esta razón, hoy día que el Templo está destruido y no podemos llevar la ofrenda, estamos de todas maneras ordenados por la Torá a contar el “Omer”.
La implicancia práctica de esta discusión tiene que ver con las situaciones dudosas. Por ejemplo, quien contó entre la puesta del sol y la salida de las estrellas (ocaso), tiempo en el que dudamos si es de día o ya de noche, entramos en la duda si cumplió o no con el precepto. Si consideramos el ocaso como día, quien contó no cumplió con el precepto, pues aún no llegó el momento de hacerlo, mientras que si lo consideramos noche sí cumplió. El Shulján Aruj (489:2) y la mayoría de los juristas consideran que quien contó en el ocaso cumplió con el precepto, pues según ellos, en nuestros días el conteo del “Omer” tiene su origen en la ordenanza de los sabios y en caso de duda respecto de un precepto rabínico se aplica la opinión más flexible. Empero, muchos de los sabios de las últimas generaciones escribieron que, en la práctica, es conveniente ser más estrictos y volver a contar tras la salida de las estrellas sin recitar la bendición, para así cumplir con el precepto también según la opinión de quienes sostienen que en nuestros días, el conteo del Omer tiene su origen en la Torá por lo que en caso de duda corresponde aplicar la opinión más estricta (Eliá Rabá, Mishná Berurá 489:15, Beur Halajá 489:1 en el párrafo que inicia con las palabras ‘לספור העומר’).
