כלל החכמות שמצווה ללמוד נקראות 'מעשה בראשית'. ומה שהזהירו חכמים (משנה חגיגה ב, א): "אין דורשים במעשה בראשית בשניים", הכוונה לדברים העמוקים שבסדר השתלשלות הבריאה, שתלמידים שלא התרגלו בחכמה עלולים לטעות בהם, ואותם צריך ללמד באופן אישי לתלמיד אחד בלבד, באופן שהרב יראה שהתלמיד אכן הבין את כוונתו (רמב"ם יסודי התורה ד, י).[3]
עוד ביארו רבים, שהמנורה שהיתה בבית המקדש, היתה בעלת שבעה קנים כנגד שבע חכמות העולם ששורשן גנוז בתורה. כלומר, עיקר הביטוי של התורה הוא בקודש הקודשים, שבו היה מונח ספר התורה, בתוך הארון עם לוחות הברית או בצדו. וב'קודש' היו השולחן והמנורה, השולחן – כנגד העבודה, כדי להתפרנס וליישב את העולם, והמנורה – כנגד שבע חכמות העולם. הרי שהמנורה, שביטאה את החכמות, היתה ב'קודש', לבטא את ערכה המקודש, אך לא היתה ב'קודש הקודשים', כי אינה במדרגת התורה שב'קודש הקודשים'. שכן ביחס לתורה שבקודש הקודשים, החכמות נחשבות כמו 'משרתות, רקחות וטבחות' שנועדו לסייע לה (רמב"ם).[4]
[3]. 'מעשה בראשית' כולל את כל חכמות הטבע, וכ"כ רמב"ם (פהמ"ש חגיגה ב, א; מו"נ פתיחה), מאירי (בית הבחירה חגיגה יא, ב), רבי אבא מרי הירחי (מנחת קנאות, ספר הירח פרק ראשון), החסיד יעבץ (מסכת אבות עמ' רמט-רנ), נצי"ב (העמק שאלה, קדמת העמק ג). אמנם יש במעשה בראשית דברים סתומים ועמוקים, וכלפיהם הורו (משנה חגיגה ב, א) שלא לדורשם בשניים. בכלל דברים אלו: סדר הבריאה והשפעת הכוכבים והמלאכים, כמבואר ברמב"ם יסודי התורה פרקים ג, ד, וכפי שכתב (שם ד, י): "כל הדברים האלו שדיברנו בענין זה – כמר מדלי הם, ודברים עמוקים הם, אבל אינם כעומק ענין פרק ראשון ושני (העוסקים ב'מעשה מרכבה'). וביאור כל אלו הדברים שבפרק שלישי ורביעי, הוא הנקרא 'מעשה בראשית'. וכך צוו החכמים הראשונים, שאין דורשין גם בדברים האלו ברבים, אלא לאדם אחד בלבד מודיעין דברים אלו ומלמדין אותו". המקובלים ביארו שהחלק העליון של מעשה בראשית הוא סדר השתלשלות העולמות.
[4]. בעבר היה מקובל לחלק את החכמות לשבע: לשון, רטוריקה, לוגיקה, חשבון, הנדסה, מוזיקה ואסטרונומיה, ורבים כתבו ששבעת קני המנורה כנגד שבע החכמות. ואף שכיום אין מקובל לחלק את החכמות לשבע, הרעיון תקף. מה עוד, שפירש המהר"ל שהמספר שבע כולל את כל המציאות: ארבעה הצדדים, למעלה ולמטה, והתוכן הפנימי (לוגיקה) – השביעי.
מהגדולים שכתבו שהמנורה כנגד שבע החכמות: רבי שם טוב אבן שם טוב (השני) (דרשות התורה, כי תשא), רבי יצחק עראמה (עקדת יצחק שמות, שער מט), רבי אליעזר אשכנזי (מעשי ה', מעשי תורה יא), חיד"א (נחל קדומים, בהעלותך), רבי משה חפץ (מלאכת מחשבת, בהעלותך), חידושי חתם סופר (נדרים פא, א), רבי אריה יהודה לייב לעווי (נחלי דבש, בהעלותך), הרב יוסף שאול נתנזון (חידושים לשבת כא, ב), מלבי"ם (פר' תרומה, רמזי המשכן), הרב שמואל ארנפלד (חתן סופר, תורה ומועדים ב, בהעלותך), הנצי"ב (העמק דבר שמות לז, יט), ערוה"ש (בהקדמתו לספרו), אוצרות הראי"ה (ו, עמ' 382), הרב אברהם פרייס (אמרי אברהם א, תצוה א), הרב פיינשטיין (דרש משה ח"א דרוש ד), ציץ אליעזר (ח"ח בהקדמה).
אמנם כיוון ששורש הכל בתורה, נתנו לכך ביטויים שונים. יש אומרים שעצם המנורה כנגד התורה, ושבעת הקנים כנגד החכמות (רבנו בחיי שמות כה, לא). ויש אומרים שהמנורה ונרותיה כנגד החכמות, אלא שהנרות פנו אל הנר המערבי, שפנה אל קודש הקודשים שבו התורה (אברבנאל פרשת תרומה; בהעלותך ח). ויש מבארים שהמנורה גם כנגד התורה וגם כנגד שבע החכמות הכלולות בה (מהרש"א מנחות כט, א). ויש אומרים שהנר האמצעי כנגד התורה (מעשי ה', מעשי תורה יא).
רבים המשילו את ערך החכמות לעומת התורה, כדוגמת 'רקחות וטבחות' שמסייעות לה, וכפי שכתב הרמב"ם (תשובות בלאו ח"ג עמ' 57), רבי יהונתן אייבשיץ (יערות דבש ח"ב ז), חתם סופר (נדרים פא, א; דרשות חת"ס לפרשת בשלח), רבי ישראל ליפשיץ (תפארת ישראל אבות ג, יכין קמה), ועוד.