הזמן הנכון לברך את ברכת "על נטילת ידיים" הוא מיד לאחר הנטילה ולפני הניגוב. ואמנם הכלל הוא, שבכל ברכות המצוות יש להקדים את הברכה לעשיית המצווה, ולכן מברכים על הפרשת חלה לפני פעולת ההפרשה, וכן מברכים על המזוזה לפני קביעתה. אולם לגבי ברכת "על נטילת ידיים" הדין שונה, משום שאין ראוי לברך את הברכה בעוד שהידיים אינן נקיות, ולכן הברכה נדחית עד לאחר הנטילה. ומיד לאחר הנטילה, עוד לפני ניגוב הידיים, יש לומר את הברכה.
בפועל, אין רגילים לברך מיד עם הנטילה הראשונה שלאחר הקימה מהשינה, וזאת מפני שבדרך כלל אנשים צריכים להתפנות לאחר השינה, ואין ראוי לברך ברכה בשעה שאדם צריך לנקביו. ועוד, שלדעת הרא"ש עיקר הנטילה נועדה להכנה לתפילה, וממילא צריך לברך על הנטילה הסמוכה לתפילה. ולכן, לאחר ההתפנות לוקחים שוב את הנטלה ונוטלים ידיים, ומברכים את הברכה לפני הניגוב. ואדם שאינו צריך לנקביו בבוקר, יברך את הברכה בנטילה הסמוכה לקימה (שו"ע או"ח ו, ב; מ"ב ד, ד).[2]
לכתחילה עדיף להקדים לברך את ברכות השחר ולהתפלל עמידה סמוך לקימה מהשינה. ראשית, מפני שראוי להודות לה' בברכות השחר מיד בתחילת היום, וכן ראוי להתפלל עמידה לפני העיסוק בדברים אחרים (להלן ח, ד). בנוסף לכך, ראוי שלא להפסיק זמן רב בין ברכת "על נטילת ידיים" לתפילה, שיש סוברים שעיקר הנטילה נתקנה כהכנה לתפילה (רא"ש). וגם מי שאיננה מתפללת בבוקר מפני טרדות ביתה, תשתדל לפחות לומר את ברכות השחר סמוך לקימה ולנטילה, וכך תהיה הנטילה הכנה לברכות השחר.
וכן מי שקמה משנתה לפני עלות השחר, תיטול את ידיה ותברך "על נטילת ידיים" ותאמר את כל ברכות השחר. וכל זה בתנאי שקמה אחר חצות הלילה, אבל לפני חצות הלילה אסור לברך את ברכות השחר וממילא גם לא תברך "על נטילת ידיים"; אלא תמתין עד אחר חצות, ואחר שתתפנה לשירותים תיטול את ידיה ותברך על הנטילה ואת שאר ברכות השחר.[3]
דין הקמה משנתה אחר חצות לכמה שעות ושוב תלך לישון עד הבוקר, מתי תברך ברכות השחר, יבואר בהמשך ו, ו.