הלכה מיוחדת קבעה התורה בתפילין ובמזוזות, שצריך לכותבן כסדר שהן כתובות בתורה, אות אחר אות, שנאמר בפרשת ‘שמע’ (דברים ו, ו): “וְהָיוּ הַדְּבָרִים הָאֵלֶּה אֲשֶׁר אָנֹכִי מְצַוְּךָ הַיּוֹם”, “וְהָיוּ – בהוויתן יהו”, ובלא זאת הן פסולות. לפיכך, אם סיים את כתיבת הפרשיות והתברר לו ששכח לכתוב בפרשיה הראשונה אות אחת, או כתב אותה שלא כצורתה, אין אפשרות לתקן זאת, הואיל והתיקון נעשה ‘שלא כסדרן’. כיוון שהפרשיות פסולות, יש לגנוז אותן, וכפי שאמרו חכמים (מכילתא דר’ ישמעאל בא פרשה יח): “כותבן כסדרן, ואם לא כותבן כסדרן – הרי אלו יגָנזו”.
היה כותב פרשיות תפילין או מזוזה ונזכר באמצע הכתיבה שהשמיט אות אחת, אם אפשר למחוק את כל האותיות שכתב אחר אותה אות, ימחקן ויכתוב את אותה האות שהשמיט, ויחזור לכתוב את האותיות ממנה והלאה כסדרן. אך אם כתב בינתיים את אחד משמות הקודש שאסור למוחקם, אי אפשר לתקן את הפרשיה והיא טעונה גניזה. לפיכך, בבוא הסופר לכתוב שם קדוש, יחזור לקרוא את כל מה שכתב מאז השם הקדוש הקודם, כדי לבדוק שלא נפלה טעות במה שכתב (ב”י ושו”ע לב, כב).
דיני ‘כסדרן’ נוגעים לתפילין ומזוזות בלבד, אבל את אותיות ספר התורה ומגילת אסתר אפשר לכתוב לכתחילה שלא כסדרן. ואמנם קדושת ספר התורה גדולה משל תפילין ומזוזה, אולם לא הטריחה התורה לכתוב את אותיות ספר התורה כסדרן, שהואיל והוא ארוך, כמעט ואין אפשרות שלא תיפול בו טעות, ואם היה אסור לתקנו, לא היו בידינו ספרי תורה כשרים (רדב”ז א, שי; גינת ורדים או”ח ב, ד).
מלבד סדר האותיות בפרשיה, ההקפדה על הסדר צריכה להיות גם בסדר כתיבת הפרשיות (עי’ לעיל ד, ח; י). לפיכך, אם נפסלה פרשיית ‘קדש’ של תפילין של ראש, שהיא הראשונה, נפסלו גם שלוש הפרשיות שאחריה, הואיל ואין אפשרות לכתוב להן עכשיו את פרשיית ‘קדש’. אבל אם ימצאו פרשיית ‘קדש’ שנכתבה בתאריך מוקדם לכתיבתן, יוכלו לצרף את שלוש הפרשיות אליה.
כתב אות אחת שלא כצורתה, כגון ‘ש’ בלא ראש אחד, או שרגל ה’ה’ התחברה לגג ונהפכה ל’ח’, או שכתב ‘ד’ במקום לכתוב ‘ר’, נחשב כאילו לא כְּתָבָהּ, ולכן בנוסף לכך שאות זו פסולה, גם כל מה שנכתב אחריה פסול. אבל אם היתה צורת האות עליה, אלא שיש בה פסול אחר, כגון שיש הפסק דק בין איברי האות, אבל ברור שצורתה עליה, או שנדבקה לאות אחרת בלא שהשתנתה צורתן, רשאי לתקנה שלא כסדרה (שו”ע או”ח לב, כה; מ”ב קיד). טעה וכתב אות מיותרת בתחילת מילה או בסופה, יכול למחוק את האות המיותרת ולהכשיר בכך את הפרשיה, שכן כל האותיות שבה נכתבו כסדרן (שו”ע או”ח לב, כב).