מסורת התורה שבכתב כוללת בתוכה ארבעה מרכיבים. הראשון הוא אותיות התורה, וכפי שלמדנו (בהלכה יא), אם שינה בכתיבת אות אחת מאותיות התורה, הספר כולו פסול.
המרכיב השני הוא התגים, שהם שלושה קווים זעירים ודקים שבראשם עיגול, כדמות אות ‘ז’ קטנה. התגים מעטרים את ראשיהן של שבע אותיות: שעטנ”ז ג”ץ. אמרו חכמים (מנחות כט, ב): “בשעה שעלה משה למרום, מצאוֹ להקב”ה שיושב וקושר כתרים לאותיות, אמר לפניו: רבונו של עולם, מי מעכב על ידך? אמר לו: אדם אחד יש, שעתיד להיות בסוף כמה דורות ועקיבא בן יוסף שמו, שעתיד לדרוש על כל קוץ וקוץ (תג ותג) תילין תילין של הלכות”. את התגים מוסיפים לגגה של כל אחת מהאותיות הללו, וכשיש שני גגות – לגגה השמאלי, כאשר תג אחד נוטה לימין, אחד לשמאל והשלישי באמצע, באופן כזה: שעטנז גץ. שכח ולא כתב את התגים, יש אומרים שהאות פסולה (ר”ת, טור וב”ח), ולדעת רבים כשרה בדיעבד (רמב”ם, מאירי ורי”ו). וכן הלכה, אלא שיש להזדרז ולהוסיף את התגים החסרים, ואפשר להוסיפם בתפילין ובמזוזות אף ‘שלא כסדרן’ (שו”ע או”ח לו, ג; מ”ב טו).
ישנן עוד אותיות שהסופרים נוהגים על פי הקבלה לתייג בתג אחד, והן בד”ק חי”ה, כך: בדק חיה. ואם לא תייג בהן, הכל מסכימים שהספר כשר. את שאר האותיות, שהן אותיות מלאכת סופר אין מתייגים כלל.[12]
שני המרכיבים הנוספים הם ניקוד וטעמים, שמסייעים לקריאה בתורה ותוך כך מפרשים את משמעותה. ככלל, הניקוד מפרש את משמעות המילים, והטעמים את משמעות הפסוקים. דרשו חכמים על הפסוק המתאר את קריאת עזרא הסופר (נחמיה ח, ח): “וַיִּקְרְאוּ בַסֵּפֶר בְּתוֹרַת הָאֱלֹוהִים מְפֹרָשׁ וְשׂוֹם שֶׂכֶל וַיָּבִינוּ בַּמִּקְרָא”. “וַיָּבִינוּ בַּמִּקְרָא – אלו פיסקי טעמים”. ויש אומרים: “אלו המסורות”, כלומר הניקוד שעל פיו קוראים (מגילה ג, א).
הניקוד והטעמים אינם נכתבים בתורה, והם בכלל ‘תורה שבעל פה’. על פי חכמת הקבלה, הניקוד והטעמים רומזים לעניינים גבוהים ועמוקים. ודווקא מפני ששורשם בעולמות נעלמים ונסתרים – אין כותבים אותם ב’תורה שבכתב’ (עי’ נפש החיים ב, טז).
לאחר חורבן בית המקדש השני, התירו חכמים לכתוב את התורה שבעל פה, ובכלל זה התירו לכתוב חומשים עם ניקוד וטעמים. אך אין להם מעמד של תורה שבכתב, ואין קוראים בהם בקריאת התורה, ולכן גם אין מקפידים לכותבם על קלף ובאותיות סת”ם (לעיל ח, ח-ט).
עוד מסורת ישנה מעזרא הסופר, לכתוב נקודות מעל מספר מילים בתורה, כגון מעל “לָנוּ וּלְבָנֵינוּ” (דברים כט, כח), ואין לפסול ספר שאין בו נקודות אלו, אף שצריך לתקנו ולהשלימן (ט”ז רעד, ז). עוד ישנה מסורת שכותבים אותיות מסוימות גדולות או קטנות, כמו ‘ב’ של “בְּרֵאשִׁית”, בפתיחת התורה, שהיא גדולה, או ‘א’ של “וַיִּקְרָא“, שהיא קטנה. וכן בפסוק “שְׁמַע יִשְׂרָאֵל ה’ אֱלֹוהֵינוּ ה’ אֶחָד” (דברים ו, ד), ה’ע’ וה’ד’ גדולות. אך אם לא עשה כך – הספר כשר (קסת הסופר טז, ד). יש עוד מסורות בכתיבת התורה, כדוגמת ‘ו’ קטועה במילה “שָׁלוֹם” (במדבר כה, יב; קידושין סו, ב), או נון הפוכה (שבת קטו, ב; קסת הסופר טז, ז-ח), ואין כאן המקום לפרטן. עי’ בתיקון הסופרים שבסוף ספר קסת הסופר.