חולץ תחילה של ראש ואחר כך של יד, הפוך מסדר הנחתן (מנחות לו, א). משום כבוד ספר התורה, מעת שמוציאים את ספר התורה ועד שמחזירים אותו לארון אין לחלוץ תפילין בפניו. ומי שנצרך לחלוץ תפילין – יפנה לצד אחר כדי שלא יסיר את התפילין מולו (מ”ב כה, נח). כיוצא בזה משום כבוד הרב, לא יחלוץ אדם את התפילין בפני רבו המובהק, ואם הוא נצרך להסיר את התפילין – יפנה לצד אחר כדי שלא יסיר את התפילין מול פניו (שו”ע לח, יא).
לכתחילה נוהגים שלא לחלוץ את התפילין לפני סיום הקדיש שאחר ‘ובא לציון’, וביום שני וחמישי שקוראים בתורה, למנהג ספרד ממתינים עד לאחר החזרת ספר התורה לארון (שו”ע כה, יג). ויש נוהגים להדר ולהמתין עד לאחר קדיש יתום הראשון (רמ”א, מ”ב נו). ויש נוהגים להדר ולהמתין עד סיום כל מה שאומרים בסיום תפילת שחרית. משום כבוד הקדיש שמעלתו גדולה, לכתחילה אין להסיר את התפילין בעת הקדיש (מ”ב נו).