בנוסף לטעמים שלמדנו, אמרו חכמים (שבת קח, ב), שיש להיזהר לפני נטילת ידיים שחרית שהידיים לא יגעו בפה, בחוטם, בעין ובאוזן, מפני שרוח-רעה שורה על הידיים לאחר השינה, והיא עלולה להזיק לאותם האיברים. ורק לאחר שייטול האדם את ידיו שלוש פעמים לסירוגין, תסתלק אותה רוח רעה מן הידיים, ושוב אין סכנה אם יגעו באחד מפתחי הגוף.
ואף שעיקר טעם הנטילה, כדי להתכונן ולהתקדש לקראת תפילת שחרית ועבודת היום החדש, ועל כך תיקנו חכמים לברך "על נטילת ידיים"; אנו חוששים גם לאותה רוח-רעה, ולכן אנו מקפידים ליטול את הידיים שלוש פעמים לסירוגין. דהיינו, קודם נוטלים את יד ימין, ואחר כך את שמאל, ושוב ימין ושמאל, ועוד פעם ימין ושמאל, נמצא שנוטלים כל יד שלוש פעמים לסירוגין.
וכן יש להקפיד שלא לנגוע לפני הנטילה באותם האיברים שיש בהם פתח כלפי פנים הגוף, כמו הפה, האף, האוזניים והעיניים (שו"ע או"ח ד, ג-ד; מ"ב יג). כמו כן צריך להיזהר שלא לנגוע באוכל או במשקה לפני הנטילה (מ"ב ד, יד).
טעם העניין מבואר בקבלה (זוהר ח"א קפד, ב), שבלילה, בעת שהאדם נרדם ונשאר דומם ללא מחשבה ומעשה, טועם כל אדם טעם של מיתה, ואז שורה עליו רוח של טומאה. זהו שאמרו חכמים (ברכות נז, ב), שהשינה היא אחד חלקי שישים ממיתה. וזאת משום שעיקר מעלת האדם ביכולתו לחשוב, להרגיש ולפעול, למען תיקונו של עולם. ובעת השינה, כשהחידלון מתפשט בו, הוא מאבד במידה מסוימת את צלם אלוהים שבו, וממילא רוח הטומאה שורה עליו. ובעת שהוא מתעורר משנתו ותודעתו חוזרת אליו, רוח הטומאה מסתלקת מכל גופו, ורק בקצה, דהיינו בידיים, נשארת רוח טומאה. ועל ידי נטילת הידיים שלוש פעמים לסירוגין, מסתלקת רוח הטומאה גם מהן.
כדי לבטלה לגמרי, יש להקדים בכל סדר הנטילה את יד ימין הרומזת למידת החסד. לכן לוקחים תחילה את הנטלה עם המים ביד ימין, וכדי ליטול תחילה את יד ימין, מעבירים את הנטלה ליד שמאל, וכך נוטלים תחילה את ימין ואח"כ את שמאל, וחוזר חלילה עד שלוש פעמים כל יד (עי' כה"ח ד, יב).
יש שפירשו שעיקר הנזק של רוח-רעה זו הוא לכוחות הרוחניים שבאדם; שאם יגע בעין ובאוזן לפני הנטילה, כוחות הראייה והשמיעה הפנימיים שלו ייפגעו, ויהיה באותו יום כעיוור וחרש בענייני התורה והאמונה. וכן אם יגע בפה ובחוטם, יפגע בכוח הרוחני של האכילה וההרחה (כף החיים ד, יט, עפ"י סולת בלולה).