יקשור תחילה את התפילין של יד ואח”כ את התפילין של ראש, שנאמר (דברים ו, ח): “וּקְשַׁרְתָּם לְאוֹת עַל יָדֶךָ” ואחר כך “וְהָיוּ לְטֹטָפֹת בֵּין עֵינֶיךָ” (מנחות לו, א). ואף אם נטל בטעות תפילין של ראש תחילה, יניח של יד תחילה, כדי לקיים את המצווה כסדרה (שו”ע כה, ו).
הנוהגים על פי הקבלה, מניחים תפילין של יד בישיבה ותפילין של ראש בעמידה, והנוהגים על פי הרמ”א מניחים את שתיהן בעמידה (רמ”א כה, יא; כה”ח לג).
אסור להפסיק בדיבור או ברמיזה בין הנחת תפילין של יד לתפילין של ראש, כי קיומן צריך להיות כאחד, והמפסיק ביניהן עבירה בידו (סוטה מד, א-ב; מנחות לו, א). לכן, מיד לאחר כריכת רצועות התפילין של יד על הזרוע, ועוד לפני שכורכים אותן כראוי על אצבעות היד, מזדרזים להניח תפילין של ראש, ואחר סיום הנחת התפילין של ראש מסיימים לכרוך את רצועות התפילין של יד (מ”ב כה, כט; לח; כה”ח ע).
אמנם במקרה של אונס, כשיש לו רק תפילה אחת, של יד או של ראש, יניח את התפילה שברשותו. וכן מי שיש לו מכה במקום התפילין בראשו או בזרועו, יניח את התפילין שביכולתו להניח. מפני שמצוות הנחת תפילין של יד ותפילין של ראש הן שתי מצוות שאינן מעכבות זו בזו (מנחות לח, א; שו”ע כו, א; מ”ב א).
משמעות העניין, שתפילין של יד נועדו לקשר את ליבנו לעבודת ה’, ואילו תפילין של ראש נועדו לקשר את מוחנו לאמונה בה’, וצריך להיזהר שלא ליצור הפרדה וניתוק בין המוח והלב. שכן אחת הבעיות הקשות בחיי האדם היא ההפרדה בין המוח והלב, המוח מבין כך והלב רוצה אחרת. אבל בלית ברירה, כאשר רק צד אחד מסוגל בינתיים להתקרב לעבודת ה’ – צריך שיתקרב, מפני שגם לכל ערך בפני עצמו יש חשיבות.
שמע קדיש או קדושה בין הנחת תפילין של יד לשל ראש, לא יענה אלא ישתוק ויכוון (שו”ע כה, י).
