אמרו חכמים, שאם מלך ישראל, שנבחר על ידי נביא וסנהדרין, הורה להפר מצווה ממצוות התורה – אסור לשמוע לו (סנהדרין מט, א). וכן פסק הרמב"ם (מלכים ג, ט): "המבטל גזירת המלך בשביל שנתעסק במצוות, אפילו במצווה קלה – הרי זה פטור, דברי הרב (ה' בורא העולם) ודברי העבד (המלך) – דברי הרב קודמים. ואין צריך לומר אם גזר המלך לבטל מצווה, שאין שומעים לו".
לפיכך, מצד אחד, יש למפקדי הצבא הפועלים מכוח נבחרי הציבור סמכות לגייס אנשים ולארגנם במסגרת צבאית כדי לשמור על העם והארץ. וגם במשך האימונים החיילים צריכים לציית לפקודות, כדי שיהיו מוכנים לקרב; ובעת מלחמה, החיילים חייבים לציית לפקודות גם כאשר הדבר כרוך בסיכון נפשם. אולם מאידך, אם יקבל החייל פקודה הסותרת את ההלכה, כגון לחלל שבת שלא לצורך ביטחון – אסור לו לקיימה.
כאשר יש לחייל ספק אם יש צורך של פיקוח נפש בקיום הפקודה הכרוכה בחילול שבת, חובה עליו לקיימה, מפני שגם ספק פיקוח נפש דוחה שבת (יומא פג, א). אולם אחר השבת יבדוק, ואם יתברר שלא היה בכך צורך של פיקוח נפש – עליו להתלונן על המפקד בכל הדרכים האפשריות, כדי למנוע הישנות מקרים של מתן פקודות הכרוכות בחילול שבת קודש. זה גם העיקרון המנחה את צה"ל, ולשם כך נקבעו חוקי הדת בצבא, כדי למנוע מצב שמפקד נותן פקודה שסותרת את ההלכה.
הרב גורן זצ"ל, שכיהן כרב הצבאי הראשי הראשון של צה"ל, חזר והדגיש שצריך לסרב לפקודה שסותרת באופן מובהק את ההלכה, ואף דאג לפרסם זאת בחוברת רשמית של הרבנות הצבאית.[3]
[3]. הרב הגאון שלמה גורן זצ"ל (תרע"ח-תשנ"ה), מייסד הרבנות הצבאית ולאחר מכן הרב הראשי לישראל, שימש כנשיא ישיבת הר ברכה בשנותיה הראשונות, והיה מוסר בכל שבוע שיעור לבחורים. לקראת הגיוס לצבא העביר לבחורים שיעורי הכנה. בשיעור הראשון דיבר על ערכה של המצווה לשרת בצבא, בשני על שמירת שבת בצבא, והוכיח כי בעת מלחמה ההיתר הוא "עַד רִדְתָּהּ", שהוא רחב מההיתר הרגיל של פיקוח נפש. בשלישי עודד את הבחורים לשמור מצוות בצבא בגבורה, ובכל עת שייתקלו בפקודה הסותרת את ההלכה – יסרבו, ולא יפחדו לשלם על כך מחיר אישי. וסיפר שפרסם באחד העלונים של הרבנות הצבאית הוראה הלכתית, שבכל עת שיש פקודה לחלל שבת שלא לצורך פיקוח נפש, יש לסרב לבצעה. הרמטכ"ל דאז, חיים לסקוב, כעס מאוד, וטען שהצבא מושתת על הציות לפקודות, ומי שיש לו ביקורת על פקודה כלשהי צריך לבצעה תחילה ורק אח"כ אם ירצה יגיש קובלנה על מפקדו. כעונש על פרסום הדברים, הורה להפסיק את הוצאת העלון של הרבנות הצבאית. הרב גורן לא נכנע, והתלונן על הרמטכ"ל אצל בן גוריון, שהיה ראש הממשלה ושר הביטחון. בעת הבירור טען הרמטכ"ל, שאם חיילים דתיים יסרבו לפקודת מפקדם – יפגעו ביסודות קיומו של הצבא. מנגד, הרב גורן טען שחילול שבת כמוהו כרצח: את מעשה האיסור כבר לא ניתן יהיה לבטל. וכמו שמי שמקבל פקודה להרוג אדם חף מפשע, לא יהרוג אותו ואח"כ יתלונן על מפקדו, כך גם מי שמקבל פקודה לחלל שבת שלא לצורך ביטחוני, לא יחלל את השבת ואח"כ יתלונן, אלא עליו לסרב פקודה. בן גוריון קיבל את דברי הרב גורן ונזף בלסקוב, ואף רשם הערה בתיקו. כשהרב גורן הוסיף שלסקוב ביטל את הוצאת העלון של הרבנות הצבאית, הורה בן גוריון להמשיך בהוצאת העלון ואף להכפיל את מספר העמודים שבו. עוד מספרים, שעם כל הידידות והכבוד שרחש הרב גורן לקצינים, כשהגיעו הדברים לידי פגיעה במצוות התורה, לא ויתר. והיו מספר קצינים שהודחו או שקידומם נעצר, בעקבות פגיעה במצוות השבת או הכַּשרות. עמדתו היתה, כי קצין שקדושת מסורת ישראל אינה חשובה לו, אינו ראוי להיות מפקד בצה"ל ולשלוח חיילים להילחם למען עם ישראל. מג"ד אחד רצה לבדוק אם חייליו הדתיים יצייתו לפקודתו, והורה להם לטפל בטנקים בשעת סעודה מפסקת שלפני יום הכיפורים. כך נכנסו לצום בלא שאכלו כראוי. הרב גורן לא הסכים לשום פשרה זולת סילוקו המיידי של אותו מג"ד מהצבא. כל זאת מפני שהכיר בגודל המצווה העצומה של השירות בצבא, ולא רצה שתיווצר התנגשות בין מצוות השירות בצבא לשאר מצוות התורה.