שני סוגי גניזה ישנם: א) גניזת כתבי סת”ם שיש בהם שמות קדושים. ב) גניזת ספרי קודש הכתובים בדיו על קלף אך אין בהם שמות קדושים, וכן ספרי קודש מודפסים שיש בהם שמות קדושים.[19]
הסוג הראשון: גניזת כתבי סת”ם שיש בהם שמות קדושים שנכתבו לשם קדושת השם, ובכללם: ספר תורה, פרשיות תפילין ומזוזות, וכן ספרי חומש, נביאים וכתובים שנכתבו בכתיבת סת”ם על קלף. אמרו חכמים (מגילה כו, ב): “ספר תורה שבלה – גונזים אותו אצל תלמיד חכם, ואפילו שונה הלכות”. עוד אמרו, שצריך לגונזם בכלי חרס, כדי לשומרם כפי מידת האפשר (ר”ן על הרי”ף), ובדומה לדברי ה’ לירמיהו (ירמיהו לב, יד): “וּנְתַתָּם בִּכְלִי חָרֶשׂ לְמַעַן יַעַמְדוּ יָמִים רַבִּים” (שו”ע יו”ד רפב, י; או”ח קנד, ה; מ”ב כב). כיום נוהגים לטומנם במיכלי פלסטיק אטומים, שבאופן זה הם נשמרים יותר מאשר בכדי חרס (גנזי הקודש טו, ב).
כמו כן, בדורות האחרונים לא נהגו לקוברם סמוך לקבר תלמיד חכם, אלא בצידי בית הקברות (פמ”ג, באו”ה קנד, ה). אולי מפני שסוברים שאם אפשר למצוא להם מקום בפני עצמם – עדיף; ואולי כי חששו שיבואו רשעים לחפש את כתבי הקודש סמוך לקברות החכמים כדי לבזותם, ולכן הטמינום במקום שלא יוכלו למוצאם (עי’ רשב”ש סב; פת”ש יו”ד רפב, יג).
הסוג השני: כתבי קודש שאין בהם שמות קדושים שנכתבו ‘לשם קדושת השם’. בכלל זה מגילת אסתר שנכתבה ‘לשמה’ בכתב סת”ם, אך אין בה שמות קדושים. וכן דין חומשים וסידורים מודפסים, שאמנם יש בהם שמות אבל נדפסים בלא כוונה מפורשת לקדושת השם. וכן משנה ותלמוד, ראשונים ואחרונים, שהשמות שבהם נדפסים בלא כוונה לקדושת השם. גניזת ספרים אלו נעשית על ידי עטיפתם בשק וטמינתם באדמה בעומק של טפח לפחות, כדי לעכב את איבודם (זרע אמת ב, קלג). ויש שהצריכו לטומנם בעומק של לפחות שלושה טפחים (כנסת יחזקאל יז; הגהות חת”ס). כאשר טומנים את הגניזה בעומק רב, או תחת יסודות בניין או כביש, אין צורך לעוטפם, הואיל והטמנתם בעומק האדמה שומרת עליהם יותר מאשר עטיפתם בשקים בעומק של שלושה טפחים. וכן המנהג הרווח כיום, שלא לעטוף את הגניזה בשקים אלא לטמון אותה באתרי בנייה, בחפירות גדולות ועמוקות שניתן לטמון בהן גניזות רבות באופן שלא יתגלו ויתבזו. אין צורך לציין את מקום הגניזה, ומעל מקום הגניזה אפשר לבנות כבישים ובתים בלא הגבלה.
