כל המצוות צריכות כוונה, שיתכוון העושה אותן לקיים את מצוות ה’ (שו”ע או”ח ס, ד). לגבי מצוות התפילין הוסיפה התורה וביארה את מגמתה, שנאמר (שמות יג, ט): “וְהָיָה לְךָ לְאוֹת עַל יָדְךָ וּלְזִכָּרוֹן בֵּין עֵינֶיךָ לְמַעַן תִּהְיֶה תּוֹרַת ה’ בְּפִיךָ כִּי בְּיָד חֲזָקָה הוֹצִאֲךָ ה’ מִמִּצְרָיִם”. לפיכך: “יכוון בהנחתם שציוונו הקב”ה להניח ארבע פרשיות אלו שיש בהם ייחוד שמו ויציאת מצרים, על הזרוע כנגד הלב, ועל הראש כנגד המוח, כדי שנזכור ניסים ונפלאות שעשה עימנו, שהם מורים על ייחודו ואשר לו הכוח והממשלה בעליונים ובתחתונים לעשות בהם כרצונו, וישעבד לקב”ה הנשמה שהיא במוח, וגם הלב שהוא עיקר התאוות והמחשבות, ובזה יזכור הבורא וימעיט הנאותיו” (שו”ע או”ח כה, ה). בדיעבד, גם מי שהניח תפילין בלא לחשוב על כך, יצא ידי חובה, הואיל ובעצם כך שהניח תפילין ובירך עליהן, התכוון לקיים את מצוות ה’ (מ”ב כה, טו).
יש מהדרים לומר נוסח ‘לשם ייחוד’ לפני הנחת התפילין, כדי לבטא באופן מפורט את כוונות התפילין. ויש מהדרים לקרוא לאחר הנחת תפילין את פרשיות ‘קדש’ ו’והיה כי יביאך’, כדי לזכור בפועל את כל מה שכתוב בתפילין. את פרשיות ‘שמע’ ‘והיה אם שמוע’ קוראים ב’קריאת שמע’ (מ”ב כה, טז).
התפילין הן ‘אות’ לישראל, היינו סמל וסימן שמבטא את מהותם. ויש בהן ביטוי כפול: מצד אחד הן מבטאות את היותנו עובדים את ה’ ומקבלים את מלכותו. מאידך, הן גם הכתר המפואר של ישראל, שכן הן מבטאות את היכולת המיוחדת של ישראל להתקשר אל ה’ ולגלות את שמו בעולם. ושני הצדדים משלימים זה את זה. מתוך הקדשת כוחותינו לעבודת ה’, אנחנו נעשים בני חורין, משוחררים מכבלי העולם, ומתעטרים בקדושת כתר מלכותו של ה’.
התפילין חושפות את הנשמה שבקרבנו, ויש בכך צורך גדול, מפני שבעקבות טרדות העולם הזה ופיתוייו האדם עלול לשכוח שהוא נברא בצלם אלוהים ולשקוע בצרכי השעה ובתאוות חולפות. על ידי קשירת התפילין, שבהן יסודות האמונה והתורה, אנו חוזרים ומתקשרים אל האמונה ולרעיונות הנצח שבתורה האלוהית. זהו שאמרו חכמים (מנחות מד, א-ב): “כל המניח תפילין – מאריך ימים, שנאמר (ישעיהו לח, טז): ה’ עֲלֵיהֶם יִחְיוּ”.
קשירת התפילין על היד והראש רומזת לקשר המוחלט שבין עם ישראל לה’ ולתורתו. לעמים רבים יש רעיונות רוחניים, אך אין שום עם בעולם, שהרעיונות הרוחניים שלו החזיקו מעמד אל מול אתגרים עצומים ונוראים במשך תקופה ארוכה כפי שהתורה נשתמרה בעם ישראל. שתי סיבות לכך: הראשונה, רק בישראל בחר ה’ מכל העמים, ורק לישראל נתן ה’ את תורתו, לכן הרעיונות של עם ישראל הם רעיונות אלוהיים לעומת הרעיונות האנושיים של שאר העמים. הסיבה השנייה, שנובעת מהראשונה, הקשר של שאר העמים לרעיונות שלהם אינו עמוק וחזק כקשר של ישראל לתורה. לכן לא היה עם בעולם שרבים כל כך מבניו היו מוכנים למסור את נפשם על אמונתם כמו בישראל. ואין עם בעולם שהעניין האלוהי תופש את ליבם ומוחם של רבים כל כך מבניו.
את הרעיונות האלה מבטאת מצוות התפילין, שבה אנחנו קושרים, פשוטו כמשמעו, את פרשיות התפילין, שבהן כתובים יסודות האמונה בה’ ובייעודם המקודש של ישראל, על היד ועל הראש. בכך אנו קושרים את הכוחות העיקריים שבאדם: השכל, הרגש והמעשה, לקדושה. תפילין של יד כנגד הלב והיד המסמלים את הרגש והמעשה, ותפילין של ראש כנגד השכל. מבחינה זו התפילין מבטאות את הקשר שבין ישראל לה’ יותר משאר המצוות.