לכאורה יש לשאול, הלא נצטווינו ללמוד תורה ביום ובלילה, ואיך יתבטלו החכמים מתורה וילמדו מדע? אלא שהעיסוק בחכמות העולם אינו נחשב ביטול תורה, מפני שחכמת הבורא מתגלה בבריאה על כל מרכיביה, ובכלל זה באנושות על כל גווניה, שאף הכישרון האנושי הוא בריאה אלוהית. וכפי שביאר המהר"ל (נתיב התורה יד), שאין ביטול תורה בלימוד החכמות, שכן למדנו מרבן יוחנן בן זכאי, שלא ביטל תורה מימיו, ועם זאת למד את כל החכמות. וכפי שאמרו עליו חכמים (סוכה כח, א): "מימיו לא שח שיחת חולין, ולא הלך ארבע אמות בלא תורה ובלא תפילין, ולא קדמוֹ אדם בבית המדרש, ולא ישן בבית המדרש לא שינת קבע ולא שינת עראי… ולא הניח אדם בבית המדרש ויצא, ולא מצאוֹ אדם יושב ודומם, אלא יושב ושונה". ועליו אמרו (שם) שלמד הכל ו"לא הניח מקרא ומשנה, תלמוד, הלכות ואגדות, דקדוקי תורה ודקדוקי סופרים, קלים וחמורים וגזרות שוות, תקופות (אסטרונומיה) וגימטריאות, שיחת מלאכי השרת ושיחת שדים ושיחת דקלים, משלות כובסים, משלות שועלים, דבר גדול ודבר קטן. דבר גדול – מעשה מרכבה, דבר קטן – הויות דאביי ורבא". הרי שגם שיחת דקלים, משלי כובסים ומשלי שועלים, שכוללים ספרות, אינם ביטול תורה.
ומה שאמר האמורא שמואל, שלמד אסטרולוגיה בשעה שהיה בבית הכסא, שאז אסור ללמוד תורה (דברים רבה ח, ו), הכוונה לחכמת חיזוי העתידות על פי הכוכבים, שאינה נחשבת לחכמה הבוחנת בדייקנות את סדרי הטבע, אלא כסוג של אינטואיציה וסגולה (ראו פנה"ל אמונה ומצוותיה פרק כה). ומה שאמרו (ב"ק פב, ב), שגזרו שלא ללמוד חכמה יוונית, כבר הסבירו הריב"ש והמהר"ל (נתיב התורה יד), שהכוונה לנימוס ולתרבות היוונית, אך לא אסרו ללמוד מדעים. ולפי הירושלמי (פאה א, א) גזרו שלא ללמוד חכמה יוונית מפני שהיו שנגררו בעקבות לימודה אחר תרבותם, עד שנהיו 'מוסרים' כנגד בני עמם (מאירי חגיגה ז, א; ריב"ש מה).
יתרה מזו, כפי שלמדנו (לעיל ג), לימודי החכמות מועילים מאוד להבנת התורה, עד שאמר הגאון מווילנא: "כפי מה שיחסר לאדם ידיעות משאר החכמות, לעומת זה יחסר לו מאה ידות בחכמת התורה; כי התורה והחכמה נצמדים יחד".[7]
[7]. רבים למדו מהגמרא (תענית ט, א): "מי איכא מידי דכתיבי בכתובי דלא רמיזי באורייתא?", שכל הדברים שבעולם רמוזים בתורה. וכן כתב רבנו יונה, שכל חכמות העולם כלולות בתורה, וכפי שאמרו חכמים (אבות ה, כב): "הפוך בה והפוך בה, דכולה בה". יש טוענים על פי זה, שגדולי התורה אינם נצרכים ללימוד המדעים, שכן הם יודעים את כולם מן התורה. אולם אין אמת בכך, כמבואר בפניני הלכה אמונה ומצוותיה (כא, יב, 7). ראיה לכך, שגדולי ישראל למדו מדעים מחכמים שונים ואף מגויים. לדוגמה, האמורא רב למד מרועי בקר מהו מום קבוע ומהו מום עובר (סנהדרין ה, א), וכן חכמים התייעצו עם רופאים לגבי הלכות נידה (נדה כב, ב; שו"ע יו"ד קפז, ח), וטריפות (בכורות כח, ב). כמו כן, פוסקים בהלכות פיקוח נפש על פי רופאים מומחים (יומא פב, א; שו"ע או"ח שכח, י; תריח, א). וכ"כ רמב"ם, שיש למדוד קרקעות על פי הכללים המבוארים בספרי הגאומטריה (רמב"ם גניבה ח, א; שו"ע חו"מ רלא, טז). וכ"כ הרמב"ם, שלמד את חכמת התקופות מחכמי יוון, מפני שכתביהם של חכמי ישראל בעניין זה אבדו (קידוש החודש יז, כד). והראב"ד, שהיה מגדולי הראשונים, כתב שהוא ורבותיו לא היו בקיאים בה כלל (קידוש החודש ז, ז). נמצא שמה שאמרו שהכל כלול בתורה, הכוונה שהואיל והתורה היא תוכנית העולם, וכפי שאמרו חכמים, שה' הסתכל בתורה וברא את העולם (ברא"ר א, א; זוהר תרומה קסא, א), כל מה שיש בעולם רמוז בתורה (הקדמת הרמב"ן לפירושו לתורה). אבל רק מי שכבר למד את החכמות יכול לפענח את הרמזים שבתורה. כיוצא בזה ביאר המהר"ל (דרך חיים אבות ה, כב), שהתורה היא שורש כל החכמות, אבל אין אפשרות ללמוד אותן דרך התורה, ולכן הורו חכמי ישראל ללמוד מדעים. אמנם כאשר רבים נגררו אחר חכמות חיצוניות, והיה צורך לחזק את לימוד התורה, היו שהשתמשו בטענה זו כדרך דרוש, כדוגמת רבי משה סופר (ראו תורת משה לחת"ס פרשת שמות). אולם הוא עצמו התייעץ עם רופאים בענייני נידה (שו"ת חת"ס יו"ד קעה), וביאר שהחכמות מועילות לתורה כרקחות וטבחות, ורק בגיל צעיר נכון שלא ללומדן (תורת משה פרשת בשלח), ולמעשה, הוא עצמו שכר לבניו ולבנותיו מלמדים למקצועות המדע (הקדמה לליקוטי חבר בן חיים ג).