קבעו חכמים כללים בכתיבת ספר התורה, שנועדו לעיצוב הכתיבה והיחסים שבין הכתב לכלל העמודה והקלף: השורה צריכה להיות באורך בינוני, לא צרה מדי, כדוגמת איגרת, ולא רחבה מדי, כדי שעיני הקורא לא ישוטטו בכתב ויתבלבלו בין השורות. שיערו חכמים שבכתיבה דקה אורך השורה צריך להיות כדי לכתוב בו שלוש פעמים ‘למשפחותיכם’, דהיינו שלושים אותיות בשלוש מילים (מנחות ל, א; שו”ע יו”ד רעב, ב). כאשר כותבים בכתב עבה, אפשר להאריך יותר את השורה, כי אין חשש שיתבלבלו בין השורות (תוס’ מנחות שם ‘כגון’; ש”ך יו”ד רעב, ג).
המרחק בין שורה לשורה הוא כשיעור שורה אחת. בין חלקו העליון של הקלף ועד תחילת הכתיבה – כשיעור ג’ אצבעות (כ-6 ס”מ), ומסוף הכתיבה ועד תחתית הקלף – ד’ אצבעות (כ-8 ס”מ). בין עמודה לעמודה – שתי אצבעות (כ-4 ס”מ), ובין חומש לחומש – רווח של ארבע שורות ריקות. כללים אלו הם למצווה מן המובחר, ואם שינה בהם – כשר (מנחות ל, א; שו”ע יו”ד רעג, א; ה). מכוונים לסיים את ספר התורה באמצע השורה שבסוף העמודה (מנחות ל, א; שו”ע יו”ד רעב, ד).
לעיתים הסופר לא תכנן נכון את כתיבתו, ונאלץ לחרוג מגבולות קו סיום העמודה, ואזי מותר לו לכתוב אותיות אחדות מחוץ לקו סיום העמודה, ונחלקו הפוסקים בפרטי ההיתר. בדיעבד, אם כתב יותר ממה שהתירו מחוץ לעמודה, כל זמן שנראה שמה שכתב הוא המשך השורה ולא שייך לשורה שבעמודה הבאה, כשר (מנחות ל, א-ב; שו”ע יו”ד רעג, ג-ד; או”ח לב, לג-לד; מ”ב קן; קסת הסופר טו, ה). בשמות הקדושים צריך להקפיד שאף אות לא תצא מחוץ לקו סיום העמודה. בדיעבד, גם אם כתב את כל השם מחוץ לקו הסיום – כשר (שו”ע או”ח לב, לה; מ”ב קנד). כיום רגילים להדר ולהקפיד על יישור השורות, ולא מצוי שכותבים אפילו אות אחת מחוץ לשורה או שמסיימים את השורה אות אחת לפני קו סיומה (לעיל הלכה יד).
הלכה למשה מסיני שתופרים את יריעות ספר התורה בגידים של בהמה או חיה טהורה (מסכת סופרים א, א). כדי לנאות את הספר תופרים מבחוץ, כך שהקורא בתורה אינו רואה את התפירות (שו”ע יו”ד רעח, א). התורה צריכה להיות שלמה, שנאמר (תהלים יט, ח): “תּוֹרַת ה’ תְּמִימָה מְשִׁיבַת נָפֶשׁ”, ולכן רק כשהספר תפור כולו יחד יש לו קדושת ספר תורה וקוראים בו בציבור. אבל אם יריעה אחת אינה תפורה, אף שהיא נמצאת שם, הספר פסול (שו”ע שם ד).
נוי לספר שכל יריעה תהיה בת ארבע או חמש עמודות, ולכל הפחות בת שלוש עמודות, ולכל היותר בת שמונה עמודות. וזאת משום שהיריעות מתחברות זו לזו על ידי תפירה, ואין נוי לספר שיהיו בו תפירות מרובות מדי או מעטות מדי. בדיעבד, גם אם עשה עמודה אחת ביריעה, או יותר משמונה – כשר (מנחות ל, א; מהר”ם מינץ יב; שו”ע יו”ד רעב, ג; ט”ז ד; ערוה”ש י).
את תחילת התורה וסופה תופרים לעמודים שעל ידם גוללים ומחזיקים את הספר (בבא בתרא יד, א). עמודים אלו נקראים ‘עצי חיים’ על שם הפסוק (משלי ג, יח): “עֵץ חַיִּים הִיא לַמַּחֲזִיקִים בָּהּ”. מנהג רוב יוצאי ספרד ותימן להניח את הספר בתוך תיק נאה המיוחד לספר התורה.
