אמרו חכמים שאסור לאדם להשהות בביתו ספר שיש בו טעות יותר משלושים יום, שמא ישכח ולא יתקנו, והטעות שבו תישאר ותשתרש. אלא יתקן את הספר או יגנוז אותו, שנאמר (איוב יא, יד): “וְאַל תַּשְׁכֵּן בְּאֹהָלֶיךָ עַוְלָה” (כתובות יט, ב; שו”ע יו”ד רעט, א). אולם אם מסמנים את ספר התורה הפסול, מותר להשהות אותו יותר משלושים יום (שלחן גבוה יו”ד רעט, א; לעיל ט, יג).
כיוון שאסור להשהות ספר שיש בו טעות, לאחר שסיים הסופר לכתוב את ספר התורה, עליו למוסרו להגהה, שכן מצוי שנופלות טעויות בכתיבה. בעבר היה מגיה מומחה עובר על הספר ביסודיות ומגיהו מטעויות. כשראו שלעיתים נעלמות מעיני המגיה טעויות, הנהיגו במקומות רבים שמספר מגיהים עוברים על הספר. והיו שנהגו לקנוס מגיה שלא איתר את הטעויות.
לפני כארבעים שנה פיתחו תוכנת מחשב שסורקת צילומים של עמודות ספר התורה ומאתרת בהן טעויות. בעקבות זאת יכולת זיהוי הטעויות השתפרה מאוד, וכיום מקובל להיעזר במחשב להגהת ספרי התורה. למעשה נוהגים לערוך שתי הגהות מחשב. לאחר הגהת המחשב הראשונה מתקנים את הטעויות שהמחשב מצא, וחוזרים ומגיהים במחשב כדי לוודא שכל הטעויות תוקנו כשורה, וכדי לתת גיבוי להגהה הראשונה. מלבד זאת, מגיה מומחה עובר ביישוב הדעת ובכובד ראש על ספר התורה, ומוודא שהוא כתוב כשורה. ויש מקפידים ששני מגיהים יגיהו את הספר, שלפעמים מה שמוצא זה לא מוצא זה. תפילין ומזוזות, מכיוון שהן קצרות והסופרים מכירים את פרשיותיהן היטב, מן הדין אם הסופר עבר עליהן ביסודיות והגיהן אין חובה להגיהן על ידי מגיה (מקדש מעט רעט, לה), אולם נוהגים למסור גם אותן למגיה, כי לפעמים מגיה מומחה מצליח לשים לב לליקויים שנעלמו מעיני הסופר.[14]
הגהת מחשב: סביב שנת תשמ”ז (1987) פותחה תוכנת מחשב ייעודית להגהת סת”ם. בשבט הלוי (ז, ב), עודד לבדוק על ידה, משום שהתברר שהמחשב הצליח לזהות טעויות שמגיהים לא גילו. אמנם הדגיש שצריך להגיה גם על ידי אדם, שכן לעיתים המחשב לא הצליח להבחין בין האותיות, ולא איתר את כל הטעויות. והיו שחששו להשתמש בהגהת מחשב שמא יסמכו עליה ויתרשלו בהגהות שעל ידי אדם, וכך יצא שיקראו בספרים עם טעויות (מנחת יצחק י, פט). והיו שחששו להוסיף הגהת מחשב משום הוצאת לעז על הראשונים שלא השתמשו בה (משנה הלכות יא, קיד). במשך הזמן תוכנת ההגהה השתכללה והתברר בעליל שהיא מועילה, עד שהוסכם על רוב ככל מורי ההוראה, שנכון לקיים הגהת מחשב כפולה, כמובא למעלה. עם זאת, הניסיון הראה שבינתיים בדיקת מחשב לא מחליפה באופן מושלם את ההגהה האנושית באיתור ליקויים בצורת האות, דיבוקים וכיוצא בזה, ולכן מוסכם שצריך גם הגהה אנושית מדוקדקת, כמבואר למעלה.
