כתיבת סת”ם צריכה להיות לשם קדושת הסת”ם. לפיכך, לפני תחילת כתיבת ספר התורה צריך הסופר לומר: “ספר זה אני כותב לשם קדושת ספר תורה”. וכן הדין לגבי תפילין ומזוזה, שלפני כתיבתן צריך לומר: “לשם קדושת תפילין” או “לשם קדושת מזוזה”. כתב אפילו אות אחת לפני שאמר זאת, הספר או הפרשיות פסולים. האמירה שהסופר אומר בתחילת הכתיבה – מועילה לכל משך הכתיבה, גם אם היא תימשך שנים, שכל מה שהוא כותב – על פי כוונתו הראשונה הוא כותב (שו”ע יו”ד רעד, א; קסת הסופר ד, א). אמנם טוב שלאחר כל הפסקה, לפני שימשיך בכתיבתו, יחזור ויאמר את הנוסח שאמר בתחילה (מ”ב לב, צב; קול יעקב רעד, ה). כאשר סופר אחר נצרך להשלים או לתקן את הספר או הפרשיות, אפילו באות אחת, חובה עליו לומר שהוא כותב לשם קדושתם, כי כוונת הסופר הראשון אינה מועילה לו (ברכ”י יו”ד רעד, א; מ”ב לב, צג-צד; קסת הסופר ד, ג).
נוסף על הכוונה הכללית לשם קדושת סת”ם, לפני כתיבת כל ‘אזכרה’, היינו שם קדוש, חובה על הסופר לקדש את האזכרה ולומר: “לשם קדושת השם”. ואם לא קידש את האזכרות – פסול (שו”ע יו”ד רעו, ב. להלן יא, ג, יבואר מהם השמות הקדושים). בשמות שיש לגביהם ספק, צריך להתנות שאם הם קדושים הוא כותבם לשם קדושת השם (קסת הסופר י, ז).
לגודל קדושת השם, אסור להפסיק באמצע כתיבתו, ואפילו מלך ישראל שואל בשלומו, לא ישיבנו. הכותב שני שמות קדושים או יותר ברצף, כגון בפסוק (דברים ו, ד): “שְׁמַע יִשְׂרָאֵל ה’ אֱלֹוהֵינוּ ה’ אֶחָד” – אמירה אחת מועילה לכולם. אך אם יצטרך להפסיק, יוכל להפסיק בין כתיבת שם לשם, וכשיחזור לכתוב את השם השני, יאמר שוב: “לשם קדושת השם” (שו”ע יו”ד רעו, ג).
לכתחילה טוב שלפני הכתיבה יאמר הסופר שאת כל האזכרות הוא כותב לשם קדושת השם. כך שלפני כתיבת ספר תורה יאמר: “ספר זה אני כותב לשם קדושת ספר תורה, וכל האזכרות שבו לשם קדושת השם”, וכך יוסיף גם לפני כתיבת תפילין או מזוזה (מ”ב לב, צו).
בדיעבד, אם כשכתב אזכרה היה מודע לכך שהוא כותב שם קדוש, ושכח לומר לפני כתיבת השם: “לשם קדושת השם” – כשר, מפני שהאמירה בתחילת כתיבת הספר או הפרשיות מועילה להחשיב את הכתיבה לשם קדושת השם גם במודעות זו (מהרש”ם ח, ריד).
טעה וכתב אזכרה שלא במקומה או בלא כוונה, כיוון שאין אפשרות למחוק את השם הקדוש, אין אפשרות לתקן את אשר עיוות, ועליו לגנוז את היריעה או הפרשיה. בשעת הדחק מקילים לקדור (לחתוך) או לקלוף את השם (כמבואר להלן הלכה יד). שכח היכן הוא השם הקדוש שכתב בספר התורה בלא כוונה, הספר פסול בלא תקנה (קסת הסופר י, ד).[4]
יש אומרים שאם לא אמר בתחילת הכתיבה בפיו שכותב לשם קדושת ספר תורה אלא חשב זאת בליבו – אינו מועיל (ב”י יו”ד רעו, א; א”ר או”ח לב, לו; פמ”ג, שועה”ר לא; מ”ב צה; קול יעקב א, ועוד). ויש אומרים שמועיל בדיעבד (רדב”ז א, קנד; רמ”ע מפאנו צד; ב”ח יו”ד רעו; ש”ך א; בני יונה רעד, א; שולחן גבוה יו”ד רעא, ח; קסת הסופר ד, א).
לגבי האזכרות, יש אומרים שקידוש שמות ה’ במחשבה מועיל (רא”ש וטור). ויש שהסתפקו בכך (סמ”ג, תרומה). ויש סוברים שרק אמירה בפה מועילה, ואם לא אמר – פסול (תוס’ ע”ז כז, א; ארחות חיים תפילין כד), וכ”כ בשו”ע (יו”ד רעו, ב; וכן ב”י או”ח לב, יט). וביאר ביהודה יעלה (ח”א יו”ד רסט) שפסול מדרבנן. בדיעבד, לדעת רוב הפוסקים גם מחשבה באזכרות מועילה, אחר שאמר בפיו על הספר כולו. כ”כ רמ”א (או”ח שם), לבוש, ב”ח (רעו, ב), א”ר, פמ”ג (א”א לב, לב), ש”ך (יו”ד רעו, א), קול יעקב א, שועה”ר (לב, לא), מ”ב (לב, צט). יש סוברים שמחשבה זו פירושה שכתב מתוך ידיעה והכרה שהוא כותב שם קדוש (בני יונה רעו, ב; מקדש מעט כלל ו, ב). ויש סוברים שעליו לעצור ולחשוב שהוא כותב “לשם קדושת השם” (ברכי יוסף רעו, ה; מג”ג לב, מא). ויש אומרים, שאם קידש בתחילת הכתיבה את כל האזכרות כעצת הט”ז (להלן), ושכח לקדש אזכרה בפיו, יכול להקל כסוברים שכתיבה מתוך ידיעה והכרה שהוא שם קדוש מספיקה (מהרש”ם ח, ריד).
כתב הט”ז (רעד, א), שנכון שיאמר הסופר בתחילת כתיבתו: “ספר זה אני כותב לשם קדושת ספר תורה, וכל האזכרות שבו לשם קדושת השם”, ויועיל בדיעבד למקרה שישכח לכוון במחשבתו לשם קדושת השם לפני כתיבת אחד השמות. וכן כתבו למעשה חמד משה (או”ח לט, א), פמ”ג (א”א לב, לב), ערוה”ש (רעו, ב), אבנ”ז (יו”ד שנט), יהודה יעלה (אסאד, ח”א יו”ד רסט), מהרש”ם (א, קנו). אולם רבים חולקים וסוברים שאין זה מועיל: דברי חמודות (הל’ ס”ת ג), דבר שמואל עו, א”ר (לב, יט), בני יונה (רעו, א), ברכ”י (יו”ד רעו, ג), לשכת הסופר (י, ה), קול יעקב (רעד, ד), ועוד רבים. בביאור הלכה (לב, יט) הכריע שאפשר לסמוך על הט”ז כאשר הסופר מסופק אם חשב לשם קדושת השם. לכן נהגו לומר כן בתחילת הכתיבה (מ”ב לב, צו; ערוה”ש לב, מב; משנת אברהם יפה יט, ה).