בתקופת הראשונים (לפני כ-800 שנה) התעוררה בעיה קשה סביב לימודי המדעים. רוב ספרי המדע היו מבוססים על דעותיהם של אריסטו וחכמי יוון העתיקה, ויחד עם דברי המדע הובלעו בהם דברי כפירה בבריאת העולם, בהשגחה פרטית ובשכר ועונש. באותה תקופה היו בחורים שבעקבות הלימוד בספרי החכמות השונות, נגררו גם אחרי השקפות מחבריהם, עד שעזבו את דתם ואת עמם והתבוללו. על כן, למרות הערך הרב שבלימוד המדעים, רבים מגדולי ישראל הרחיקו את הבחורים מלימודם. והרשב"א, שהנהיג את יהדות ספרד בדורו, הטיל חרם על כל מי שילמד בספרי המדע היווניים לפני גיל עשרים וחמש (שו"ת הרשב"א ח"א תיד-תיז). והריב"ש (מה) כתב שראוי שגם מבוגרים לא ילמדו בספרי החכמות החיצוניות כלל, שכן עם כל חשיבותן, אם לימודן עלול לגרום להתרחקות מהאמונה בה' ומדברי התורה, ערכן בטל ומבוטל, ועדיף שלא ללומדן. וכן כתב המהר"ל מפראג (נתיב התורה יד), שלמרות ערכם הגדול של המדעים, אסור ללומדם מתוך ספרים שמובלעים בהם דברי כפירה. ורק אם הלומד מתכוון ללומדם כדי לדעת מה להשיב לאפיקורסים, מותר לו ללמוד מתוכם.
לפני כמאתיים וחמישים שנה הלכה הבעיה והחריפה. מצד אחד ספרי המדע כבר לא היו מבוססים על תפיסתו הפילוסופית של אריסטו, אולם מאידך, ההשכלה שהתפתחה באירופה החלה למשוך אחריה יהודים רבים, שחשבו לעצמם: הנה יבוא המדע ויפתור את כל בעיות האנושות, ואין עוד צורך בתורה ובמצוות. כך קרה, שרבים מיהודי מערב אירופה שלמדו חכמות חיצוניות עזבו את דרך 'ישראל סבא', וחלקם אף המירו את דתם.
תגובת הנגד של כמה מגדולי ישראל היתה לאסור בתוקף לימודי מדע. אך גם איסור זה לא עמד בפרץ, ורוב הציבור היהודי נמשך אחר ההשכלה, וזנח את לימוד התורה ונחלש בקיום המצוות.
אולם רבים מגדולי ישראל, ובראשם הגאון מווילנא, סברו שיש לעודד את תלמידי החכמים שבישראל ללמוד מדעים, ואדרבה, דווקא על ידי כך אפשר יהיה להתגדל בתורה ולקדש את שם ה' בעיני העמים, ולמנוע מבחורי ישראל להיגרר אחר תרבויות זרות. וכך כתב רבי הלל משקלוב על הגר"א: "נודע למשגב, שרבנו… עסק הרבה גם בחקירת סגולות הטבע, מחקרי ארץ, לשם השגת חכמת התורה ולשם קידוש השם בעיני העמים ולשם קירוב הגאולה. עוד מצעירותו הראה נפלאות בכל שבע החכמות והִרבה לבקש. גם ציווה לתלמידיו ללמוד כמה שאפשר בשבע החכמות של מחקרי ארץ, גם בכדי להרים את חכמת ישראל על פי חכמת התורה בעיני העמים… ומפה לאוזן אמר לנו הרבה פעמים: מה עושים תופשי התורה שלנו בעד קידוש השם כמו שעשו הקדמונים מגדולי ישראל, שרבים מהם קידשו שם שמים על ידי ידיעתם המרובה בחקירת מצפוני הטבע מנפלאות הבורא יתברך שמו, אשר גם רבים מחסידי האומות העלו על נס את חכמת ישראל – חכמי התורה, אנשי הסנהדרין, תנאים ואמוראים וכו', ובדורות המאוחרים רבנו הרמב"ם, ובעל ה'תוספות יום טוב' ועוד, אשר הרבו לקדש שם שמים בעיני הגוים על ידי חכמתם במחקרי ארץ" (קול התור ה, ב).
גם בקרב הרבנים בגרמניה, שראו מקרוב את האסון הרוחני שפקד את הקהילות היהודיות עקב ההימשכות אחר ההשכלה, נתגבשה שיטת חינוך שנקראה 'תורה עם דרך ארץ', לפיה עודדו את התלמידים ללמוד מדעים באופן מבוקר, על מנת לחסנם מפני התפיסה המוטעית, לפיה ההשכלה החילונית יכולה להחליף את התורה (ראו פנה"ל אמונה ומצוותיה ל, א-ה).[9]
[9]. מבין הגדולים שביארו סוגיה זו בהרחבה: הרדב"ז (ח, קצא), ביאר את ערך לימוד החכמות, וכתב שהמבזה חכם שלומד מדעים הוא רשע וארור. הרמ"א (שו"ת ז) ביאר שגם הראשונים שכתבו שלא ללמוד בספרי חכמי יוון, הורו זאת רק לצעירים, מחשש שיתקלקלו. ואף לגבי צעירים, היו שלא חששו לכך (כוונתו לרבים מרבני פרובנס לדוגמה). קל וחומר כאשר מדובר על לימוד מדעי הטבע בלא פילוסופיה זרה, שיש ערך ללימודם. סיכום דעות המחמירים מחשש שיתקלקלו הובא בשל"ה (שבועות נר מצווה נה-סב).