כפי שלמדנו, יש ערך רב בלימוד החכמות, באשר הן עוסקות בחכמת הבורא המתגלה בבריאה כולה. אולם התורה קודמת ונעלה על כל החכמות, מפני שבתורה מתגלה החכמה האלוהית באופן ישיר ואילו בשאר החכמות באופן עקיף. שכן התורה היא החכמה שנתן ה' לישראל כדי להדריך את חייהם ולרומם אותם, ולהורות להם את הדרך לתיקון עצמם והעולם. ואילו שאר החכמות מגלות את חכמתו באופן עקיף, דרך הבריאה שברא. וכפי שאמרו חכמים (שמו"ר מא, ג): "גדולה החכמה (חכמות העולם), וגדולה ממנה הדעת ותבונה (חכמת התורה)… משל למה הדבר דומה: לעשיר שהיה לו בן. בא בנו מבית הספר, מצא תמחוי (תבשיל) לפני אביו, נטל אביו חתיכה אחת וְנתנהּ לו. מה עשה בנו? אמר לו: איני מבקש אלא מזה שבתוך פיך (היינו ממה שלקח האב לעצמו). מה עשה (האב)? נתנוֹ לו. ולמה? על שהיה מחבבו נתן לו מתוך פיו. זהו שנאמר (משלי ב, ו): כִּי ה' יִתֵּן חָכְמָה, מִפִּיו דַּעַת וּתְבוּנָה". כִּי ה' יִתֵּן חָכְמָה – חכמות העולם, מִפִּיו דַּעַת וּתְבוּנָה – התורה, שהיא כביכול מפיו ממש. וכמו שנאמר לגבי נבואת משה רבנו (במדבר יב, ח): "פֶּה אֶל פֶּה אֲדַבֶּר בּוֹ". וכן כל ישראל קיבלו את התורה בסיני מאת ה' ממש.
הרי שחכמות העולם עוסקות בתיאור מדויק ככל האפשר של העולם על כל מרכיביו, ואילו התורה היא החכמה הפנימית שמבארת את משמעות חיי האדם ואת משמעות חכמות העולם ותכליתן, ואת הערכים שעל פיהם יש לתקן את העולם. לכן לעיתים קוראים לתורה 'חכמה פנימית', לעומת המדעים הנקראים 'חכמה חיצונית'.
לפיכך, יש הבדל בין חובת לימוד התורה לערך לימוד המדעים. שלימוד המדעים נועד לשתי מטרות: האחת, מעשית כדי להועיל לאדם ולחברה על ידי פיתוחים שונים, אך אין צורך שכל בני האדם יתמחו בכל תחום ותחום מן המדע. השנייה רוחנית, להבין את יסודות הבריאה וחכמת הבורא, אך אין בכך הכרח קיומי לכל אדם. לעומת זאת, על ידי לימוד התורה האדם מתקשר אל ה' ומבין את משמעות כל החכמות, ולכן התורה נעלה על כל החכמות. והמעלה העיקרית של התורה היא, שעל ידי הדרכתה האדם הולך בדרכי ה' ומתקן את עצמו, כך שיהיה מסוגל להשתלט על הצדדים השליליים שבאופיו, ולכוון את הצדדים החיוביים שבו אל המגמה הגבוהה של תיקון עולם. ועל כן כל יהודי חייב ללמוד תורה.
לכן בסדר הלימוד יש להקדים את לימוד התורה, שאם אפשר ללמוד רק לימוד אחד, יש ללמוד תורה. ומי שראוי להיות תלמיד חכם צריך להשקיע את עיקר זמנו בתורה, אולם ילמד גם את חכמות העולם, מפני שככל שיבין אותן יותר, כך יבין יותר את התורה. שכן התורה פונה אל האדם שחי בעולם, וככל שהאדם מבין יותר את עולמו, הוא מבין יותר את התורה. וכך החכמות יהיו לתורתו כ'רקחות וטבחות' שמסייעות להבנתה.[8]
[8]. כתב רבנו בחיי בהקדמתו ל'חובות הלבבות': "וכל חלקי החכמה, לפי מחלוקת ענייניה, המה שערים – פתחם הבורא יתברך למדברים להשיג בהם התורה והעולם. אלא שמקצת החכמות, הצורך אליהם יותר לענין התורה, ומקצתם הצורך אליהם יותר לתועלת העולם". וכ"כ רבי אברהם אבן עזרא (יסוד מורא שער א), שטוב לאדם ללמוד חכמות, רק לא יתעסק בהן כל ימיו. וכ"כ רבנו בחיי בן אשר (אבות ג, יח): "ודבר ידוע, כי שבע חכמות כולם הן הן סולם לעלות לחכמת האלהות, שהיא השביעית…". וכ"כ המהר"ל (נתיב התורה יד), שהחכמה "כמו סולם לעלות בה אל חכמת התורה". וכ"כ הרב קוק (אורות התורה ט, ג; מאמר דרישת ה', עמ' קכט, כמובא לעיל בהערה 5). עוד ביאר המהר"ל (שם), שבברכה על חכמי אומות העולם אומרים: "שנתן מחכמתו לבשר ודם", 'נתן' משמע שחכמתם אינה עצם החכמה האלוהית, וזה מפני שהם בשר ודם, ועל כן הם מוגבלים ביכולת קליטתם. אולם על חכמי ישראל אומרים: "שחלק מחכמתו ליראיו", שהואיל והם לומדים מתוך אמונה ויראת ה', יש להם חלק בתורת ה' ממש (וכ"כ ב"י או"ח רכד, ו-ז; ב"ח ד).