יש לכתוב את ספר התורה ללא ניקוד או טעמים או סימני פיסוק, כפי מסורת נתינתו מסיני, שבאופן זה התורה יכולה להידרש לשבעים פנים. ואם כתב בו ניקוד או טעמים או סימני פיסוק – הספר פסול. לעיתים אף יש הבדל בין משמעות המסורת ומשמעות המקרא על פי ‘תורה שבעל פה’, ולכל אחת מהמשמעויות יש חשיבות. לדוגמה, בספר התורה כתוב ‘בסכת’ (ויקרא כג, מב), לשון יחיד, אך מסורת הניקוד היא לקוראה ‘בַּסֻּכֹּת’ לשון רבים, ולומדים מהמסורת שבכתב הלכה חשובה (סוכה ו, ב). הכותב את התורה עם ניקוד, אינו יכול לתקנה על ידי שימחק את הניקוד, כי בכך שניקד את מילותיה, הוכיח שהתכוון לכותבה לשם מקרא על פי ‘תורה שבעל פה’ בלבד, ולא לשם מסורת ‘תורה שבכתב’, ולכן כל כתיבתו פסולה לספר תורה (ב”י ושו”ע יו”ד רעד, ז; ט”ז ו).
הקורא בתורה בציבור צריך לקרוא בטעמים, שמסייעים להבנת הפסוק, במיוחד יש להקפיד על הטעם של סיום הפסוק, ששינוי בו עלול לשנות את המשמעות (להלן טו, טז). כדי להקל על הקוראים בתורה, היו סופרים שנהגו להשאיר בין פסוק לפסוק מעט יותר רווח מאשר בין מילה למילה, והיו באשכנז שאף המליצו לנהוג כך (רמ”א או”ח לב, לב; ש”ך יו”ד רעד, ו). מנגד, רבים סוברים שאמנם אין לפסול ספר שהשאירו בו מעט יותר רווח בין פסוק לפסוק, אבל לכתחילה גם בין פסוק לפסוק יש לשמור על הרווח הקבוע שבין מילה למילה, וכן נוהגים (ריב”ש רפו; מ”א לב, מה; גר”א לב; מ”ב קמו, ועוד).
יש מקומות שנהגו לחרוץ סימנים בקלף, כדי לסמן בהם מספר טעמים. לדעת רוב הפוסקים, לכתחילה אין לקרוא בספרים אלו, כיוון שיש אומרים שחריצה פוסלת כמו סימון בדיו, אך בשעת הדחק אפשר לסמוך על הסוברים שדינה כרווח מיותר שאינו פוסל. ובתימן נהגו לקרוא בהם לכתחילה.[13]
