גלילת ספר תורה מתחילתו ועד סופו אורכת מספר דקות. כדי שלא לאבד את זמנו של הציבור, שיהיה בטל בעת שיגללו את ספר התורה למקום שצריכים לקרוא בו בשבת או בחג, על הגבאים לגלול את ספר התורה לפני התפילה, כדי שיוכלו לקרוא בו מיד. אמנם כאשר יש לציבור רק ספר תורה אחד, וצריכים לקרוא שתי קריאות בתורה, מתעכבים כדי לגלול את הספר לקריאה השנייה, כי הציבור מוותר על כבודו כדי לקיים את הקריאה בשני המקומות כתקנת חכמים (יומא ע, א; שו”ע או”ח קמד, ג; מ”א ז).
אם בטעות הוציאו ספר תורה אחר שאינו גלול למקום הקריאה, יש אומרים שאין מחזירים אותו לארון, כדי שלא לפגוע בכבודו ולעורר עליו חשד שהוא פגום. ולמרות שהציבור יצטרך להמתין עד שיגללוהו למקום הקריאה, כבודו של ספר התורה גובר (שמש צדקה או”ח לא; מטה יהודה עייאש או”ח רפב, טו; ערך השולחן קמד, ה). ויש אומרים שמותר להחזירו לארון ולהוציא את הספר הגלול כראוי משום טורח הציבור, וכדי שלא יחשבו שהספר פגום, הגבאי יודיע מדוע החזירו אותו (יפה ללב ח”ה קמד, א; א”א בוטשאטש קמד, א). למעשה, אם החזן עומד עדיין סמוך לארון הקודש, עדיף להחזירו כדי לא להטריח את הציבור. ואם הספר כבר הגיע לבימה, רבים נוהגים לגלול את הספר, והרוצים לסמוך על דעת החוששים לטורח הציבור ולהחליפו – רשאים.
נוהגים שמוליך ספר התורה מהארון לבימה וחזרה הולך מצד ימין ואוחז את הספר על צד ימינו (רמ”א קלד, ב; מ”ב קמא, כה). כל הציבור חייב לעמוד בעת הולכת הספר, ורבים נוהגים לומר פסוקים בשבח הקב”ה והתורה, ויש מוסיפים תפילות ובקשות. רבים נוהגים לנשק את ספר התורה בפיהם או לנגוע בו ביד או בציצית ולנשקן. חולה או מצונן צריך להיזהר לא לנשק את התורה בפיו, כדי שלא ידביק אחרים במחלתו.
משום כבוד התורה, אסור לצאת מבית הכנסת משעת תחילת הקריאה בתורה ועד סופה. אמרו חכמים (ברכות ח, א), שעל היוצא באמצע קריאת התורה נאמר (ישעיהו א, כח): “וְעֹזְבֵי ה’ יִכְלוּ”. ומי שנצרך לצאת, כגון שנצרך לשירותים, רשאי לצאת בין קריאת עולה אחד לחברו, שאז ספר התורה סגור, והפגיעה בכבוד התורה פחותה (שו”ע או”ח קמו, א). אבל לצאת בלא צורך, אסור גם בין העליות.[15]
כפי שלמדנו (לעיל ט, ו), משום קדושתו של ספר התורה, כאשר צריכים לגלול אותו, צריכים להיזהר שלא לנגוע בידיים חשופות בקלף, אלא גוללים את הספר בעזרת ‘עצי החיים’ שעליהם הספר נגלל, או שגוללים אותו בעזרת מטפחת.
אין חובה לעמוד בעת קריאת התורה. אמנם יש מהדרים לעמוד, כשם שבמעמד הר סיני הכל עמדו (רמ”א או”ח קמו, ד). ויש אומרים שצריך לעמוד בעת שעונים ל’ברכו’, משום שהוא דבר שבקדושה, וצריך לעמוד בעת אמירת דבר שבקדושה (מ”ב קמו, יח). אולם לדעת רבים, אין צריך לעמוד כלל בעת קריאת התורה (שו”ע קמו, ד). וכן נהג האר”י הקדוש לשבת במשך הקריאה ובאמירת ‘ברכו’ (כה”ח קמו, כ). וכן נוהגים רבים מיוצאי ספרד ואשכנז. אמנם בעת שעונים על ‘ברכו’, שהיא ענייה קצרה, רבים מיוצאי אשכנז נוהגים להתרומם מעט מהכסא. ובקריאת עשרת הדיברות רבים מבני כל העדות נוהגים לעמוד (פנה”ל מועדים יג, יא, 4).