בעקבות המצאת הדפוס לפני קרוב לשש מאות שנה, מחיר הדפסת הספרים הלך וירד, ויותר רבנים הדפיסו את ספריהם, ויותר יהודים קנו אותם. כמאתיים שנה לאחר המצאת הדפוס התעוררה השאלה כיצד לנהוג בספרים הרבים אחר שהתבלו. שכן החדר שהוקצה לגניזת הספרים התמלא עד אפס מקום, ודפים היו גולשים לאשפה בביזיון. ולהקצות עוד מקום לגניזה היה קשה, כי השטחים שהקצו השליטים הגויים ליהודים ולבית הקברות היהודי היו מצומצמים מאוד. ופעמים שקברו את הספרים בשדות, רחוק מהעיר, וכיוון שמחיר הנייר היה יקר, באו גויים וחפרו באדמה ולקחום כדי להשתמש בהם לצורכי קינוח בבית הכסא. לפיכך, היו מגדולי ישראל שהורו לשרוף את הספרים הישנים בצנעה, כדי שלא יגיעו לידי ביזיון. אבל רוב הפוסקים אסרו לשרוף ספרי קודש ישנים, והורו שחובה לגונזם בקבורה.
והיו שטענו, שאם המדפיס לא היה מודע לכך שהוא מדפיס ספר קודש, כיוון שהדפיס את הספר בלא אמונה והכרה שמדובר בספר קדוש, אין בו קדושה ואינו צריך גניזה. אולם למעשה הורו הפוסקים, שהואיל ותכלית הדפסת הספר על ידי המביא לדפוס היתה להדפיס ספר קודש, גם אם המדפיס לא היה מודע לכך, יש בספר קדושה, ואף אם אין בו שמות קדושים, אחר שבלה צריך לגונזו בגניזה רגילה.[20]
לעיל י, ט, 6, למדנו שאף יש אומרים שאפשר לכתוב ספר תורה כשר על ידי הדפסה, כאשר המדפיס מכוון ‘לשם קדושת ספר תורה’ ו’לשם קדושת השם’. וכ”כ משאת בנימין, ט”ז, דברי חמודות, ערוה”ש, ועוד. מנגד, יש פוסלים, וכ”כ רשד”ם, ב”ח, חוות יאיר, בני יונה, ועוד. וכן נפסק להלכה. אולם נראה שהכל מסכימים שיש קדושה בספרי קודש מודפסים, שאסור לאבדם וצריכים גניזה. וכ”כ רשד”ם (יו”ד קפד), שאסור להשתמש בדפים של ספרי קודש מודפסים שבלו כחומר לכריכות לספרים, משום שבכך הוא מאבדם בידיים.
אמנם כמובא לעיל בהלכה ט והערה 8, על פי סברת הנודע ביהודה (יו”ד תניינא קפ), אם המדפיס הנוכרי לא התכוון להדפיס ספר קדוש, אין בו קדושה. וצירף סברה זו חוות יאיר קפד, לגבי דין תשמיש מול ספרים מודפסים. אולם נראה שגם לסברה זו יש בספרים מודפסים קדושה מדרבנן (לעיל הערה 18), ורק טענו שאין בשמות שהודפסו קדושה נוספת. בנוסף, יש להתחשב גם במגמת המביא לבית הדפוס שרוצה להדפיס ספר קודש, והואיל והמדפיס פועל בשליחותו, יש בספר המודפס קדושה (עי’ מחנה אפרים שלוחין ושותפין יא). וכ”כ מלמד להועיל (ב, פט), שיש משמעות לכוונת המביא לדפוס. וכן משמע מיעב”ץ (מגדל עוז אבן בחן ב, ל), שהצריך לגנוז ספר קודש שהודפס על ידי גוי. וכך היא נטיית הפוסקים, להתייחס לספרים מודפסים כספרים שיש בהם קדושה, ורק כצירוף לסברה עיקרית לקולא צירפו גם את הסברה שהמדפיס לא התכוון לקדושה. וכן מצינו שאסרו תשמיש גם מול ספרים מודפסים: ר”י מולכו (שו”ת אהל יוסף או”ח ב), חכמ”א (בית הנשים קכח, י), וקצוש”ע (קנ, ו). וכן אסרו להשתמש בספרי קודש מודפסים לצורכי חול או לתשמיש בזוי: תשובה מאהבה (א, ט), ערוה”ש (יו”ד רעא, לט), ציץ אליעזר (כא, מב), והרב מרדכי אליהו (שו”ת מאמר מרדכי א, יד). אמנם רבים צירפו את הסברה שקדושת ספרים מודפסים פחותה, כדי לסמוך על רוב הפוסקים שסוברים שדי בכיסוי אחד בעת תשמיש (דבר משה ח”ג או”ח ה; אהל יצחק או”ח ו). וכ”כ יבי”א (ח”ד יו”ד כא) לעניין כניסה לשירותים עם כיסוי אחד. ראו פנה”ל שמחת הבית וברכתו ב, יז, 17.
יש טוענים, שדברי האחרונים אודות קדושת ספרים מודפסים נסובו על דפוס שרוב פעולתו ביד, אולם כיום הדפוס אוטומטי, ולכן אין קדושה בספרי קודש מודפסים בימינו (עי’ יחו”ד ו, נז; הלכה ברורה מ, ח, ו). אולם נראה שאין זה משנה כיצד המכונה עובדת, כל זמן שהאדם מפעיל את המכונה – יש קדושה בספרים שהוא מדפיס. ועי’ לעיל ב, 11, בדין עשיית חוטי ציצית על ידי מכונה, ובפנה”ל פסח יב, ד, לגבי מצות מכונה.
סברה חדשה להקל כתב באגרות משה (או”ח ד, לט): הואיל ואין מצווה לכתוב דברי תורה שבעל פה, אין חובה לגנוז ספרי קודש כגמרות לאחר השימוש בהם, כי כל קדושתם נובעת מייעודם ללמוד בהם, וכשסיימו ללמוד בהם – פקעה קדושתם, ומותר להניחם בדרך כבוד בפח. אולם למעשה, כפי שלמדנו לעיל, רוב רובם של הפוסקים אינם מסכימים לסברתו.